1. UKM Learning and Research Repository
2. Master Thesis / Tesis Master
3. Institute of Systems Biology / Institut Biologi Sistem (INBIOSIS)

Title:	Pemprofilan sebatian perencat enzim deubikuitinase (DUB) daripada perikarp Garcinia mangostana menggunakan kaedah proteomik kimia berasaskan aktiviti
Authors:	Mohammad Nashriq Jailani (P78572)
Supervisor:	Muhammad Mukram Mohamed Mackeen, Prof. Dr.
Keywords:	Proteomics Chemistry Analytic Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations Dissertations, Academic -- Malaysia
Issue Date:	22-Feb-2019
Description:	Enzim Deubikuitin (DUB) merupakan enzim nyahkonjugat yang berkait dengan sistem ubikuitin proteasome (UPS) yang menyingkirkan ubikuitin daripada protein yang terubah suai secara pasca-translasi. Kumpulan enzim ini sedang giat dijadikan sasaran untuk penemuan ubatan novel untuk rawatan kanser. Selain daripada perencat molekul kecil DUB mempunyai potensi terapeutik, ianya juga berguna sebagai prob kimia untuk menyiasat peranan biologi enzim-enzim ini yang baharu. Walaupun aktiviti sebahagian perencat DUB telah dilaporkan sebelum ini, pencarian perencat yang baharu dengan kespesifikan yang tinggi masih diteruskan. Molekul dengan perancah xanton adalah bioaktif dan amat banyak ditemui dalam tumbuhan genus Garcinia yang menunjukkan perencatan terhadap enzim berkaitan ubikuitin yang melibatkan interaksi p53-MDM2. Kajian ini bertujuan untuk memencilkan sebatian perencat enzim DUB daripada perikarp Garcinia mangostana, mencirikan aktiviti perencatan sebatian-sebatian tulen menggunakan enzim DUB rekombinan dan untuk mengkaji kesan sebatian perencat bioaktif semula jadi menggunakan pendekatan proteomik kimia berasaskan aktiviti. Dalam kajian ini, sepuluh xanton telah diasingkan daripada tumbuhan komersial dan spesies tempatan G. mangostana. Pengasingan dijalankan menggunakan kromatografi turus, kromatografi radial dan kromatografi lapisan nipis preparatif. Penentuan struktur kesemua xanton dilakukan menggunakan analisis resonan magnetik nukleus (NMR) proton dan karbon 1-dimensi dan analisis spektrometri jisim-pengionan semburan elektro-secara terus (DI-ESI-MS). Sepuluh xanton ini merupakan sebatian yang dikenali iaitu (1) kalabaxanton, (2) mangostingon, (3) β-mangostin, (4) garsinon E, (5) α-mangostin, (6) gartanin, (7) γ-mangostin, (8) 1-isomangostin, (9) 11-hidroksi-1-isomangostin dan (10) 1,3,8-trihidroksi-2-(3-metil-2-butenil)-4-(3-hidroksi-3-metilbutanoil)-xanton berdasarkan perbandingan data NMR dan MS dengan kajian kepustakaan. Kesemua sebatian ini disaring secara in vitro untuk aktiviti perencatan terhadap enzim DUB rekombinan (UCH-L1, UCH-L3, USP2, USP7 dan USP8) menggunakan Ub-AMC berpendaflour sebagai substrat. Keputusan mendapati, kesemua sebatian xanton menunjukkan aktiviti perencatan kecuali xanton 6 dan 10 terhadap USP8. α-Mangostin (5) didapati menunjukkan aktiviti perencatan yang lebih kuat berbanding sebatian kawalan positif PR-619 terhadap kesemua DUB rekombinan, seterusnya dipilih untuk analisis aktiviti perencatan enzim DUB dalam sel hidup Saccharomyces cerevisiae dan Caenorhabditis elegans (bukan lisat in vitro). Kepekatan maksimum tidak toksik 5 dan PR-619 kepada model organisma ini ditentukan (< 1.0 mM kepekatan) menerusi asai kebolehhidupan masing-masing. Untuk analisis proteomik, penyediaan sampel dengan bantuan gel (GASP) dipilih sebagai kaedah pencernaan dengan tripsin piawai. GASP didapati memberikan pengesanan jumlah protein (792 ± 2.5) dan spektrum peptida sepadan (13339 ± 3.0) yang paling tinggi berbanding dua lagi kaedah pencernaan secara larutan (pemendapan klorofom-metanol-air dan RapiGest). Perencatan DUB disiasat menerusi kaedah proteomik kimia berasaskan aktiviti dengan menggunakan prob kimia HAUbBr2 disintesis sendiri. Namun begitu, kajian ini tidak mengesan sebarang DUB dalam eksperimen sel hidup selepas langkah tarik turun dengan mendakan imuno anti-HA dilakukan walaupun sehingga 10 mg lisat S. cerevisiae dan C. elegans digunakan. Oleh yang demikian, asai perencatan persaingan berasaskan prob in vitro menggunakan LC-MS/MS dijalankan dengan sebatian 5 dan PR-619, masing-masing terhadap campuran enzim-enzim rekombinan DUB (UCH-L1, UCH-L3, USP2, USP7 dan USP8) dalam eksperimen yang sama. Keputusan mendapati sebatian 5 menunjukkan aktiviti perencatan yang lebih kuat daripada sebatian kawalan PR-619 terhadap enzim-enzim DUB (UCH-L1 dan UCH-L3) berdasarkan asai multienzim dengan prob. Kajian ini merupakan laporan kali pertama di mana sebatian xanton terprenil menunjukkan perencatan terhadap enzim-enzim DUB menggunakan asai terus dan asai berasaskan proteomik.,Tesis ini tidak ada 'Perakuan Tesis Sarjana/Doktor Falsafah',Sarjana Sains
Pages:	232
Call Number:	QP551.M836 2018 tesis
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Institute of Systems Biology / Institut Biologi Sistem (INBIOSIS)

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.