Analisis genomik dan tranksriptomik titisan sel CHO-DG44 menggunakan pendekatan penjujukan generasi kedua

Azrin Ahmad (P65919)

Please use this identifier to cite or link to this item: https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/463570

Full metadata record

DC Field	Value	Language
dc.contributor.advisor	Nurul Yuziana Mohd Yusof, Dr.
dc.contributor.author	Azrin Ahmad (P65919)
dc.date.accessioned	2023-09-25T09:29:43Z	-
dc.date.available	2023-09-25T09:29:43Z	-
dc.date.issued	2016-08-15
dc.identifier.other	ukmvital:84146
dc.identifier.uri	https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/463570	-
dc.description	Sel CHO (Chinese hamster ovary) merupakan salah satu daripada sel mamalia yang digunakan sebagai kilang-bio dalam penghasilan protein terapeutik. Objektif kajian ini adalah untuk menjana kontig bagi data jujukan penjujukan generasi kedua (Next Generation Sequencing, NGS) bagi genom dan transkriptom sel melekat dan ampaian sel CHO-DG44 melalui analisis penghimpunan, mengenalpasti fungsi gen bagi data jujukan transkriptom sel CHO-DG44 yang ditumbuhkan secara melekat dan ampaian melalui analisis perbandingan jujukan homologi dan mengenalpasti gen mengekod tapak jalan glikosilasi dan mTOR (mammalian target of rapamycin) dalam sel CHO-DG44 melalui analisis tapak jalan KEGG. Dalam kajian ini, genom sel CHO-DG44 telah berjaya dijujuk dengan menggunakan pelantar NGS iaitu teknologi Solexa dan piropenjujukan 454. Peratusan jujukan berkualiti tinggi yang diperoleh bagi kedua-dua data penjujukan masing-masing adalah agak tinggi iaitu 78.88% dan 93.81%. Kedua-dua data penjujukan masing-masing menghasilkan 1,749,111 dan 16,447 kontig dalam penghimpunan de novo jujukan genom. Sebanyak 300,571 kontig yang merupakan data redundant dibuang selepas kedua-dua kontig digabungkan dan menghasilkan 1,464,987 kontig. Penghimpunan hibrid pula telah membentuk 1,464,744 kontig-hibrid dan daripada penghimpunan hibrid ini, saiz genom bagi sel CHO-DG44 dianggar bersaiz 2,013,999,341 pasangan bes (2.01Gb). Selain itu, data transkriptom sel melekat dan ampaian daripada titisan sel CHO-DG44 telah berjaya dijujuk dengan menggunakan pelantar NGS iaitu teknologi Solexa. Peratusan jujukan berkualiti tinggi yang diperoleh bagi kedua-dua data transkriptom kultur sel melekat dan ampaian masing-masing adalah agak tinggi iaitu 86.68% dan 69.91% serta masing-masing membentuk 8,646 transkrip dan 19,636 transkrip selepas dipeta dan dihimpun terhadap rujukan genom titisan sel CHO-K1. Hasil pemadanan jujukan berhomolog dengan pangkalan data NCBI non-redundant (nr) dengan nilai ambang E sekurang-kurangnya 1x10-5 telah mengenal pasti sebanyak 84.11% (7,272/8,646) sel melekat dan 86.05% (16,896/19636) sel ampaian. Anotasi gen mengelaskan protein transkriptom sel CHO-DG44 kepada tiga bahagian GO (Gene Ontology) yang sesuai iaitu proses biologi, komponen sel dan fungsi molekul. Kebanyakan gen dalam transkriptom sel melekat mengekod protein dalam proses biologi sel (16%, 6,122/6,341), komponen sel paling banyak adalah sel (31%, 6,279/6,571) dan fungsi molekul paling tinggi adalah pengikatan (53%, 5,778/6,314). Kebanyakan gen dalam transkriptom sel ampaian pula mengekod protein dalam proses sel (16%, 10,731/13,703), komponen sel paling banyak adalah sel (37%, 14,135/14,299) dan fungsi molekul paling tinggi adalah pengikatan (53%, 12,023/13,569). Pengelompokan gen telah mengenal pasti sebanyak 72.40% (20,477) jujukan daripada kedua-dua sel melekat dan sel ampaian. Aras pengekspresan bagi gen yang terlibat dalam modifikasi pasca translasi termasuklah glikosilasi berkaitan-N dan berkaitan-O dikenal pasti dalam transkriptom sel melekat dan ampaian. Gen mannosiltransferases, fukosiltransferases and N-asetilgalaktosaminetransferases memainkan peranan penting dalam pembentukan bahagian teras rantai glikan atau penempatan glikan. Aras pengekspresan bagi gen mannosiltransferases dan fukosiltransferases adalah tinggi dalam transkriptom sel melekat manakala aras pengekspresan bagi gen N-asetilgalaktosaminetransferases adalah tinggi dalam transkriptom sel ampaian. Penekanan pengekspresan gen bagi aktiviti fukosiltransferases 8 (Fut8) dikenal pasti telah meningkatkan kualiti pengeluaran protein terapeutik berasaskan sel CHO. Asid sialik pula mungkin dapat meningkatkan ketahanan glikoprotein dan aras pengekspresan bagi gen sialiltransferases diperolehi dalam transkriptom sel ampaian sahaja.,Tesis ini tidak ada Perakuan Tesis Sarjana/Doktor Falsafah"
dc.language.iso	may
dc.publisher	UKM, Bangi
dc.relation	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi
dc.rights	UKM
dc.subject	Analisis genomik
dc.subject	Sel CHO
dc.subject	Sel mamalia
dc.subject	Sel ampaian
dc.subject	Penjujukan generasi kedua
dc.subject	Dissertations, Academic -- Malaysia
dc.title	Analisis genomik dan tranksriptomik titisan sel CHO-DG44 menggunakan pendekatan penjujukan generasi kedua
dc.type	theses
dc.format.pages	117
dc.identifier.barcode	002493(2016)
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Files in This Item:

File	Description	Size	Format
ukmvital_84146+SOURCE1+SOURCE1.0.PDF Restricted Access		223.72 kB	Adobe PDF	View/Open

Show simple item record Recommend this item