Pengekspresan 19 gen penandaan sebagai peramal kemandirian dalam kanser kolorektum

Abstract

Penilaian histopatologi adalah tidak mencukupi untuk meramal perkembangan penyakit dan kesudahan klinikal dalam kanser kolorektum. Pesakit dengan tahap kanser yang sama boleh mempunyai kesudahan klinikal yang berbeza. Oleh itu, penanda bio yang spesifik dan sensitif amat diperlukan untuk menentukan kemandirian pesakit. Kajian ini bertujuan untuk menentukan pengekspresan gen penandaan yang boleh meramal kemandirian pesakit kanser kolorektum. Sebanyak 78 sampel tisu Formalin Fixed Paraffin Embedded (FFPE) kolorektum daripada pesakit Dukes’ B dan C dikumpulkan dari Jabatan Histopatologi, Pusat Perubatan Universiti Kebangsaan Malaysia (PPUKM). Sampel dipotong dan diwarnakan menggunakan pewarnaan Hematoksilin dan Eosin untuk mengkaji morfologi tisu. Morfologi tisu tumor ini seterusnya disahkan oleh ahli patologi. Total RNA diekstrak dan kuantiti RNA dianalisis menggunakan spektrofotometer NanoDrop. Kualiti RNA ditentukan menggunakan Bioanalyzer dan tindak balas rantaian polimerase kuantitatif masa nyata (qPCR). Profil pengekspresan gen ditentukan menggunakan asai Whole Genome cDNA-mediated Annealing, Selection, Extension and Ligation (WG DASL) (Illumina, USA). Data pengekspresan gen dianalisis menggunakan perisian GeneSpring GX 12.0.2 dan Program R. Validasi dilakukan ke atas sampel yang sama menggunakan tindak balas qPCR. Letakan luar yang dikesan digantikan dengan 90% selang keyakinan min teguh secara automatik. Nilai pengekspresan gen yang dinormalkan dibahagikan kepada set latihan dan set ujian secara rawak. Seratus set latihan dan ujian dihasilkan secara rawak dan tiga ujian statistik yang berbeza (SAM, LIMMA dan ujian t) digunakan untuk mengenalpasti perbezaan ekspresi gen. Sejumlah 19 gen penandaan yang signifikan dikenalpasti dari pilihatur. Gen tersebut mampu meramal kemandirian pesakit kanser kolorektum secara signifikan dalam set latihan 1 (p=2.2e 10) dan set ujian 1 (p=3.5e-08). Prestasi gen penandaan ini seterusnya disahkan sebagai peramal kemandirian bebas yang signifikan (p < 0.05) menggunakan set data pengesahan bebas dari pesakit kohort Australia (n = 185), Amerika Syarikat (n = 114) dan Denmark (n = 37). Validasi menggunakan tindak balas qPCR mengesahkan corak pengekspresan yang sama untuk tujuh gen yang dipilih secara rawak. Kajian ini menunjukkan manfaat yang berpotensi dengan menggunakan penanda molekul berbanding tahap klinikal konvensional dalam membezakan kumpulan risiko. Pengesahan luar menggunakan set data yang berbeza akan menambah kepada keteguhan gen penandaan untuk memastikan kebolehpercayaan dan kebolehasilan ujian tersebut. Kesimpulannya, kami berjaya menemui gen penandaan yang berpotensi memberikan kaedah yang lebih tepat bagi meramal kemandirian pesakit kanser kolorektum dan membantu dalam mengenalpasti pesakit yang memerlukan rawatan yang lebih intensif.