Pencirian RNA kecil terpelihara bakteria dalam Burkholderia Pseudomallei

Norfarrah Mohamed Alipiah (P82058)

Please use this identifier to cite or link to this item: https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/515371

Full metadata record

DC Field	Value	Language
dc.contributor.advisor	Mohd. Firdaus Mohd. Raih, Prof. Madya Dr.
dc.contributor.author	Norfarrah Mohamed Alipiah (P82058)
dc.date.accessioned	2023-10-16T08:36:11Z	-
dc.date.available	2023-10-16T08:36:11Z	-
dc.date.issued	2020-05-28
dc.identifier.other	ukmvital:124894
dc.identifier.uri	https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/515371	-
dc.description	Terdapat banyak RNA kecil (sRNA) yang sangat terpelihara di kalangan spesis bakteria. sRNA ini terlibat dalam pelbagai peranan dalam sel tetapi masih banyak lagi sRNA yang tidak dicirikan dan tidak dikaitkan fungsi. Andaian dibuat bahawa gen sRNA yang sangat terpelihara akan mengekodkan fungsi penting yang merentasi pelbagai takson dan berkemungkinan adalah keperluan bagi organisma yang memilikinya. Dalam kajian ini, jujukan gen sRNA putatif yang terpelihara merentasi pelbagai takson dikenal pasti. Gen-gen ini diperincikan secara perkomputeran dan dirujuk-balas terhadap dataset sRNA Burkholderia pseudomallei yang merupakan bakteria tanah tetapi juga agen penyakit parah, melioidosis. Lapan gen sRNA dijumpai terpelihara pada pelbagai tahap taksonomi dengan tiga daripadanya belum dikaitkan dengan sebarang fungsi. Ketiga-tiga sRNA ini mempunyai homolog diluar order Burkholderiales. Dua daripada sRNA tidak diketahui fungsi ini, 1_sRNA_0575 dan 1_sRNA_0826, terdapat pada kedudukan gen-gen terlibat dalam pengangkutan sel dan gen pengapitnya mengekodkan protein membran luar A (ompA) iaitu homolog gen bagi 1_1740 dan 1_2453 masing-masing. Satu lagi sRNA yang tidak diketahui fungsi adalah 1_sRNA_0952 yang gen pengapitnya mengekodkan protein induksi osmotik (osmC), 1_2830 yang terlibat dalam proses penyahtoksikan bakteria. Ketiga-tiga sRNA terpelihara ekspres secara signifikan pada rawatan kepekatan spesifik melebihi nilai ambang tetrasiklin atau natrium klorida, dan mempunyai corak pengekspresan yang sama bagi gen pengapit masing-masing. Seterusnya, penyuntingan gen menggunakan kaedah CRISPRi yang menyasarkan sRNA secara berasingan menunjukkan penindasan sRNA dalam rawatan termasuk gen pengapitnya, telah menunjukkan mekanisme pengawalaturan positif secara cis. Malahan, susunan gen dan jujukan hadapan mRNA mencadangkan mekanisme anti antisense antara sRNA dan gen pengapitnya. Dalam rawatan tetrasiklin (0.49 dan 0.98 μg/mL), peningkatan pengekspresan 1_sRNA_0575 di bawah rawatan mencadangkan pembukaan tapak pengikatan ribosom (RBS) dan pengaktifkan gen 1_1740. Manakala jujukan hadapan 1_2453 dan 1_2830 mengandungi kawasan kaya AU yang merupakan tapak lekat pembelahan RNase E. Pengekspresan sRNA mencadangkan pelekatannya pada jujukan hadapan, mengaruh pembelahan kepada pembentukan mRNA baharu yang stabil dan RBS yang boleh capai. Asai ke atas strain ketukanbawah mendapati 1_sRNA_0575 dan 1_sRNA_0826 mensasarkan gen pengapitnya bertindak secara khusus, tidak menunjukkan perubahan fenotip tetapi mempengaruhi perubahan genotip dalam analisis pengekspresan gen. Bagi 1_sRNA_0952 yang mengawalatur 1_2830 respon dilihat terhadap tekanan osmotik dan oksidatif secara genotip, impak fenotip hanya dilihat dalam rawatan natrium klorida sahaja. Kajian ini memberi maklumat baharu berkenaan gen-gen yang terbabit dalam laluan sRNA terpelihara dan pengenalpastian sasaran yang dikawalatur. Kajian ini juga mencadangkan maklumat tambahan bagi mekanisme interaksi antara sRNA-mRNA. Berdasarkan penemuan eksperimen, kami ingin mengandaikan 1_sRNA_0575 dan 1_sRNA_0826 mempengaruhi ompA dalam kerintangan bakteria tetapi kekurangan bukti fenotip. Sementara, bagi 1_sRNA_0952 yang mensasarkan osmC, bukti menunjukkan kemungkinan tinggi penglibatannya dalam pengawalaturan keseimbangan sistem osmotik dalam bakteria.,Ph.D.
dc.language.iso	may
dc.publisher	UKM, Bangi
dc.relation	Institute of Systems Biology / Institut Biologi Sistem (INBIOSIS)
dc.rights	UKM
dc.subject	RNA kecil (sRNA)
dc.subject	Burkholderia Pseudomallei
dc.subject	Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations
dc.subject	Dissertations, Academic -- Malaysia
dc.title	Pencirian RNA kecil terpelihara bakteria dalam Burkholderia Pseudomallei
dc.type	Theses
dc.format.pages	215
dc.identifier.barcode	004958(2020)
Appears in Collections:	Institute of Systems Biology / Institut Biologi Sistem (INBIOSIS)

Files in This Item:

File	Description	Size	Format
ukmvital_124894+SOURCE1+SOURCE1.0.PDF Restricted Access		14.24 MB	Adobe PDF	View/Open

Show simple item record Recommend this item