Please use this identifier to cite or link to this item:
https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/475828| Title: | Analisis transkriptomik dan proteomik larutan kendi Nepenthes spp. |
| Authors: | Wan Nor Abidah Wan Zakaria (P66150) |
| Supervisor: | Normah Mohd Noor, Prof.Dr. |
| Keywords: | Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations Dissertations Academic -- Malaysia Nepenthes |
| Issue Date: | 13-May-2016 |
| Description: | Keunikan Nepenthes sebagai tumbuhan karnivor adalah terletak pada kendinya yang terbentuk dari hujung juntaian daun. Selain enzim pencernaan yang pernah dilaporkan, komposisi penuh cecair daripada kendi masih lagi misteri. Kajian ini bertujuan untuk mengenal pasti komposisi protein daripada cecair kendi Nepenthes spp. SDS-PAGE digunakan untuk mendapatkan profil protein cecair daripada kendi yang baru terbuka (hari 0) daripada tiga spesies berbeza, N. x ventrata, N. x miranda, dan N. albomarginata. Kajian seterusnya memfokuskan kepada komposisi protein cecair kendi N. x ventrata menggunakan pendekatan Proteomik termaklum Transkriptomik (PIT). Pendekatan ini menggabungkan analisis RNA-seq kendi periuk kera dan profil spektrometri jisim cecair kendi yang dijalankan secara berasingan. Dua eksperimen telah dijalankan terhadap N. x ventrata, iaitu rawatan kelanjutan usia dan rawatan kitin. Untuk rawatan kelanjutan usia, cecair kendi ditapis menggunakan picagari sebelum diultraturas. Turasan dengan protein bersaiz lebih kecil daripada 10 kDa kemudian dimasukkan kembali ke dalam kendi, dan dibiarkan selama tiga hari sebelum kendi dan cecair dikumpulkan semula. Untuk perlakuan kitin pula, 30 mM kitin dimasukkan ke dalam kendi pada Hari-0 dan dikumpulkan pada Hari-3. Sampel yang dikumpul pada Hari-0 digunakan sebagai kawalan. Transkrip unik (UTs) telah dijana daripada analisis transkriptom melalui penghimpunan secara de novo diikuti anotasi kefungsian. Jujukan peptida yang dijana daripada jangkaan rangka bacaan terbuka (ORF) daripada UTs digunakan sebagai pangkalan data protein bagi tujuan pengenalpastian protein melalui analisis spektrometri jisim. Hasil kajian menunjukkan cecair dan profil protein adalah berbeza mengikut spesies. Analisis daripada kajian transkriptomik pula menunjukkan pergerakan protein banyak berlaku di dalam kendi kawalan yang dikumpul awal pembukaan kendi melalui sistem salutan protein COPI, COPII dan clathrin. Ujian kelanjutan kendi mendapati kendi giat melakukan proses fotosintesis lebih tinggi berbanding sampel lain, menunjukkan kendi yang efektif di dalam membayar balik kos pembinaan organ karnivornya. Rawatan kitin pula menjumpai tapak jalan sistem pertahanan yang diaktifkan dengan kehadiran serangga. Gen daripada tapak jalan PAMPPTI dan MAPK menunjukkan sistem pencernaan dalam larutan kendi adalah bergandingan dengan sistem pertahanan pada kendi. Kajian proteomik pula berjaya menemui enzim protease baru daripada kumpulan Nepenthesin dan dinamakan sebagai Nep6. Selain daripada itu, terdapat juga protein lain dijumpai yang belum pernah dilaporkan yang terlibat di dalam proses pengangkutan dan pengawalaturan. Penemuan ini memainkan peranan yang penting dalam memahami kepelbagaian fungsi kendi Nepenthes yang membolehkan adaptasi genus ini.,Tesis ini tiada Perakuan Tesis Sarjana / Doktor Falsafah" |
| Pages: | 125 |
| Call Number: | QK97.W343 2017 tesis |
| Publisher: | UKM, Bangi |
| Appears in Collections: | Institute of Systems Biology / Institut Biologi Sistem (INBIOSIS) |
Files in This Item:
There are no files associated with this item.
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.