1. UKM Learning and Research Repository
2. PHD Thesis / Tesis PHD
3. Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Title:	Pencirian suisribo daripada Burkholderia spp
Authors:	Noor Munyati Othman (P72967)
Supervisor:	Mohd Firdaus Raih, Prof. Madya Dr.
Keywords:	Riboswitches Small interfering RNA Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations Dissertations, Academic -- Malaysia
Issue Date:	30-Sep-2019
Description:	Pengekspresan RNA tidak mengekod (ncRNA) sering dikaitkan dengan kemampuan bakteria seperti B. pseudomallei untuk beradaptasi dengan pelbagai keadaan. ncRNA boleh dikelaskan kepada beberapa kumpulan dan terlibat dalam pelbagai proses sel. Suisribo salah satu ncRNA berfungsi mengawal pengekspresan gen atau operon hilirannya sebagai tindak balas kepada pengikatan ligan yang spesifik. Di dalam kajian ini, 10 jenis suisribo terpelihara dalam 10 spesies Burkholderia telah dikenal pasti. Suisribo tersebut ialah flavin mononukleotida (FMN), tiamina pirofosfat (TPP), kobalamin, glisin, S-adenosil-L-homosistin (SAH), fluorida, yybP-ykoY, sucA, mini-ykkC dan 5-aminoimidazol-4-karboksiamida ribosida trifosfat (ZMP/ZTP). Di antara suisribo yang ditemui, suisribo glisin telah dicirikan dengan baik. Pada genus Burkholderia, suisribo glisin ramalan dijumpai secara tandem dan terletak di hulu gen gcvT yang merupakan komponen kepada operon GCV. Struktur 3D BpGly1/2 disokong oleh motif A/G-minor (A17-C60-G88 dan G16-C61-G87). Kedua-dua motif ini merapatkan heliks P3 dengan teras pusat struktur BpGly1 sekaligus menyokong pembentukan saku pengikatan glisin pada heliks P3. Mutasi A17 kepada U17 dan G16 kepada C16 menyebabkan ikatan hidrogen terputus dan menjadikan lipatan RNA BpGly1 lebih terbuka. Lipatan RNA yang terbuka menyebabkan migrasi RNA-BpGly1/2 mutan lebih perlahan berbanding RNA-BpGly1/2 jenis liar pada gel natif. Seterusnya, spesies Burkholderia tidak patogen tetapi berkait rapat dengan B. pseudomallei, B.thailandensis E264 digunakan sebagai model untuk mengkaji pengekspresan BtGly1/2 dan operon GCV. Operon GCV terdiri daripada tiga gen, gcvTHP bertanggungjawab mengawal keseimbangan glisin melalui sistem pemotongan glisin. Pengekspresan BtGly1/2 dan gen gcvTHP dilakukan dalam lima media berbeza; agar infusi jantung-otak (BHIB), medium minimum M9 (M9), M9 dengan 0.1 mM glisin, M9 dengan 1 mM glisin dan M9 dengan 5 mM glisin. Analisis kuantitatif qPCR menunjukkan transkrip BtGly1/2 dalam semua media adalah malar dengan nilai fold change 1 kecuali dalam keadaan M9 dengan 5 mM glisin yang menunjukkan penurunan kepada 0.08 fold change. Transkrip gcvTH menunjukkan peningkatan selari dengan pertambahan kepekatan glisin manakala transkrip gcvP turun-naik mengikut kepekatan glisin yang berbeza. Analisis ko-transkripsi menunjukkan gcvP bukan sebahagian daripada operon GCV yang dikawal oleh BtGly1/2. Kesimpulannya, suisribo yang ditemui terlibat dalam mengawalatur gen dan operon penting seperti biosintesis vitamin, mengitar semula metabolik dan pengangkutan protein serta ion. Lipatan RNA BpGly1/2 distabilkan dan dikukuhkan oleh motif A-minor dan G-minor. Pengikatan glisin kepada BtGly1/2 telah meningkatkan pengekspresan operon GCV, satu sistem yang terpelihara pada spesies Burkholderia.,Tesis ini tidak ada Perakuan Tesis Sarjana/Doktor Falsafah,Ph.D.
Pages:	197
Call Number:	QP601.N636 2019 tesis
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.