1. UKM Learning and Research Repository
2. Master Thesis / Tesis Master
3. Institute of Systems Biology / Institut Biologi Sistem (INBIOSIS)

Title:	Pemprofilan transkriptom dan proteom cecair kendi Nepenthes ampullaria, Nepenthes rafflesiana dan Nepenthes x hookeriana
Authors:	Muhammad Mu'izzuddin Zulkapli (P80433)
Supervisor:	Goh Hoe Han, Dr.
Keywords:	Nepenthes Botany Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations Dissertations, Academic -- Malaysia
Issue Date:	20-Sep-2018
Description:	Genus Nepenthes terdiri daripada tumbuh karnivor yang telah berevolusi membentuk kendi di hujung daun bagi pengambilan nutrien daripada serangga yang terperangkap. Kaedah proteomik telah digunakan oleh beberapa kajian terkini untuk memberi pemahaman yang lebih jelas mengenai mekanisme penghadaman dalam kendi. Kajian lepas pengenalpastian protein daripada cecair kendi Nepenthes melaporkan kehadiran protein seperti protease aspartik (Nepenthesin I dan II), dan protein berkaitan patogenesis (β-1,3-glucanase, kelas IV chitinase dan protein seperti thaumatin) yang merupakan enzim stabil walaupun terdedah kepada persekitaran luar. Walau bagaimanapun, terdapat dua masalah utama yang mengehadkan proses pengenalpastian protein, iaitu komposisi asid amino yang luar biasa serta pangkalan data protein dan genomik yang terhad untuk Nepenthes. Kajian ini menggunakan kaedah proteomik dimaklumkan oleh transkriptomik atau Proteomics Informed by Transcriptomics (PIT) untuk mengenal pasti protein cecair kendi daripada tiga spesies Nepenthes (N. ampullaria, N. rafflesiana dan hibrid mereka, N. x hookeriana). Spesies ini telah dipilih disebabkan oleh tabiat makan mereka yang berbeza. N. ampullaria bersifat detritivor yang juga menguraikan sisa daun, manakala N. rafflesiana dan N. x hookeriana adalah karnivor yang memerangkap serangga. Penjujukan isoform PacBio (Iso-Seq) telah digunakan bagi menyediakan profil penuh transkriptom ketiga-tiga spesies sebagai pangkalan data rujukan untuk pengenalpastian protein. Kajian ini juga menentukan satu protokol optimum bagi pengekstrakan protein cecair kendi Nepenthes bagi memastikan kepekatan sampel protein cecair kendi adalah mencukupi untuk analisis lanjutan. Teknologi Orbitrap dan perisian MaxQuant telah digunakan bagi proses pengenalpastian protein tanpa menggunakan gel. Hasilnya, sejumlah 167 protein berjaya dikenal pasti, iaitu 90 bagi N. ampullaria, 92 bagi N. rafflesiana dan 74 bagi N. x hookeriana. Jumlah protein ini adalah jauh lebih banyak berbanding kajian terdahulu. Analisis lanjut mendapati lebih banyak protein (20 protein) yang dikongsi antara N. rafflesiana dengan N. x hookeriana berbanding N. ampullaria (8 protein). Dapatan ini turut disokong oleh analisis transkriptomik yang mencatatkan peratusan persamaan yang lebih tinggi antara N. rafflesiana dengan N. x hookeriana berbanding N. ampullaria bagi jujukan nukleotida dan protein ramalan. Ini menyokong kajian terdahulu ke atas aspek fenotip dan genetik ketiga-tiga spesies tersebut. Beberapa protein baharu yang dikenal pasti berkaitan dengan metabolisme sekunder, iaitu sitokrom P450, hidroksilase-2 isoflavon dan homolog reduktase isoflavon. Kajian ini mengenal pasti empat proses utama berkaitan pencernaan iaitu pencernaan polisakarida, pencernaan protein, pencernaan asid nukleik dan pencernaan lipid dengan 24 protein yang hadir dalam kesemua spesies kajian. Berdasarkan hasil daripada kajian ini, model mekanisme pencernaan berjaya dikemaskini dengan maklumat lanjutan berkaitan proses fisiologi molekul yang berlaku di dalam cecair kendi. Ini menyumbang kapada pemahaman yang menyeluruh mengenai mekanisma pencernaan Nepenthes.,Tesis ini tidak ada Perakuan Tesis Sarjana/Doktor Falsafah,Sarjana Sains
Pages:	87
Call Number:	QK495.N35M836 2018 tesis
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Institute of Systems Biology / Institut Biologi Sistem (INBIOSIS)

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.