1. UKM Learning and Research Repository
2. PHD Thesis / Tesis PHD
3. Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Title:	Pencirian protein antibeku daripada Glaciozyma antarctica
Authors:	Noor Haza Fazlin Hashim (P52751)
Supervisor:	Abdul Munir Abdul Murad, Prof Madya Dr.
Keywords:	Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations Antifreeze proteins Yeast fungi -- Antarctica Dissertations, Academic -- Malaysia
Issue Date:	20-Jan-2014
Description:	Kulat psikrofil, Glaciozyma antarctica, menghasilkan protein antibeku (AFP) sebagai salah satu strategi untuk bermandiri pada persekitaran suhu sejuk ekstrem. Sebanyak sembilan gen mengekod AFP telah diramal daripada projek penjujukan genom kulat ini dan dua daripada gen tersebut telah dicirikan. Objektif kajian adalah untuk menciri kefungsian bagi AFP putatif G. antarctica (GaAFP) serta memahami mekanisme interaksi antara GaAFP-ais. Melalui kaedah tindak balas berantai polimerase transkripsi berbalik, cDNA bagi kesemua jujukan GaAFP berjaya dipencil daripada mRNA yang diekstrak daripada sel yang dihidupkan pada suhu 4°C. Kesemua GaAFP, kecuali Afp8, diramal sebagai protein ekstrasel berdasarkan kehadiran jujukan peptida isyarat. Afp8 diramal mempunyai domain transmembran dan dijangka dilokalisasi pada membran sel. Kesemua protein GaAFP rekombinan berjaya dihasilkan di dalam sistem pengekspresan Escherichia coli, namun dalam bentuk jasad inklusi. Bagi menghasilkan protein aktif, jasad inklusi yang terhasil telah dinyahasli menggunakan urea dan dilipat semula secara in vitro. Sebanyak tiga kaedah pelipatan semula iaitu kaedah dialisis, pencairan dan pelipatan dalam turus telah dinilai. Kaedah pencairan didapati menghasilkan jumlah protein terlipat tertinggi. Beberapa bahan tambahan iaitu β-siklodekstrin, L-arginina, gliserol and Triton X-100 juga telah dinilai untuk membantu meningkatkan proses pelipatan semula protein. β-siklodekstrin didapati dapat meningkatkan pelipatan Afp1, Afp2 dan Afp6, L-arginina meningkatkan pelipatan Afp3, Afp4 dan Afp5 manakala gliserol meningkatkan pelipatan Afp7, Afp8 dan Afp9. Pengasaian aktiviti terhadap protein terlipat menunjukkan kesemua GaAFP rekombinan berupaya menunjukkan aktivti histeresis terma (TH) dan perencatan penghabluran semula ais (RI) serta memodifikasi struktur hablur ais kepada bentuk heksagon. Aktiviti TH tertinggi direkodkan oleh Afp1, Afp5 dan Afp8 iaitu 0.08°C. Campuran kesemua GaAFP rekombinan memberi nilai TH yang lebih tinggi iaitu 0.15°C berbanding nilai TH AFP natif G. antarctica iaitu 0.1°C. Penghabluran protein rekombinan GaAFP telah dijalankan untuk memahami mekanisme interaksi GaAFP-ais. Namun begitu, penghabluran protein GaAFP tidak berjaya. Oleh itu, pemodelan protein telah dijalankan bagi jujukan protein yang mempunyai persamaan melebihi 30% dengan struktur protein antibeku kulat Typhula ishikariensis dan Leucosporidium sp AY30. Berdasarkan model protein yang terhasil, kesemua GaAFP mengandungi satu gegelung heliks-β yang selari dengan satu gegelung heliks-α. Permukaan-b pada struktur protein diramal sebagai permukaan pengikat ais (IBS) berdasarkan nilai hidrofobisiti dan permukaan yang rata. Selain itu, jarak antara kepingan β pada permukaan tersebut secara purata ialah ~4.7Å dan ini menyerupai jarak antara atom oksigen pada molekul air. Residu-residu yang terdapat pada IBS didapati tidak mengandungi sebarang corak motif serta residu yang diramal terlibat dalam interaksi dengan ais adalah berbeza daripada yang telah dilapor bagi AFP kulat yang lain. Sebagai kesimpulan, kesemua protein AFP putatif G. antarctica mempamerkan aktiviti antibeku dan mekanisme interaksi antara protein tersebut dengan ais telah diramalkan,Tesis ini tiada Perakuan Tesis Sarjana/Doktor Falsafah"
Pages:	217
Call Number:	QP552.A56N656 2014 tesis
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.