Pengenalpastian polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) dan faktor transkripsi yang berkaitan dengan ciri nutrien flavonoid dan folat daripada data genom dan transkriptom enam varieti padi Malaysia

Rabiatul Adawiah Zainal Abidin (P88146)

Please use this identifier to cite or link to this item: https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/515367

Full metadata record

DC Field	Value	Language
dc.contributor.advisor	Zeti Azura Mohamed Hussein, Prof. Madya Dr.
dc.contributor.author	Rabiatul Adawiah Zainal Abidin (P88146)
dc.date.accessioned	2023-10-16T08:36:09Z	-
dc.date.available	2023-10-16T08:36:09Z	-
dc.date.issued	2020-10-05
dc.identifier.other	ukmvital:121472
dc.identifier.uri	https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/515367	-
dc.description	Polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) dan faktor transkripsi (FT) didapati mempengaruhi penghasilan kandungan nutrien padi seperti flavonoid (antioksidan) dan folat. Namun, bilangan SNP yang berkaitan dengan ciri nutrien flavonoid dan folat masih terhad malah FT yang berpotensi terlibat dalam proses biosintesis folat juga masih belum dilaporkan. Maka, kajian ini telah dijalankan untuk mengenal pasti dan mencirikan SNP yang berpotensi sebagai penanda molekul bagi ciri nutrien flavonoid dan folat serta FT yang berpotensi terlibat dalam proses biosintesis folat. Data jujukan genom dan transkriptom enam varieti padi Malaysia yang terdiri daripada dua varieti beras hitam (Bali & Pulut Hitam), dua varieti beras merah (MRM 16 & MRQ 100) serta dua varieti beras putih (MR 297 & MRQ 76) telah dianalisis untuk mengenal pasti SNP yang berpotensi sebagai penanda molekul bagi ciri nutrien flavonoid dan folat. Hasil kajian mendapati 606 SNP bagi ciri nutrien flavonoid dan 205 SNP bagi ciri nutrien folat telah dikenal pasti sebagai SNP yang menunjukkan kepelbagaian dan keunikan antara enam varieti padi Malaysia. Kekerapan SNP dikenal pasti lebih tinggi dalam jujukan gen biosintesis hiliran (leucoantocyanidin dioxygenase) berbanding gen biosintesis huluan (chalcone isomerase) kerana gen biosintesis huluan berevolusi dengan perlahan disebabkan oleh interaksinya dengan pelbagai gen daripada pelbagai tapak jalan. Gen biosintesis folat salinan tunggal (gama-glutamyl hydrolase) mempunyai kekerapan SNP yang paling rendah kerana mengalami proses tekanan pemilihan yang tinggi. Hasil analisis SNP dalam jujukan gen biosintesis flavonoid dan folat ini telah menyokong hipotesis bahawa kekangan evolusi merupakan faktor yang mempengaruhi kekerapan polimorfisme antara gen biosintesis yang mengekodkan enzim dalam tapak jalan. Analisis jaringan pengekspresan bersama gen berpandukan kriteria, iaitu nilai pekali kolerasi Pearson, aras pengekspresan gen, ontologi gen dan bilangan interaksi telah mengenal pasti 11 FT yang terdiri daripada famili B3, TCP, bHLH, SLP, ERF dan bZIP adalah berpotensi terlibat dalam proses biosintesis folat. Faktor transkripsi daripada famili ini turut dilaporkan terlibat untuk mengawal atur pengekspresan asid giberilik bagi perkembangan dan percambahan biji benih padi, perkembangan reproduktif tumbuhan serta tindak balas melawan tekanan abiotik dan biotik. Pendekatan integrasi antara SNP dan gen yang diekspreskan bersama dengan menggunakan kriteria nombor rujukan gen dan lokasi gen telah mengenal pasti 444 SNP dalam 71 gen yang terlibat dengan proses biosintesis flavonoid, manakala 538 SNP dalam 91 gen bagi proses biosintesis folat yang turut berpotensi sebagai penanda molekul berfungsi. Kesemua penanda molekul berfungsi ini berpotensi mempengaruhi kehilangan atau penambahan bagi fungsi gen yang terlibat dalam proses biosintesis flavonoid dan folat. Antara proses biologi yang dikenal pasti menyumbang kepada proses biosintesis flavonoid dan folat dalam biji benih matang padi seperti metabolisme karbohidrat, metabolisme terpenoid dan poliketida, interaksi tumbuhan-patogen dan isyarat transduksi hormon tumbuhan. Pangkalan data (MyNutRiceBase) telah dibangunkan bagi menyimpan data dan maklumat biologi molekul yang berkaitan dengan ciri nutrien flavonoid dan folat yang diperolehi daripada kajian ini.,Ph.D.
dc.language.iso	may
dc.publisher	UKM, Bangi
dc.relation	Institute of Systems Biology / Institut Biologi Sistem (INBIOSIS)
dc.rights	UKM
dc.subject	Rice -- Planting -- Malaysia
dc.subject	Rice -- Varieties -- Malaysia
dc.subject	Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations
dc.subject	Dissertations, Academic -- Malaysia
dc.title	Pengenalpastian polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) dan faktor transkripsi yang berkaitan dengan ciri nutrien flavonoid dan folat daripada data genom dan transkriptom enam varieti padi Malaysia
dc.type	Theses
dc.format.pages	185
dc.identifier.callno	SB191.R5R333 2020 tesis
dc.identifier.barcode	004858(2020)
Appears in Collections:	Institute of Systems Biology / Institut Biologi Sistem (INBIOSIS)

Files in This Item:

File	Description	Size	Format
ukmvital_121472+SOURCE1+SOURCE1.0.PDF Restricted Access		17.03 MB	Adobe PDF	View/Open

Show simple item record Recommend this item