1. UKM Learning and Research Repository
2. Master Thesis / Tesis Master
3. Institute of Systems Biology / Institut Biologi Sistem (INBIOSIS)

Title:	Analisis transkriptom gen bagi biosintesis karaginan dalam Kappaphycus alvarezii terbitan kultur tisu
Authors:	Nursyuhaida Mohd Hanafi (P72163)
Supervisor:	Roohaida Othman, Prof. Madya Dr.
Keywords:	Genes Chondrus crispus Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations Dissertations, Academic -- Malaysia
Issue Date:	17-Sep-2021
Description:	Kappaphycus alvarezii atau juga dikenali sebagai Eucheuma cottonii adalah sumber utama bagi kappa-karaginan dan banyak ditanam secara komersial di kawasan perairan Malaysia, Filipina, Indonesia dan beberapa negara lain. Karaginan banyak digunakan secara komersial sebagai pembentuk gel, pemekat dan penstabil terutamanya dalam industri produk makanan dan tenusu. Selain daripada itu, karaginan juga mendapat permintaan tinggi dalam industri lain seperti perubatan, neutraseutikal, formulasi farmaseutikal dan kosmetik. Bagi memenuhi keperluan industri, penghasilan K. alvarezii menggunakan teknik kultur tisu dianggap satu pendekatan yang baik bagi memastikan bekalan sumber mentah alga yang mencukupi. Oleh itu, kajian ini dijalankan untuk menghasilkan K. alvarezii secara kultur tisu dan memahami penghasilan karaginan dalam K. alvarezii terbitan kultur tisu melalui analisis transkriptom. Karaginan telah berjaya diekstrak daripada K. alvarezii terbitan kultur tisu dan didapati bahawa ia menghasilkan karaginan yang lebih tinggi dengan tahap kekuatan dan kelikatan gel yang lebih tinggi berbanding K. alvarezii kawalan. Seterusnya RNA jumlah diekstrak daripada kedua-dua sampel dan dilakukan penjujukan transkriptom menggunakan platform NGS Illumina HiSeq 2000. Data NGS yang diperoleh dihimpun dan dianalisis menggunakan perisian Trinity yang menghasilkan sebanyak 60,731 transkrip dengan 55,105 daripadanya adalah unik kepada K. alvarezii terbitan kultur tisu dan 44,407 adalah unik kepada K. alvarezii kawalan. Analisis pengekspresan terbeza gen menunjukkan bahawa 737 transkrip dikawal atur naik dan 802 dikawal atur turun dalam K. alvarezii terbitan kultur tisu seperti bagi unigen yang terlibat dalam metabolisme dan pengawal aturan glikoprotein, pengikatan aktin serta pengawal aturan pembentukan dinding sel. Analisis pengekspresan gen bagi 12 gen yang terdiri daripada tiga gen penyelenggara dan sembilan gen pilihan dalam tapak jalan biosintesis karaginan telah dilakukan menggunakan teknologi nCounter™ NanoString dan didapati tidak menunjukkan pengekspresan yang berbeza. Walau bagaimanapun, dua gen lain yang mengekodkan protein seperti vitrin dan protein teraruh cahaya tinggi didapati diekspres berbeza di dalam K. alvarezii terbitan kultur tisu berbanding kawalan. Hasil kajian ini menunjukkan bahawa peningkatan kandungan dan kekuatan gel bagi karaginan yang dihasilkan daripada K. alvarezii terbitan kultur tisu berkemungkinan dikawal atur oleh gen pengawal atur yang lain. Seterusnya analisis lanjutan dilakukan bagi transkrip yang mengekodkan UDP glukosa pirofosforilase (KaUGPase), sulfohidrolase I (KaKSI) dan sulfohidrolase II (KaKSII) dengan pengekspresan protein rekombinan KaUGPase dan KaKSII namun hanya KaUGPase berjaya ditulenkan. Analisis transkriptom dan transkrip terpilih dalam kajian ini memberikan maklumat tambahan dalam memahami mekanisme biosintesis karaginan dalam alga merah.,Sarjana Sains
Pages:	186
Call Number:	QH447.N837 2021 tesis
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Institute of Systems Biology / Institut Biologi Sistem (INBIOSIS)

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.