Pencirian mendalam transkriptom mikrorna dan MRNA dalam kanser tiroid papilari

Abstract

Kadar insiden kanser tiroid papilari (PTC) telah meningkat dengan mendadak sejak beberapa dekad kebelakangan ini dan mikroRNA (miRNA) merupakan salah satu penanda biologi yang banyak dikaji dalam kanser ini. Lebih daripada 50% pesakit PTC mempunyai metastasis nodus limfa (LNM) dan mutasi BRAF V600E dilaporkan mempunyai kaitan dengan ciri ini. Kajian ini bertujuan untuk mencirikan peranan miRNA dan mRNA yang terlibat dalam patogenesis PTC dan hubungannya dengan mutasi BRAF V600E. Penjujukan generasi setersunya dilakukan bagi pencirian profil ekspresi miRNA dan mRNA ke atas 10 tisu segar beku tumor-normal bersebelahan dalam PTC positif LNM (PTC LNM-P) dan PTC tanpa LNM (PTC LNN). Integrasi bioinformatik dan analisis tapak jalan dilakukan bagi menentukan jaringan pengawalaturan yang terlibat. Status BRAF V600E ditentukan dalam set penemuan dengan tambahan 11 sampel formalin-tetap, parafin-terbenam (FFPE) bagi set pengesahan. Dengan menetapkan ambang pada nilai p terlaras < 0.05 dan lipat ganda perubahan log2 ≤ -1.0 atau ≥1.0, kami telah mengenalpasti 138 dan 43 miRNA yang mengalami deregulasi signifikan masing-masing dalam PTC LNM-P dan PTC LNN apabila dibandingkan dengan tisu normal bersebelahan. Sembilan puluh enam miRNA mempunyai nisbah ekspresi 3p dan 5p yang signifikan dalam PTC LNM-P apabila dibandingkan dengan PTC LNN. Interaksi reseptor-ECM, proteoglikan dalam kanser dan tapak jalan MAPK merupakan antara tapak jalan yang diperkaya secara signifikan dalam PTC LNM-P. Tambahan pula, analisis penjujukan mRNA menunjukkan sebanyak 699 gen dideregulasi secara signifikan dalam PTC LNM-P berbanding tisu normal bersebelahan, 1,362 gen dideregulasi dalam PTC LNN berbanding tisu normal bersebelahan dan 1,576 gen dideregulasi dalam PTC LNM-P berbanding PTC LNN. Kadar mutasi BRAF V600E dalam PTC adalah 61.9%. Ekspresi miRNA boleh dikaitkan dengan perkembangan LNM dalam PTC. Namun, kehadiran LNM dalam PTC tidak bergantung pada status mutasi BRAF V600E. Penemuan ini mendorong kepada pemahaman lebih mendalam mengenai patogenesis PTC.