1. UKM Learning and Research Repository
2. Master Thesis / Tesis Master
3. Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Title:	Perbandingan genom antara pencilan Burkholderia pseudomallei dari Malaysia
Authors:	Lye Siew Fen (P43137)
Supervisor:	Abdul Munir Abdul Murad, Prof. Madya Dr.
Keywords:	Burkholderia pseudomallei Melioidosis
Issue Date:	8-Mar-2012
Description:	Burkholderia pseudomallei adalah agen penyebab melioidosis dalam manusia dan haiwan. Objektif kajian ini ialah untuk mengkaji kepelbagaian gen antara beberapa B. pseudomallei pencilan tempatan dan kaitan dengan darjah kevirulenan pencilan berkenaan. Untuk menentukan darjah kevirulenan, B. pseudomallei pencilan manusia D286, R15, PMC2000, H10, haiwan Sheep4523 dan strain rujukan daripada Thailand, K96243 didedahkan kepada hos, Caenorhabditis elegans. Sheep4523 merupakan strain yang paling virulen berdasarkan min masa kematian C. elegans iaitu 18.20 ± 0.20 jam diikuti R15 (27.47 ± 0.95 jam), PMC2000 (29.71 ± 0.52 jam), D286 (31.35 ± 0.91 jam), H10 (35.86 ± 1.62 jam) dan akhirnya K96243 (36.68 ± 0.90). Kesemua genom B. pseudomallei pencilan tempatan dijujuk dengan menggunakan teknologi penjujukan Illumina Solexa dan himpunan jujukan disusun berdasarkan jujukan genom rujukan K96243. Jujukan yang tidak berjaya dipetakan kepada K96243, dipeta kepada pencilan jujukan genom B. pseudomallei yang lain iaitu B. pseudomallei 1710b, B. pseudomallei 1106a dan B. pseudomallei 668. Bagi jujukan yang tidak berjaya dipetakan kepada mana-mana jujukan rujukan, himpunan secara de novo dilakukan. Jujukan genom berjaya dihimpunkan dan menunjukkan persamaan dalam julat 90-92% dengan genom rujukan, K96243. BLASTp secara dua hala antara gen rujukan dan gen pencilan tempatan menunjukkan terdapat sebanyak 76-79% gen yang sama. Perbezaan yang paling ketara antara pencilan ialah gen yang hadir pada kawasan kepulauan genom. Daripada 16 kepulauan genom yang hadir dalam genom rujukan K96243, sebahagian besar gen dalam kepulauan genom 3, 4, 5, 6, 11, 12 dan 13 tidak hadir dalam kelima-lima pencilan tempatan, sementara gen dalam kepulauan genom 1, 7 dan 14 merupakan gen yang hadir dalam kesemua genom. Antara pencilan tempatan, variasi gen yang ketara didapati dalam kepulauan genom 2, 8, 9, 10 dan 15. Namun demikian, variasi gen di kepulauan genom tersebut tidak memberi hubungan secara langsung kepada perbezaan kevirulenan yang ditunjukkan oleh setiap pencilan. Strategi himpunan secara de novo yang diambil meramalkan kawasan kepulauan genom yang unik kepada setiap pencilan tempatan. Walau bagaimanapun, fungsi yang dicadangkan untuk gen di kawasan kepulauan genom yang unik ini juga tidak dapat mencirikan hubungan secara langsung antara kawasan kepulauan genom dengan kepatogenan. Berbeza dengan patogen bakteria yang lain, hasil kajian ini menunjukkan gen yang diperlukan untuk kepatogenan B. pseudomallei berkemungkinan tidak terletak dalam kepulauan genom,Tesis ini tidak ada Perakuan Tesis Sarjana/Doktor Falsafah"
Pages:	121
Call Number:	QH434.L944 2012 tesis
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.