1. UKM Learning and Research Repository
2. Master Thesis / Tesis Master
3. Institute of Systems Biology / Institut Biologi Sistem (INBIOSIS)

Title:	Analisis RNA-seq padi bukit Malaysia varieti kuku belang dan kajian kefungsian gen berkaitan tekanan kemarau OsCURT1A
Authors:	Bernadette Toni (P69893)
Supervisor:	Zamri Zainal, Prof. Dr.
Keywords:	Rice -- Malaysia
Issue Date:	17-Feb-2017
Description:	Salah satu faktor utama pengurangan hasil padi dunia adalah disebabkan masalah kemarau. Ciri kerintangan kemarau yang kompleks memberi cabaran yang besar dalam usaha memahami mekanisma kerintangan kemarau dalam tumbuhan. Salah satu mekanisma gerak balas tumbuhan terhadap tekanan adalah pengawalaturan pengeskpresan gen. Perkembangan pesat teknologi penjujukan RNA (RNA-seq) membolehkan pengenalpastian gen dikawalatur semasa tekanan abiotik dilakukan secara sistematik, murah, cepat, dan menyeluruh. Dalam kajian ini, transkriptom sejenis padi bukit Malaysia varieti Kuku Belang yang lebih rintang kemarau berbanding padi sawah dirawat dengan 20% polietilena glikol dengan berat molekul 8000 (PEG-8000) bagi menyerupai tekanan kemarau dianalisis bagi memperoleh gambaran mekanisma gerak balas yang digunakan oleh padi bukit ketika kemarau di samping turut bertindak sebagai alat pemilihan gen berkaitan kemarau. Jumlah keseluruhan gen yang berjaya dikatalogkan menggunakan Illumina® HiSeq™ 2000 adalah sebanyak 30 385. Sebanyak 2332 gen terekspres secara spesifik dalam sampel kawalan dan 2369 gen terekspres secara spesifik dalam sampel yang dirawat dengan 20% PEG-8000. Analisis ontologi gen (GO) mendapati terdapat lebih banyak gen terekspres dalam sampel yang dirawat dengan 20% PEG-8000 adalah berkaitan proses biosintesis selular seperti nukleotida purina, proses pengangkutan terutama melalui membran seperti eksositosis, aktiviti pengikatan lipid, dan aktiviti ATPase berbanding gen terkespres dalam sampel kawalan maka mencadangkan fungsi ini penting dalam gerak balas padi bukit terhadap tekanan. Untuk kajian kefungsian satu gen yang mengkodkan protein terekspres yang mempunyai 55% persamaan dengan AtCURT1A telah dipilih dan dinamakan OsCURT1A. Melalui PCR kuantitatif pengekspresan OsCURT1A didapati dikawal turun secara signifikan pada sela masa jam kedua bagi sampel yang dirawat dengan 20% PEG-8000 maka mencadangkan bahawa OsCURT1A terlibat dalam gerak balas awal tekanan abiotik. Analisis in silico dan filogenetik pula mencadangkan OsCURT1A berada di kloroplas terutama membran tilakoid dan mengawalatur tekanan kemarau melalui proses fotosintesis. Kajian kefungsian menggunakan Arabidopsis thaliana transgenik dengan pengekspresan melampau OsCURT1A (oeOsCURT1A-35S) mendapati oeOsCURT1A-35S mempunyai ciri rintang tekanan PEG dan NaCl di mana didapati tiada perbezaan signifikan dalam nisbah klorofil a:b oeOsCURT1A-35S apabila di bawah tekanan PEG (ψw -0.7 MPa) dan 125 mM NaCl berbanding apabila tanpa rawatan selain mempunyai nisbah klorofil a:b oeOsCURT1A-35S yang lebih tinggi dan signifikan berbanding A. thaliana liar apabila diberikan rawatan 125 mM NaCl. Manakala A. thaliana mutan knockout AtCURT1A (atcurt1a) pula mempunyai ciri rentan tekanan PEG dan NaCl di mana didapati atcurt1a mempunyai klorofil jumlah dan nisbah klorofil a:b yang rendah apabila di bawah tekanan PEG (ψw -0.7 MPa) dan 125 mM NaCl di samping turut mempunyai akar yang pendek dan berat basah akar yang rendah dan signifikan apabila di bawah tekanan 125 mM NaCl. Didapati juga oeOsCURT1A-35S dan atcurt1a mempunyai corak percambahan yang sama seperti A. thaliana liar apabila di bawah 1 μM ABA. Maka dapat disimpulkan berdasarkan kajian fisiologi yang dilakukan OsCURT1A dicadangkan terlibat dalam pengawalaturan tekanan kemarau dengan secara tidak langsung mengawalatur kandungan klorofil dan merupakan gen tak bergantung pada ABA.,Tesis ini tidak ada Perakuan Tesis Sarjana/Doktor Falsafah"
Pages:	184
Call Number:	SB191.R5B437 2017 tesis
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Institute of Systems Biology / Institut Biologi Sistem (INBIOSIS)

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.