1. UKM Learning and Research Repository
2. PHD Thesis / Tesis PHD
3. Faculty of Health Sciences / Fakulti Sains Kesihatan

Title:	Aktiviti anti-plasmodium secara in-vitro oleh endofit streptomyces SP. SUK 48 terhadap plasmodium falciparum 3D7 melalui pendekatan metabolomik dan genomik
Keywords:	Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations Dissertations, Academic -- Malaysia Plasmodium
Issue Date:	29-Mar-2021
Description:	Streptomyces sp. merupakan pengeluar antibiotik utama semenjak tahun 1940. Aplikasi metabolomik dan genomik merupakan kaedah inovasi yang cepat dalam pencarian dadah bersifat antiplasmodium. Justeru, objektif utama kajian ini adalah untuk menilai aktiviti anti-plasmodial secara in-vitro oleh Streptomyces terhadap Plasmodium falciparum 3D7 melalui pendekatan metabolomik dan genomik. Kajian ini dijalankan untuk menilai aktiviti anti-plasmodial sebatian metabolit secara in-vitro, menentukan aktiviti anti-plasmodial yang optimum bagi dua pencilan, Streptomyces sp. SUK 12 dan SUK 48 pada fasa pertumbuhan yang berbeza dan seterusnya menentukan metabolit anti-plasmodial daripada Streptomyces sp. yang dipilih melalui kaedah multivariat dalam metabolomik. Pencirian draf jujukan penuh genom Streptomyces SUK 48 juga ditentukan. Perbandingan genom SUK 48 dengan genom Streptomyces spp. terpilih dilakukan, selain mengenalpasti gen pengkodan bagi kluster gen biosintesis (BGCs) untuk metabolit sekunder yang terdapat di dalam genom SUK 48, dan menghubungkaitkan gen dengan metabolit yang terhasil. Daripada dapatan yang diperolehi, aktiviti anti-plasmodial yang paling berkesan bagi SUK 12 dan SUK 48 adalah pada fasa malar dengan nilai perencatan minima (IC50) masing-masing adalah 0.817 ng/mL dan 0.19ng/mL. Sebagai perbandingan, nilai IC50 bagi dadah kawalan, chloroquine diphosphate adalah 0.28ng/mL. Dengan menggunakan analisis univariat, sebanyak 854 metabolit ditemui iaitu 14, 44 dan 3 metabolit menunjukkan perbezaan yang signifikan masing-masing dari segi jenis pencilan, masa fermentasi dan interaksi antara keduanya. Orthogonal Partial Least Square-Discriminant Analysis dan S-Plot menunjukkan SUK 48 pada fasa malar menghasilkan beberapa metabolit yang unik seperti pavettine, aurantioclavine dan 4-butyldiphenylmethane berbanding pada fasa mid eksponen. Manakala jujukan genom SUK 48 mengandungi 8,341,706 bp iaitu terdiri daripada satu kontig dan mempunyai kandungan G + C yang tinggi iaitu 72.33%. Genom Streptomyces sp. SUK 48 didapati mempunyai persamaan dengan genom Streptomyces griseofuscus 64 menerusi purata identiti nukleotida iaitu sebanyak 93.85 %. Analisis antismash menunjukkan bilangan gen pengkodan bagi BGCs untuk metabolit sekunder daripada kelas antibiotik yang berbeza dikesan terdapat di dalam genom SUK 48. Lima (iaitu tertinggi daripada jenis antibiotik) jenis PKS-NRPS (polyketide synthase- nonribosomal peptide synthase) kacuk dan NRPS yang berbeza telahdiperolehi. Analisa Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes mendapati terdapat 11 tapak jalan biosintesis antibiotik yang spesifik dan 15 tapak jalan biodegradasi bahan berbahaya. SUK 48 didapati mengandungi gen peTH yang terlibat dalam proses fotosintesis dan mempunyai mekanisma rintang beta-lactam. Tapak jalan penghasilan aurantioclavine juga telah ditemui di dalam SUK 48. Kesimpulannya, melalui pendekatan metabolomik dan genomik, metabolit yang berpotensi sebagai agen antiplasmodial telah ditemui dari pencilan Streptomyces SUK 48,Ijazah Doktor Falsafah Sains Kesihatan
Pages:	153
Call Number:	QW214.S623a 2021 9 tesis
Publisher:	UKM, Kuala Lumpur
Appears in Collections:	Faculty of Health Sciences / Fakulti Sains Kesihatan

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.