Please use this identifier to cite or link to this item:
https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/515377| Title: | Pembinaan semula jaringan tapak jalan biosintesis glukosinolat dalam Brassicales |
| Authors: | Sarahani Harun (P72158) |
| Supervisor: | Zeti Azura Mohamed Hussein, Prof. Madya Dr. |
| Keywords: | Glucosinolates Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations Dissertations, Academic -- Malaysia |
| Issue Date: | 19-May-2018 |
| Description: | Glukosinolat (GSL) merupakan metabolit sekunder yang penting di dalam sistem pertahanan tumbuhan. Walau bagaimanapun, tapak jalan GSL yang sedia dalam KEGG adalah terhad. Maka, kajian ini memfokuskan kepada pembinaan semula tapak jalan biosintesis glukosinolat (GSL) di dalam Brassicales seperti Arabidopsis thaliana, Brassica rapa (kobis Cina), Brassica oleracea (kobis, brokoli, kobis bunga) dan Carica papaya (betik). Kajian ini dijalankan untuk mengenalpasti gen yang terlibat di dalam tapak jalan biosintesis GSL, membangunkan kaedah yang sistematik dalam analisis pembinaan semula tapak jalan biologi, membina semula jaringan tapak jalan GSL bagi mendapat kefahaman yang lebih jelas dalam penghasilan GSL serta membangunkan pangkalan data GSLbase. Pencarian bibliomik dan pangkalan data AraCyc, KEGG dan KNApSAcK telah dijalankan secara menyeluruh untuk mengenalpasti gen dan metabolit GSL di dalam A. thaliana. Gen GSL A. thaliana dijadikan pertanyaan (query) dalam mencari gen ortolog di dalam Brassica rapa, Brassica oleracea dan Carica papaya. Kaedah berasaskan pengetahuan kemudiannya dibangunkan bagi mengenalpasti pasangan interaksi gen GSL menggunakan AraNet, GeneMANIA dan ATTED. Sembilan puluh empat gen GSL dari A. thaliana telah dikenalpasti dan digunakan dalam kaedah yang dibangunkan. Analisis maklumat konteks genom (genome context), ontologi gen dan corak pengekspresan gen telah dilakukan ke atas pasangan interaksi yang dikenalpasti dan menemui 22 gen biosintesis dan 7 faktor transkripsi yang dijangka terlibat di dalam tapak jalan biosintesis GSL A. thaliana. Dalam analisis perbandingan genomik, sebanyak 626 gen telah ditemui di dalam B. rapa, 457 gen ditemui dalam B. oleracea dan 206 gen telah ditemui di dalam C. papaya. Keseluruhan tapak jalan GSL termasuk sub tapak jalan alifatik, indolik dan benzil telah dibina semula dengan memetakan metabolit GSL yang dihasilkan secara spesifik oleh keempat-empat spesis tumbuhan ini (37 metabolit GSL dalam A. thaliana, 16 metabolit GSL dalam B. rapa, 21 GSL dalam B. oleracea dan satu metabolit GSL dalam C. papaya) beserta dengan gen GSL yang telah dikenalpasti. Hasilnya, tapak jalan alifatik, indolik dan benzil GSL dalam empat tumbuhan yang lebih lengkap berbanding KEGG telah dihasilkan. Keseluruhan maklumat yang diperolehi daripada kajian ini disimpan di dalam pangkalan data GSLbase (http://gslbase.cbr-inbiosis.org/) bagi memberi kemudahan kepada penyelidik yang berminat untuk mempelajari biosintesis GSL dengan lebih mendalam.,Tesis ini tidak ada "Perakuan Tesis Sarjana/Doktor Falsafah",Ph.D. |
| Pages: | 185 |
| Call Number: | QD325 .S235 2018 tesis |
| Publisher: | UKM, Bangi |
| Appears in Collections: | Institute of Systems Biology / Institut Biologi Sistem (INBIOSIS) |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| ukmvital_110589+SOURCE1+SOURCE1.0.PDF Restricted Access | 879.98 kB | Adobe PDF |  View/Open |
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.