DSpace Community:

Pembangunan asai amplifikasi isoterma berpengantara gelung (lamp) untuk pengesanan mikrosporidia (enterocytozoon bieneusi) dalam spesimen tinja manusia

Tue, 07 Feb 2017 00:00:00 GMT

Title: Pembangunan asai amplifikasi isoterma berpengantara gelung (lamp) untuk pengesanan mikrosporidia (enterocytozoon bieneusi) dalam spesimen tinja manusia Authors: Siti Nur Su' Aidah Nasarudin Abstract: Mikrosporidia muncul sebagai patogen oportunistik dan kebanyakan jangkitannya menyebabkan diarea kronik pada pesakit terimunokompromi. Diagnosis rutin mikrosporidia bergantung kepada pemeriksaan mikroskopik menggunakan mikroskop cahaya. Namun, interpretasi slaid amat sukar kerana saiz sporanya yang terlalu kecil. Pengesanan molekular dengan kaedah tindak balas rantai polimerase (PCR) pula memakan masa dan memerlukan mesin kitaran terma yang membataskan penggunaannya terutama di makmal-makmal yang kekurangan peralatan. Amplifikasi isoterma berpengantara gelung (LAMP), adalah satu kaedah pengesanan molekular berprestasi tinggi yang merupakan satu alternatif praktikal yang agak mudah, pantas dan tidak memerlukan peralatan canggih. Oleh itu, tujuan kajian ini adalah untuk membangunkan asai LAMP bagi mengesan DNA Enterocytozoon bieneusi dalam spesimen tinja manusia. Empat primer khusus untuk E. bieneusi telah direkabentuk sepadan dengan jujukan gen SSU rRNA dan diuji ke atas 100 sampel tinja yang diperoleh daripada Orang Asli. Teknik LAMP dilakukan pada ketetapan suhu 60°C selama satu jam. Produk amplifikasi dianalisa menggunakan reagen pengesanan pendarfluor (FDR) dan elektroforesis gel. Sebanyak 39 daripada 100 sampel tinja (39%) adalah disahkan positif terhadap E. bieneusi menggunakan LAMP berbanding PCR (33/100; 33%) dan pemeriksaan mikroskopik (32/100; 32%). Sensitiviti, spesifisiti dan persetujuan diagnostik di antara pemeriksaan mikroskopik, PCR dan LAMP juga telah dinilai dan dibandingkan. LAMP memberikan nilai sensitiviti sebanyak 94% dan spesifisiti 88% berbanding pemeriksaan mikroskopik (sensitiviti = 48%, spesifisiti = 76%). Tiada perbezaan signifikan dalam pengesanan positif E. bieneusi didapati oleh ketiga-tiga kaedah ini (nilai–p = 0.530). Bagaimanapun, LAMP mempamerkan persetujuan diagnostik yang teguh dengan PCR (κ = 0.78) manakala persetujuan diagnostik yang wajar ditunjukkan di antara kaedah pemeriksaan mikroskopik dan PCR (κ = 0.25). Kesimpulannya, asai LAMP E. bieneusi telah berjaya dibangunkan dan aplikasinya di makmal-makmal diagnostik adalah disyorkan untuk pengesanan E. bieneusi yang lebih sensitif dan spesifik dalam spesimen tinja manusia.

Kajian fungsi gen yang berkaitan dengan kanser kolorektal di dalam titisan sel kemosensitisif berikutan penyenyapan gen daya pemprosesan tinggi

