1. UKM Learning and Research Repository
2. Master Thesis / Tesis Master
3. Institute of Systems Biology / Institut Biologi Sistem (INBIOSIS)

Title:	Pembangunan pangkalan data kanser kolorektal 'The Colorectal Genome Atlas Malaysia (TCGA-MY)'
Authors:	Mohd Amin Azuwar (P85907)
Supervisor:	Zeti Azura Mohamed Hussein, Prof. Madya Dr.
Keywords:	Colon (Anatomy) -- Cancer Rectum -- Cancer Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations Dissertations, Academic -- Malaysia
Issue Date:	7-Sep-2021
Description:	Pelbagai pangkalan data yang menyimpan data hasil kajian lepas seperti Colorectal Cancer Atlas dan The Cancer Omics Atlas telah diwujudkan untuk meningkatkan kefahaman terhadap kanser kolorektal (kanser kolorektal), namun tiada data pesakit dari Malaysia terdapat dalam pangkalan data tersebut. Keadaan ini menyebabkan data kanser kolorektal di Malaysia daripada pelbagai kajian lepas tidak dapat dimanafaatkan melalui proses penggabungan data yang akan menghasilkan kefahaman yang menyeluruh terhadap patobiologi kanser kolorektal. Di samping itu set data tersebut memerlukan kaedah pemprosesan, penyimpanan dan visualisasi yang lebih sistematik. Oleh itu kajian ini telah dijalankan untuk membina satu pangkalan data bagi menyimpan data omiks pesakit kanser kolorektal Malaysia. Pangkalan data ini dinamakan 'The Colorectal Genome Atlas Malaysia (TCGA-My)' dan boleh dicapai di https://tcgamy.inbiosis.org. TCGA-My telah dibangunkan untuk menyimpan set data anotasi varian yang telah dihasilkan dari penjujukan genom sampel jujukan genom 13 pesakit kanser kolorekatal menggunakan Illumina Hiseq (liputan 30 kali) dan Gene Analisys Toolkit (GATK) untuk pemanggilan varian) dan set data metabolom dari sampel 50 pesakit kanser kolorektal. Set data telah diproses dengan menggunakan Python (modul Panda) dan pangkalan data telah dibina dengan mengunakan MySQL dan bahasa pengaturcaraan PHP. TCGA-My telah menyimpan 1,517,841 juta jadual varian yang mempengaruhi 23,695 gen. Maklumat varian ini telah disusun dan dipaparkan dalam bentuk jadual bagi setiap sampel dan kedudukan varian serta jenis mutasi untuk setiap sampel di dalam kromosom dipaparkan melalui bulatan Circos yang menggambarkan 24 kromosom manusia. Pangkalan data TCGA- My telah dibina untuk membolehkan pencarian dan muat turun maklumat genom dan metabolom sampel pesakit kanser kolorektal serta menyediakan pemprosesan data yang lebih efektif, pengurusan data omik secara sistematik. TCGA-My juga berfungsi sebagai satu pangkalan data yang menyeluruh dan platform rujukan yang berpusat untuk penyelidikan kanser kolorektal di Malaysia.,Sarjana
Pages:	105
Call Number:	RC280.C6.M634 2021 tesis
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Institute of Systems Biology / Institut Biologi Sistem (INBIOSIS)

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.