1. UKM Learning and Research Repository
2. Master Thesis / Tesis Master
3. Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Title:	Pengenalpastian dan pencirian gen yang terlibat dalam biosintesis prodigiosin Serratia marcescens melalui analisis transkriptom
Authors:	Seah Siew Wei (P80542)
Supervisor:	Wan Kiew Lian, Prof. Dr.
Keywords:	Biosynthesis Serratia marcescens Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations Dissertations, Academic -- Malaysia
Issue Date:	14-Feb-2019
Description:	Prodigiosin merupakan pigmen merah semula jadi yang dihasilkan oleh Serratia marcescens dan diberi tumpuan tinggi dalam bidang farmakologi serta bioteknologi disebabkan aktiviti biologi yang bermanfaat. Pengoptimuman penghasilan sebatian bioaktif ini sedang giat dijalankan. Namun, kebanyakan tatakerja pengoptimuman yang dilaporkan tertumpu kepada peningkatan jisim bakteria manakala pengawalaturan genetik penghasilan prodigiosin masih kurang difahami. Bagi memahami mekanisme pengawalaturan gen yang mempengaruhi biosintesis prodigiosin, analisis transkriptom perbandingan telah dilakukan untuk membandingkan profil pengekspresan gen apabila bakteria dikultur di bawah keadaan yang membawa kepada tahap penghasilan prodigiosin yang tinggi dan rendah. Penghasilan prodigiosin yang tinggi oleh S. marcescens Bizio ATCC 274 (Sma 274) dicapai apabila bakteria tersebut dikultur di dalam kaldu gliserol pepton (PGB) pH 7 pada 28 °C. Pada keadaan optimum ini, penambahan arabinosa (Ara) atau glukosa (Glu) masing-masing kepada kultur Sma 274 menghasilkan jumlah prodigiosin tertinggi dan terendah. Oleh itu, RNA yang dipencilkan daripada Sma 274 yang dikultur pada kedua-dua keadaan ini mewakili transkriptom penghasilan prodigiosin tinggi (PGB+Ara) dan rendah (PGB+Glu). Sejumlah 84 755 807 bacaan yang berkualiti telah dihasilkan daripada perpustakaan transkriptom PGB+Ara dan 57 656 180 telah dihasilkan oleh bakteria yang tumbuh dalam PGB+Glu. Bacaan berkualiti dipetakan menggunakan TopHat dan secara purata, 86.45 % daripada bacaan berkualiti transkriptom masing-masing berjaya dipetakan kepada S. marcescens WW4. Kedua-dua set data yang telah dipetakan digunakan untuk analisis pengekspresan berbeza menggunakan perisian Cuffdiff. Apabila transkrip yang terhasil di bawah keadaan PGB+Ara dibandingkan dengan transkriptom PGB+Glu, sejumlah 361 gen menunjukkan pengekspresan terbeza (DEG; nilai-q < 0.05 dan nisbah log2 ≥ 1), dengan 192 gen menunjukkan pengekspresan tertingkat dan 169 gen menunjukkan pengekspresan terturun. Jujukan tersebut digunakan untuk pencarian persamaan terhadap pangkalan data awam dan 306 (84.7 %) jujukan telah dianotasi menggunakan Blast2GO. Analisis pengkayaan ontologi gen (GO) telah menunjukkan perubahan yang ketara dalam proses sintesis protein dan homeostasis ion logam peralihan ketika sel dikultur dalam keadaan yang berbeza. Beberapa DEG dengan perubahan pengekspresan yang ketara telah diberikan istilah GO gerak balas kepada tekanan, mencadangkan bahawa DEG ini mungkin bertanggungjawab dalam perbezaan penghasilan prodigiosin yang didorong oleh penambahan Ara atau Glu. Prodigiosin disintesis oleh kelompok gen pig dan profil pengekspresan yang diperoleh menunjukkan bahawa peningkatan dalam penghasilan prodigiosin banyak didorong oleh peningkatan pengekspresan pigF, pigH, pigI, pigK, pigL, pigM serta pigN. Di samping itu, DEG yang terlibat dalam tapak jalan metabolisme prolina dan arginina serta biosintesis pantotenat dan Koenzim A juga dikenalpasti dan dikaitkan dengan penghasilan prodigiosin S. marcescens. Kesimpulannya, penemuan baru ini memberikan pemahaman lanjutan tentang proses biologi yang berlaku semasa penghasilan prodigiosin S. marcescens dan membuka lembaran baru untuk biosintesis prodigiosin yang cekap.,Sarjana Sains
Pages:	138
Call Number:	QP517.B57S433 2019 tesis
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.