1. UKM Learning and Research Repository
2. PHD Thesis / Tesis PHD
3. Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Title:	Pencirian secara pengkomputeran mekanisme pengawalaturan sRNA dan metilom di dalam spesies Burkholderia pseudomallei D286
Authors:	Hirzahida Mohd. Padil (P69653)
Supervisor:	Mohd. Firdaus Mohd. Raih, Prof. Madya Dr.
Keywords:	Microbiology Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations Dissertations, Academic -- Malaysia
Issue Date:	20-Sep-2019
Description:	RNA kecil (sRNA) adalah jujukan pendek RNA bukan pengekod protein yang terlibat di dalam pelbagai fungsi pengawalaturan. Di dalam bakteria, pengawalatur ini diketahui memainkan peranan yang penting di dalam pelbagai proses biologi tetapi tidak terpelihara di dalam spesies berlainan. Ini kerana habitat bakteria yang pelbagai menyebabkan organisma ini mempunyai ciri-ciri unik untuk menghasilkan mekanisme kemandirian dan adaptasi tertentu. Di dalam kajian ini, sRNA di dalam 5,805 genom bakteria telah dikenalpasti menggunakan program Rfamscan, SIPHT dan sRNAscanner manakala interaksi sRNA dan mRNA sasarannya telah diramalkan menggunakan program CopraRNA. Pengesahan pengekspresan sRNA di dalam Burkholderia pseudomallei D286 telah dijalankan berdasarkan data penjujukan-RNA dan penjujukan-sRNA yang telah dihimpunkan menggunakan Pakej Tuxedo. Data transkriptom ini terdiri daripada tiga persekitaran pertumbuhan B. pseudomallei D286: larutan infusi otak-hati (BHIB) sebagai persekitaran rujukan atau normal, dan persekitaran kurang nutrisi (M9) dan larutan sodium klorida 3% (NaCl) untuk mensimulasikan keadaan tekanan persekitaran. Untuk memastikan kesemua sRNA di dalam spesies ini dapat dikenalpasti, Teknologi penjujukan Pacbio telah digunakan untuk menjujuk genom bakteria ini dimana teknologi ini turut menjana data metilom bagi bakteria B. pseudomallei D286. Data metilom yang terhasil ini kemudian telah dianalisis menggunakan program Artemis, BLASTN dan CopraRNA untuk mencari sebarang perkaitannya dengan sRNA. Sebanyak 6,021,197 calon sRNA baharu yang tidak mempunyai homolog di dalam pangkalan data Rfam telahpun dikenalpasti daripada 5,805 genom bakteria yang lengkap. Hasil pengklusteran kesemua sRNA ini telah menghasilkan lima famili sRNA (xx169161, xx462699, xx230259, xx438163 dan xx478280) yang terpelihara di dalam taksonomi bakteria yang lebih luas. Kebanyakan homolog sRNA di dalam kluster xx169161 terletak bersebelahan dengan protein dehidropteroat sintase, manakala sRNA di dalam kluster xx461699 terletak bersebelahan dengan protein rintang tetrasiklin. Kedua-dua protein ini diketahui terlibat di dalam mekanisme kerintangan. sRNA di dalam kedua-dua kluster ini, beserta dengan sRNA di dalam kluster xx230259 dan xx438163 terletak di dalam kawasan kepulauan genom dan mempunyai gen pengapit yang berkaitan dengan mobiliti DNA dan bakteriofaj. Ini mencadangkan kebarangkalian pemindahan sRNA ini secara pemindahan menegak untuk penjanaan ciri kerintangan. Di dalam B. pseudomallei D286, sebanyak 1,578 daripada 1,822 sRNA yang diramalkan telah berjaya disahkan terekspres melalui analisis rujuk silang dengan data transkriptom. Pemerhatian ke atas maklumat perbandingan pengekspresan sRNA dan gen pengapit di dalam kesemua medium pertumbuhan yang dijana telah menghasilkan sebanyak 12 calon sRNA tindakan-cis yang dipercayai berperanan di dalam pengawalaturan bakteria ketika berada di dalam tekanan persekitaran. Walaupun tiada sebarang perkaitan di antara sRNA dan data metilasi yang dapat dicerap di dalam bakteria yang dikaji, analisis ke atas perkaitan kedua-dua komponen ini di dalam bakteria B. pseudomallei dipercayai masih perlu dirungkaikan dalam penyelidikan seterusnya. Keseluruhannya, kajian ini menunjukkan kekompleksan mekanisme pengawalaturan biologi di dalam bakteria dan peranan sRNA dan metilom di dalam bakteria, khususnya B. pseudomallei D286.,Tesis ini tidak ada Perakuan Tesis Sarjana/Doktor Falsafah,Ph.D.
Pages:	168
Call Number:	QR82.R35H537 2019 tesis
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.