1. UKM Learning and Research Repository
2. Master Thesis / Tesis Master
3. Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Title:	Pencirian jujukan genom mitokondria dan genom kloroplas tetrastigma rafflesiae
Authors:	Mohamad Hafizzudin Mohd Fedeli (P89429)
Supervisor:	Wan Kiew Lian, Prof. Dr.
Keywords:	Vitaceae Grapes Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations Dissertations, Academic -- Malaysia
Issue Date:	17-May-2021
Description:	Tetrastigma merupakan genus tumbuhan memanjat daripada keluarga Vitaceae. Genus tumbuhan berbunga ini mempunyai lebih daripada 95 spesies yang tersebar dari benua Asia hingga Australia. Selain terdapat beberapa spesies Tetrastigma, misalnya T. hemsleyanum yang mempunyai nilai perubatan, Tetrastigma juga turut terkenal lantaran hubungan uniknya dengan tumbuhan holoparasit daripada keluarga Rafflesiaceae. Terdapat spesies Tetrastigma yang menjadi tumbuhan perumah bagi spesies Rafflesia yang menghasilkan antara bunga yang terbesar di dunia. Namun begitu, maklumat genetik tentang Tetrastigma masih kurang didapati bagi tujuan kajian biologi molekul. Oleh itu, kajian ini bertujuan menghimpun, menciri dan membandingkan data mitogenom dan genom kloroplas bagi salah satu spesies Tetrastigma iaitu T. rafflesiae. Analisis telah dimulakan dengan pemetaan data jujukan bacaan berkualiti genom T. rafflesiae kepada 22 mitogenom dan genom kloroplas tumbuhan rujukan yang sama secara berasingan menggunakan Bowtie 2. Bacaan berkualiti yang berjaya dipetakan kepada genom rujukan organel masing-masing kemudiannya dihimpunkan secara de novo dalam VelvetOptimiser. Hasil pemetaan yang menjana jujukan mitogenom dan genom kloroplas T. rafflesiae telah menjalani proses perancahan dalam SSPACE dan MEDUSA serta analisis penutupan jurang kontig yang terhasil dalam proses perancahan dalam GapCloser. Saiz keseluruhan jujukan perancah mitogenom dan genom kloroplas T. rafflesiae yang dijana di akhir analisis GapCloser ialah masing-masing sebesar 336 kb dan 148 kb. Seterusnya, kandungan gen dalam kedua-dua genom T. rafflesiae terhimpun telah dianotasi menggunakan Mitofy (mitokondria) dan GeSeq (kloroplas). Hasil penganotasian gen telah mendedahkan mitogenom T. rafflesiae mengandungi 40 gen pengekod protein, 20 gen tRNA dan dua gen rRNA manakala genom kloroplas T. rafflesiae pula mengandungi 91 gen pengekod protein, 27 gen tRNA dan empat gen rRNA. Jujukan nukleotida daripada gen-gen pengekodan protein yang telah telah menjalani analisis kefungsian bagi mengesahkan identiti jujukan gen dengan menggunakan Blast2GO. Hasil daripada analisis kefungsian gen telah menunjukkan bahawa identiti jujukan nukleotida gen mitokondria dan kloroplas T. rafflesiae adalah sah berdasarkan keterangan daripada penjajaran BLASTX kepada pangkalan data NR yang telah diterjemah ke dalam output graf carta WEGO yang memaparkan pengelasan kefungsian gen. Lima gen T. rafflesiae daripada mitogenom (ccmB, cob, matR, nad6, rps3) dan tiga daripada kloroplas (rbcL, matK, rpoC1) telah dipilih dalam analisis penjajaran jujukan berganda (MSA) bersama tiga spesies Tetrastigma rujukan dan spesies outgroup V. vinifera bagi melihat kecekapan gabungan gen-gen penanda daripada organel berlainan membezakan antara spesies Tetrastigma. Hasil penjajaran MSA dan pembinaan semula pohon filogenetik menunjukkan gen penanda mitokondria berkemampuan untuk membezakan antara empat spesies Tetrastigma yang dikaji dengan nilai peratus bootstrap yang lebih rendah berbanding dengan gen penanda kloroplas. Secara keseluruhannya, hasil kajan ini telah dapat menambahkan maklumat berkenaan kandungan genetik antara mitogenom dan kloroplas T. rafflesiae dan menilai kecekapan penggunaan gen penanda antara kedua-dua genom organel dalam usaha pengelasan spesies dan kajian evolusi biologi dalam genus Tetrastigma.,Sarjana Sains
Pages:	131
Call Number:	QK495.V55M844 2021 tesis
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.