Mekanisma Molekular Bagi Leukemia Mieloid Akut Relaps Dalam Pesakit Kanak-Kanak

Abstract

Leukemia merupakan kanser yang paling biasa dihidapi oleh kanak-kanak, namun terdapat jurang pengetahuan yang sangat besar dalam aspek perubahan genetik dalam Leukemia Mieloid Akut (acute myeloid leukemia; AML) kanak-kanak berbanding pesakit dewasa. Relaps AML kekal sebagai penyebab utama kematian di kalangan pesakit leukemia kanak-kanak. Kefahaman yang mendalam mengenai mekanisma molekular bagi AML relaps adalah sangat penting, bertujuan ke arah pembangunan terapi baru untuk meningkatkan kelangsungan hidup pesakit. Kajian ini dijalankan untuk memahami mekanisma molekular bagi AML relaps dengan mencirikan lanskap mutasi sebelum dan semasa relaps. Penjujukan keseluruhan genom telah dijalankan ke atas sampel trio yang diambil ketika diagnosis, remisi dan apabila relaps berlaku dari tiga pesakit de novo AML kanak-kanak. Pemetaan bacaan penjujukan dilakukan terhadap rujukan genom manusia HG19 menggunakan Burrows-Wheeler Aligner (BWA) dan panggilan varian dilakukan dengan menggunakan Analisis Genom Toolkit (GATK). Varian somatik dianalisa menggunakan perisian muTect, Strelka, DELLY dan varian dianotasi menggunakan ANNOVAR. Seterusnya, varian somatik disaring berdasarkan skor kepatogenan protein sebelum diprioritasikan untuk validasi menggunakan penjujukan Sanger dalam 47 sampel pesakit dan analisa fungsian. Sebanyak 312 varian gen somatik telah dikenalpasti iaitu 154 varian pada fasa diagnosis dan 158 varian pada fasa relaps merangkumi SNV sinonim, SNV salah erti, delesi anjakan rangka, insersi anjakan rangka, stopgain dan juga tapak penyampatan. Setelah diprioritasikan varian gen somatik ini, hanya 46 varian ditemui dalam sampel diagnosis (13–17 mutasi per pesakit) dan 49 varian dikenalpasti ketika relaps berlaku (12–20 mutasi per pesakit). Daripada 81 varian somatik ini, terdapat 35 varian baru yang wujud ketika AML relaps dan tidak ditemui ketika diagnosis. Enam gen pemacu yang berpotensi meramalkan kejadian relaps dalam AML kanak-kanak telah berjaya dikenalpasti iaitu KIT, CDC73, HNF1A, RBM10, ZMYM4 dan ETV6. Validasi teknikal berjaya mengesahsahih varian yang dijumpai namun perkara sebaliknya bagi validasi biologikal dalam sampel pesakit yang lain disebabkan limitasi saiz sampel yang kecil. Gen ETV6 merupakan mutasi berulang yang dijumpai dalam dua dari tiga pesakit AML relaps. Pencirian fungsian mutasi ETV6 sebagai pemacu AML relaps menunjukkan gangguan kepada fungsinya sebagai gen penindas kanser apabila mutan ETV6 p.P25fs dan ETV6 p.N75fs di uji secara in vitro. Kajian ini telah berjaya menghasilkan lanskap profil varian genetik dalam tiga pesakit kanak-kanak AML relaps yang menyumbang kepada kefahaman mekanisma molekular biologi AML relaps.