1. UKM Learning and Research Repository
2. Master Thesis / Tesis Master
3. Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Title:	Pemetaan in silico kerintangan penyakit berganda dalam padi (Oryza sativa L.) dan pengenalpastian meta-QTL kerintangan penyakit karah padi, hawar seludang dan hawar daun bakteria
Authors:	Ilakiya Sharanee Kumar (P94568)
Supervisor:	Kalaivani Nadarajah, Prof. Dr.
Keywords:	Penyakit padi Karah padi Hawar seludang Hawar daun bakteria Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations Dissertations, Academic -- Malaysia
Issue Date:	30-Nov-2020
Description:	Tiga penyakit utama yang mengancam industri padi di Malaysia adalah karah padi, hawar seludang, dan hawar daun bakteria. Penghasilan kultivar yang rintang terhadap penyakit merupakan kaedah paling efektif dalam pengawalan penyakit padi. Walau bagaimanapun, kajian pemetaan QTL yang telah dijalankan sehingga kini hanya memfokus kepada satu jenis penyakit sahaja. Penggabungan maklumat QTL bagi ketiga-tiga penyakit akan membolehkan penentuan kawasan kerintangan penyakit spektrum luas. Kajian ini mengambil pendekatan bioinformatik untuk menghasilkan peta konsensus yang boleh digunakan dalam penambahbaikan padi. Untuk menetapkan kawasan kerintangan spektrum luas, objektif kajian ditetapkan seperti berikut: 1) mengkaji ko-lokalisasi QTL kerintangan penyakit karah padi, hawar seludang dan hawar daun bakteria, 2) mengenalpasti meta-QTL dan penentuan penanda molekul yang terangkai dengan meta-QTL dan 3) mengenalpasti analog gen kerintangan (RGA) dan gen pertahanan. Kajian bibliografi yang merangkumi 33 kajian pemetaan QTL kerintangan digunakan dalam pembinaan peta konsensus fizikal dan genetik diikuti dengan analisis meta-QTL menggunakan BioMercator V4.2. Meta-QTL disubjekkan kepada analisis kefungsian dengan menggunakan Blast2GO untuk pengenalpastian gen gen calon. Sebanyak 333 QTL kerintangan telah dikenalpasti di mana hanya 303 QTL dapat diunjurkan disebabkan penyongsangan beberapa penanda molekul dalam peta konsensus. Peta konsensus juga yang mempunyai 7633 lokus yang terdiri daripada penanda molekul dan gen-gen berkepentingan. Sebanyak 50 meta-QTL diperolehi hasil analisis meta terhadap 294 QTL (bilangan QTL yang dapat diklusterkan mengikut meta QTL daripada 303 QTL). Tiga meta-QTL, iaitu MQTL2.5, MQTL8.1 dan MQTL9.1 dipilih untuk analisis kefungsian berdasarkan kehadiran bilangan QTL kerintangan yang tertinggi, bilangan QTL major, taburan gen kerintangan dan pertahanan serta penglibatan kerintangan penyakit berganda. MQTL2.5, MQTL8.1 dan MQTL9.1 mempunyai RGA dengan pecahan sebanyak 10.21%, 4.08% dan 6.42% daripada jumlah gen pada kawasan meta-QTL. Gen pertahanan pula meliputi sebanyak 3.70%, 8.16% dan 6.42% daripada keseluruhan gen dalam MQTL2.5, MQTL8.1 dan MQTL9.1. Gen-gen kerintangan yang mempunyai domain seperti NBS-LRR dan kinase bertindak mengecam patogen dan mengaktifkan gen-gen pertahanan yang terlibat dalam transkripsi, pengukuhan dinding sel, aktiviti anti-mikrob, gerakbalas hipersensitif, pengawalaturan spesies oksigen reaktif dan biosintesis metabolit sekunder. Gen-gen sasaran yang dikenalpasti adalah gen Pib, Xa13, OsWAK, LSD1, O metiltransferase, MAPK dan glukan endo-1,3-beta-glukosidase. Analisis polimorfisme jujukan ulangan ringkas (SSR) elektroforesis gel agarosa poliakrilamida (PAGE) telah dilakukan terhadap 17 penanda molekul yang terangkai dengan MQTL2.5, MQTL8.1 dan MQTL9.1. Dengan ini, didapati satu penanda molekul iaitu RM310 menunjukkan polimorfisme di antara varieti rintang (ARC10531, Jasmine 85, Moroberekan dan Tetep) dan rentan (CO39 dan Lemont). MQTL dan gen-gen yang dikenalpasti dapat digunakan dalam pembiakbakaan padi berpandukan molekul.,Sarjana Sains
Pages:	192
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.