1. UKM Learning and Research Repository
2. PHD Thesis / Tesis PHD
3. Institute of Systems Biology / Institut Biologi Sistem (INBIOSIS)

Title:	Perbandingan profil n-glikan daripada kulat berkaitan kelapa sawit, ganoderma boninense dan ganoderma tornatum
Authors:	Nur Maisarah Sarizan (P80052)
Supervisor:	Muhammad Mukram Mohamed Mackeen, Prof. Dr.
Keywords:	Glycomics Ganoderma Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations Dissertations, Academic -- Malaysia
Issue Date:	12-Jun-2019
Description:	Pengglikosilan pautan-asparagina (N) merupakan pengubahsuaian protein utama yang berlaku dalam sel eukariot yang mana glikan memainkan peranan penting dalam pelbagai proses biologi seperti interaksi antara sel, lipatan protein serta patogenesis. Walau bagaimanapun, kajian analisis glikan (glikomik) masih kurang berbanding kajian omik yang lain. Ini disebabkan struktur glikan yang kompleks serta kesukaran analisis berikutan kehadiran pelbagai isomer-regio dan -stereo. Ganoderma boninense (patogenik) dan Ganoderma tornatum (bukan-patogenik) merupakan dua spesies kulat berkaitan kelapa sawit yang berkaitan dengan penyakit reput pangkal batang (BSR). Dalam kajian ini, perbandingan pemprofilan N-glikom daripada kedua-dua Ganoderma pada peringkat pertumbuhan yang berbeza (mono- dan dwikarion) telah dilakukan bagi mengenal pasti perbezaan antara spesies. Analisis struktur N-glikan daripada miselium G. boninense monokarion (GBM), G. boninense dwikarion (GBD), G. tornatum monokarion (GTM) dan G. tornatum dwikarion (GTD) telah dibantu dengan pembebasan glikan daripada glikoprotein menggunakan enzim peptida N-glikosidase F (PNGase F) dan teknik kimia hidrazinolisis. Glikan terbebas telah diterbitkan dengan label pendarfluour 2-aminobenzamida (2-AB) dan dianalisis menggunakan kromatografi cecair prestasi tinggi dengan turus amida dan berpengesanan pendarfluour (HPLC-FD). Secara umum, analisis profil HPLC-FD (enam replikat bagi setiap sampel) telah menunjukkan kehadiran 5-8 puncak (dilabel 'a-h') dengan perubahan kelimpahan yang ketara daripada semua sampel yang telah dirawat dengan PNGase F dan hidrazinolisis. Analisis unit glikan (GU) menggunakan piawai tetangga berat molekul dekstran telah menunjukkan kesemua puncak mempunyai nilai GU antara 6-13. Berdasarkan rujukan pangkalan data glikomik (GlycoStore), puncak tersebut dikenal pasti sebagai Hex0-9Man3GlcNAc2HexNAc0-8 (Hex: heksosa, Man: manosa, GlcNAc: N-asetilglukosamina, HexNAc: N-asetilheksosamina). Pembebasan glikan menggunakan teknik hidrazinolisis juga menunjukkan terdapat puncak-puncak pada masa penahanan yang rendah berkemungkinan daripada jenis O- atau N-glikan yang tidak dapat dicerna oleh enzim PNGase F. Pencirian puncak menggunakan α-manosidase kacang jack (JBM) dan lektin Konkanavalin-A (ConA) telah berjaya menunjukkan kehadiran N-glikan jenis manosa tinggi dalam kesemua sampel. Pencirian menggunakan β-endoglukanase pula tidak berjaya kerana kerumitan analisis. Analisis bioinformatik komponen utama (PCA) menunjukkan sampel GTM dapat diklusterkan berasingan daripada sampel-sampel lain bagi set profil glikan tanpa (glikan bebas) dan dengan pencernaan enzim PNGase F (glikan daripada glikoprotein). Analisis diskriminasi-dataran separa kurang (PLS-DA) antara dua set sampel pula telah dapat mengklusterkan mengikut spesies dan peringkat pertumbuhan masing-masing. Analisis skor unjuran pembolehubah terpenting (VIP) sampel hidrazinolisis menunjukkan puncak pada GU 2.76 (minit 11.5) dengan pengawalaturan menaik bagi sampel G. tornatum (GTM dan GTD) yang berpotensi sebagai penanda taksonomi. Puncak ini telah dikenal pasti sebagai glikan trisakarida, Hex1-3HexNAc0-2 melalui rujukan pangkalan data GlycoStore. Kesimpulannya, pemprofilan glikomik bagi G. boninense dan G. tornatum pada peringkat pertumbuhan berbeza telah berjaya dilaksanakan melalui teknik PNGase F (berenzim) dan hidrazinolisis (kimia). Keputusan yang diperoleh adalah berguna bagi membezakan spesies Ganoderma yang patogenik (G. boninense) dan bukan-patogenik (G. tornatum) serta memberi maklumat penting bagi kajian masa hadapan terutamanya dalam pencarian biopenanda.,Ph.D.
Pages:	224
Call Number:	QP702.G577N836 2019 tesis
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Institute of Systems Biology / Institut Biologi Sistem (INBIOSIS)

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.