Pengenalpastian gen berpotensi dan pembinaan semula tapak jalan biosintesis sebatian yang mengandungi sulfur dalam jaringan sistem pertahanan tumbuhan

Muhammad Redha Abdullah Zawawi (P85905)

Please use this identifier to cite or link to this item: https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/515368

Full metadata record

DC Field	Value	Language
dc.contributor.advisor	Zeti Azura Mohamed Hussein, Prof. Madya Dr.
dc.contributor.author	Muhammad Redha Abdullah Zawawi (P85905)
dc.date.accessioned	2023-10-16T08:36:10Z	-
dc.date.available	2023-10-16T08:36:10Z	-
dc.date.issued	2020-09-11
dc.identifier.other	ukmvital:121480
dc.identifier.uri	https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/515368	-
dc.description	Sebatian yang mengandungi sulfur (SMS) merupakan metabolit sekunder yang penting dalam sistem pertahanan tumbuhan. Glukosinolat (GSL) dan kamaleksin (KLS) adalah contoh SMS yang banyak dijumpai di dalam Arabidopsis thaliana. Ia berfungsi sebagai molekul pertahanan terhadap serangan biotik dan abiotik. Namun, kajian biosintesis GSL dan KLS yang kurang menyeluruh berbanding dengan metabolit sekunder lain telah menyebabkan tapak jalan yang tidak lengkap di dalam A. thaliana. Sehingga kini, pengesahsahihan tapak jalan biosintesis GSL dan KLS juga masih belum dilaporkan di dalam mana-mana tumbuhan monokotiledon. Kajian ini telah dijalankan untuk mengkelaskan SMS tumbuhan dikotiledon dan monokotiledon menggunakan maklumat metabolit, mengenalpasti gen berpotensi biosintesis SMS (gbSMS) di dalam A. thaliana (dikotiledon) dan O. sativa (monokotiledon), membina semula tapak jalan biosintesis SMS dan membina jaringan gen biosintesis SMS yang terlibat di dalam sistem pertahanan monokot dan dikot. Pengkelasan 491 metabolit SMS yang diperoleh daripada KNApSAcK melalui pengelompokan berhierarki telah mendapati dikot sebagai pengeluar utama kepada metabolit SMS, khususnya GSL, yang mana 76% daripada 50 kelompok adalah merupakan tumbuhan dikot. Pada peringkat gen, jaringan pengekspresan bersama bagi 143 gen biosintesis SMS A. thaliana (AtgkSMS) daripada KEGG dan AraCyc telah dibina dan dipemerkaya bagi mengenalpasti persamaan ontologi antara AtgkSMS dan AtgbSMS. Sebanyak 30 AtgbSMS telah dikenal pasti dalam lima klad filogenetik yang dikongsi dan dikawal atur bersama oleh 17 faktor transkripsi (FT), serta memiliki sepuluh taburan motif dan 27 unsur cis responsif yang sama dengan AtgkSMS. Bagi pencarian OsgbSMS, 54 dan 264 OsgbSMS telah dikenal pasti daripada analisis gen ortolog dan kejadian sinteni antara AtgkSMS dan AtgbSMS dengan genom O. sativa. 44 OsgbSMS telah berjaya dibuat inferens menerusi perkongsian tiga dan tujuh klad filogenetik daripada analisis gen ortolog dan kejadian sinteni bersama serta memiliki taburan motif dan struktur gen yang sama dengan AtgkSMS, AtgbSMS dan OsgbSMS. Tapak jalan biosintesis SMS telah dibina semula dengan memetakan kesemua 30 AtgbSMS dan 44 OsgbSMS ke templat tapak jalan. Jaringan gen biosintesis SMS (gSMS) dalam sistem pertahanan telah dibina secara semantik dengan menghubungkan gSMS dengan FT, tapak jalan dan ontologi gen. AtgSMS telah didapati banyak terlibat dalam tekanan biotik dengan nisbah korelasi abiotik kepada biotik sebanyak 1:5, berbanding OsgSMS yang bernisbah 1:2. Lima famili FT berkaitan pertahanan seperti ERF, MYB, NAC, C2H2 dan WRKY telah dikenal pasti paling banyak mengawal atur AtgSMS dan OsgSMS. AtgSMS juga dilaporkan tinggi dalam tindak balas pertahanan terhadap bakteria, serangga, luka, kemasinan dan tapak jalan pengisyaratan ABA dan JA, manakala OsgSMS pula dalam tindak balas pengisyaratan IAA, tekanan abiotik seperti toksik, kemarau, kemasinan dan biotik, terutamanya bakteria dan kulat. AtgSMS dan OsgSMS telah menunjukkan persamaan dalam pertahanan tumbuhan melalui pengawalaturan gSMS oleh lima FT famili yang sama dan sangat berkolerasi dalam rawatan bakteria dan kemasinan. Perbezaan AtgSMS dan OsgSMS dalam pertahanan tumbuhan turut dikenal pasti melalui korelasi AtgSMS yang tinggi dalam rawatan biotik berbanding OsgSMS yang terlibat dalam tekanan biotik dan abiotik. Pendekatan ini telah menyediakan modul yang efektif dalam pencarian gbSMS daripada jaringan berasaskan pengetahuan ke arah pemahaman terperinci mengenai sistem pertahanan tumbuhan dikot dan monokot.,Ph.D.
dc.language.iso	may
dc.publisher	UKM, Bangi
dc.relation	Institute of Systems Biology / Institut Biologi Sistem (INBIOSIS)
dc.rights	UKM
dc.subject	Plant defenses
dc.subject	Plant bioactive compounds
dc.subject	Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations
dc.subject	Dissertations, Academic -- Malaysia
dc.title	Pengenalpastian gen berpotensi dan pembinaan semula tapak jalan biosintesis sebatian yang mengandungi sulfur dalam jaringan sistem pertahanan tumbuhan
dc.type	Theses
dc.format.pages	341
dc.identifier.callno	QK921.M834 2020 tesis
dc.identifier.barcode	004863(2020)
Appears in Collections:	Institute of Systems Biology / Institut Biologi Sistem (INBIOSIS)

Files in This Item:

File	Description	Size	Format
ukmvital_121480+SOURCE1+SOURCE1.0.PDF Restricted Access		16.98 MB	Adobe PDF	View/Open

Show simple item record Recommend this item