Anotasi genom Glaciozyma antarctica dan peramalan strategi penyesuaian terhadap suhu sejuk lampau secara in silico

Shuhaila Mat Sharani

Please use this identifier to cite or link to this item: https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/463373

Full metadata record

DC Field	Value	Language
dc.contributor.advisor	Abdul Munir Abd. Murad, Prof. Madya Dr.
dc.contributor.author	Shuhaila Mat Sharani
dc.date.accessioned	2023-09-25T09:23:30Z	-
dc.date.available	2023-09-25T09:23:30Z	-
dc.date.issued	2012-08-30
dc.identifier.other	ukmvital:78313
dc.identifier.uri	https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/463373	-
dc.description	Glaciozyma antarctica merupakan yis psikrofil obligat dan dalam kajian yang berkaitan, genomnya yang bersaiz 20 033 549 pb telah dijujuk dan dihimpun. Objektif kajian ini ialah untuk meramal struktur dan fungsi gen G. antarctica serta menciri strategi penyesuaian terhadap persekitaran sejuk lamp au berdasarkan data genom secara in silica. Peramalan struktur gen dibuat dengan menggunakan perisian GeneMark-ES-2.0, Augustus dan Glimmer. hmm , dan hasil ramalan telah digabung serta disemak secara manual dengan menggunakan perisian Artemis. Sebanyak 7857 gen telah diramal hadir dalam genom G. antarctica. Seterusnya peramalan fungsi gen telah dilakukan dengan membandingkan protein jangkaan G. antarctica dengan jujukan protein yang didaftarkan di pangkalan data Swiss-Prot menggunakan perisian BLAST. Selain itu, domain terpelihara bagi setiap protein diramal dengan menggunakan perisian InterproScan. Sebanyak 4937 protein diramal fungsi manakala 2920 protein dikategori sebagai protein hipotetikal kerana fungsinya tidak dapat diramal. Untuk memahami strategi G. antarctica meningkatkan kebendaliran membran pada suhu rendah, tapak jalan penghasilan asid lemak tak tepu telah dikenal pasti dan dicirikan. Sebanyak empat kumpulan desaturase iaitu delta 6, delta 9, delta 12 dan delta 15-asid lemak desaturase serta dua asid lemak elongase diramal terlibat dalam penyahtepuan dan pemanjangan asid lemak G. antarctica. Perbandingari dengan beberapa mikroorganisma menunjukkan bilangan gen mengekod kesemua desaturase dan elongase tersebut adalah lebih tinggi dalam G. antarctica. Untuk menentukan perbezaan antara struktur enzim intrasel dengan enzim ekstrasel G. antarctica serta perbezaan antara struktur enzim daripada G. antarctica dengan enzim homolog daripada kulat mesofil dan termofil, analisis komposisi asid amino dan struktur protein telah dijalankan. Analisis penempatan protein telah meramal sebanyak 279 protein G. antarctica sebagai protein ekstrasel dan selebihnya merupakan protein intrasel. Daripada jumlah tersebut sebanyak 53 protein ekstrasel dan 1176 protein intrasel diramal sebagai enzim. Perbandingan kumpulan asid amino menunjukkan enzim ekstrasel mempunyai kumpulan asid amino tak polar yang lebih tinggi dan kumpulan asid amino bercas dan aromatik yang lebih rendah berbanding enzim intrasel. Perbandingan antara struktur enzim G. antarctica dengan enzim homolog daripada kulat mesofil dan termofil menunjukkan enzim G. antarctica mempunyai bilangan struktur gelung yang lebih tinggi manakala bilangan ikatan hidrogen dan dwi-sulfida yang lebih rendah. Selain itu, sebanyak 37 protein kejut haba dan 17 faktor transkripsi kejut haba G. antarctica telah dikenal pasti. Analisis perbandingan menunjukkan bilangan gen mengekod faktor transkripsi kejut haba adalah lebih tinggi dalam G. antarctica berbanding beberapa yis mesofil. Berdasarkan analisis protein penghasil molekul krio-pelindung, sebanyak sembilan gen mengekod protein anti- beku dan sebilangan besar enzim terlibat dalam tapak jalan biosintesis eksopolisakarida iaitu asid hialuronik, gelan, alginat dan suksinoglikan, telah diramal. Sebagai kesimpulan, kajian ini berjaya menganotasi genom G. antarctica dan berdasarkan data genom yang dijana, beberapa strategi penyesuaian yis basidiomisit ini untuk bermandiri di persekitaran suhu sejuk lampau telah dirarnal.,Sarjana Sains
dc.language.iso	may
dc.publisher	UKM, Bangi
dc.relation	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi
dc.rights	UKM
dc.subject	Glaciozyma antarctica
dc.subject	Strategi penyesuaian suhu
dc.subject	Suhu sejuk lampau
dc.subject	Basidiomycetes
dc.subject	Yeast
dc.title	Anotasi genom Glaciozyma antarctica dan peramalan strategi penyesuaian terhadap suhu sejuk lampau secara in silico
dc.type	theses
dc.format.pages	225
dc.identifier.callno	QK626.S558 2012 tesis
dc.identifier.barcode	002905 (2012)
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Files in This Item:

File	Description	Size	Format
ukmvital_78313+SOURCE1+SOURCE1.0.PDF Restricted Access		1.24 MB	Adobe PDF	View/Open

Show simple item record Recommend this item