Pengenotipan Acanthamoeba SPP. Pencilan Klinikal dan Persekitaran Serta Pengesanan Molekular Bakteria Endosimbionnya

Abstract

Acanthamoeba spp. ialah ameba hidup bebas yang biasa ditemui dalam pelbagai sumber alam sekitar dan ianya merupakan agen penyebab keratitis Acanthamoeba (AK) dan ensefalitis ameba bergranuloma (GAE). Selain bersifat sebagai patogen, Acanthamoeba spp. juga mampu bertindak sebagai perumah kepada bakteria patogenik seperti Mycobacterium, Legionella dan Staphylococcus aureus rintang metisilin (MRSA). Berdasarkan sifat-sifat ini, satu kajian telah dijalankan untuk menentukan variasi genotip kedua-dua Acanthamoeba spp. pencilan klinikal dan persekitaran di sekitar Lembah Klang dan Negeri Sembilan, Malaysia serta untuk mengesan kehadiran tiga bakteria endosimbion berkepentingan perubatan. Pencirian genotip dilakukan dengan mengamplifikasi gen 18S rDNA menggunakan PCR dan penjujukan serpihan diagnostik 3(DF3) Acanthamoeba menggunakan pasangan primer JDP1F dan JDP2R. Urutan jujukan tersebut telah disejajarkan dengan jujukan daripada 19 pencilan yang telah diketahui genotipnya diikuti dengan analisis filogenetik. Kehadiran endosimbion bakteria telah disaring menggunakan pasangan primer khusus bagi setiap genus menggunakan reaksi rantai polimerase (PCR) konvensional dan seterusnya disahkan dengan analisis penjujukan. Dari 23 pencilan klinikal, 91.3% (21) telah dikenalpasti sebagai genotip T4 dan masing-masing satu (4.35%) untuk T3 dan T5. Daripada 21 pencilan persekitaran (tanah pantai dan air laut), 17 (80.95%) dikenalpasti sebagai T4, manakala pencilan selebihnya (19.05%) tergolong dalam genotip T5. Daripada 36 pencilan dari lubang pendingin hawa di bilik pembedahan dan wad, T3 dan T4 merupakan pencilan yang paling banyak dikenalpasti iaitu masing-masing 12 (33.30%) bagi setiap genotip, 5 (13.89%) bagi T15, 3 (3.33%) bagi T5, 2 (5.56%) bagi T11 dan 2 pencilan yang tidak dapat dikenalpasti genotipnya. Enam puluh tujuh (83.75%) pencilan Acanthamoeba spp.

didapati mengandungi bakteria endosimbion patogenik yang dicari dengan sekurang- kurangnya satu genus bakteria bagi setiap pencilan. Mycobacterium (80.90%) adalah

bakteria yang paling banyak dikesan daripada 67 pencilan Acanthamoeba, diikuti dengan Legionella sp. (59.70%) dan Pseudomonas sp. (56.72%). Tiada bakteria MRSA dikesan dalam mana-mana pencilan dalam kajian ini. Dua endosimbion Mycobacterium yang dikenalpasti telah dikelompokkan ke dalam strain Mycobacterium tuberculosis. Kami membuat kesimpulan bahawa, kebanyakan Acanthamoeba daripada kedua-dua pencilan klinikal dan persekitaran adalah dari genotip T4, yang telah dikaitkan dengan AK dan GAE. Acanthamoeba spp. juga berpotensi untuk menjadi perumah bagi pelbagai bakteria patogenik, namun kesan interaksi ini bagi kedua-dua perumah dan endosimbionnya adalah tidak jelas dan memerlukan penyelidikan yang lebih lanjut.