Fri, 15 Jul 2016 00:00:00 GMT

Title: Kajian fungsi gen yang berkaitan dengan kanser kolorektal di dalam titisan sel kemosensitisif berikutan penyenyapan gen daya pemprosesan tinggi Authors: Tammy Ting Lik Tun Abstract: Perkembangan teknologi gangguan RNA (RNAi) membolehkan kajian ke atas fungsi sasaran molekul tertentu dilakukan. Penggunaan RNAi bersama 5-fluorourasil (5-FU) mampu mengurangkan dos agen anti-kanser yang diperlukan. Integrasi di antara data mikroatur umum (Oncomine) dengan set data hasil kajian mikroatur terkini telah menghasilkan sebanyak 20 gen beregulasi menaik yang terlibat di dalam fungsi proliferasi dan kitaran sel. Kajian ini dijalankan untuk mengkaji peranan biologi gen gen tersebut berikutan penyenyapan gen dan rawatan 5-FU dalam titisan sel kanser kolorektal, HCT116 dan HT-29. Titisan sel dirawat dengan dos 5-FU yang berbeza bermula dengan 0 µM sehingga 200 µM selama 24, 48 dan 72 jam. Kesan sitotoksik 5-FU ditentukan dengan nilai perencatan kepekatan separa (IC50). Titisan sel kemudiannya dirawat dengan RNA gangguan kecil (siRNA) dan dieram dengan 5-FU, iaitu 1/10 daripada kepekatan IC50, untuk analisis fungsi yang selanjutnya. Keberkesanan penyenyapan gen ditentukan dengan menggunakan kaedah kuantitatif tindak balas rantaian polimerase transkripsi berbalik (qPCR) selepas 48 jam tempoh transfeksi. Pengekspresan protein dikesan dengan menggunakan blot Western selepas 72 jam tempoh transfeksi. Kesan penyenyapan gen terhadap pembahagian sel ditentukan dengan menggunakan asai viabiliti sel pendarcahaya CellTiter-Glo®. Kesan sel yang ditransfeksi dengan siRNA terhadap apoptosis ditentukan dengan menggunakan asai aktiviti Caspase 3. Kesan sel yang ditransfeksi dengan siRNA terhadap migrasi dan invasi masing-masing ditentukan dengan menggunakan asai migrasi sel QCM chemotaxis dan asai invasi sel QCM collagen. Penyenyapan gen transmembrane protein 97 (TMEM97), dyskerin (DKC1), sterile alpha motif (SAM) and leucine zipper (LZ) containing kinase AZK (ZAK), CDC28 protein kinase regulatory subunit 2 (CKS2) dan non-metastatic cells I (NME1) menurunkan pengekspresan mRNA secara signifikan selepas 48 jam transfeksi siRNA dalam kedua-dua titisan sel. Walau bagaimanapun, hanya 4 gen, iaitu TMEM97, DKC1, ZAK dan NME1, yang menunjukkan perencatan viabiliti sel secara signifikan (P < 0.05) berbanding dengan sel kawalan pada kedua-dua titisan sel. RNAi yang mensasarkan DKC1 menahan fasa G1 dalam kitaran sel HCT116. Penindasan DKC1 mengurangkan viabiliti sel dan menahan kitaran sel kerana gen tersebut terlibat dalam biosintesis protein yang diperlukan untuk pembahagian dan viabiliti sel. Apabila digabungkan dengan rawatan 5-FU, penyenyapan DKC1 meningkatkan kemosensitiviti sel HCT116 dengan mengurangkan lagi viabiliti sel dan menyekat sel pada fasa S kitaran sel. Pengurangan signifikan migrasi sel HCT116 juga diperhatikan dalam RNAi yang mensasarkan DKC1 dan NME1. Penyenyapan NME1 meningkatkan invasi sel HT-29 berbanding dengan sel kawalan (P < 0.05). Penindasan ekspresi NME1 dapat meningkatkan invasi sel kerana NME1 merupakan gen penindas metastasis yang menyekat invasi dan metastasis sel tumor. Kesimpulannya, penurunan ekspresi DKC1 menggunakan RNAi meningkatkan aktiviti anti-tumor dan kesan kemosensitiviti kanser manusia. Penyenyapan DKC1 dengan kombinasi rawatan kemoterapi merupakan strategi yang berpotensi untuk menyekat pertumbuhan kanser kolorektal.

Secretome mapping of the human gut and microbiome from colorectal cancer patients

Mon, 24 Jun 2019 00:00:00 GMT

Title: Secretome mapping of the human gut and microbiome from colorectal cancer patients Authors: Putri Intan Hafizah Megat Mohd Azlan Abstract: In Malaysia, colorectal cancer (CRC) was the second most common cancer among men and women. The human gut is home to trillions of gut flora that thrive in delicate balance, which has helped maintain host’s gut homeostasis and mutually benefited both parties tremendously. However, a drastic perturbation of microbial composition has hampered gut homeostasis initiating tumour microenvironment for development of CRC. Hitherto, the study of human gut secretome is still scarce with gap of knowledge to be filled. The objective of this study was to profile secreted proteins released from the human gut and microbial of CRC patients and control with healthy colon morphology by assessing the secretome in stool samples, using mass spectrometry technology. Stool samples from 26 CRC and 20 controls were collected, homogenized and filtered prior to protein extraction and analysis. Samples were subjected for in solution digestion, followed by protein identification and quantification. Bioinformatics tools such as SPSS, MaxQuant, DAVID and String were used for statistical analysis, data visualization, functional annotations and prediction of protein interactions and pathways. We identified more human origin proteins in CRC as compared to control and inversely for proteins from microbial origin. The identified human proteins that are exclusive for CRC were mostly related to cell adhesion, intracellular signal transduction and angiogenesis functions and the top identified proteins were mapped to Stage I and II of CRC. The best prediction model for CRC was built upon the combination of human Huntingtin and RNA exonuclease 5 proteins. The model was sensitive but not specific in discriminating the control from CRC. Meanwhile, the top annotated KEGG pathway for human CRC-exclusive proteins was Hypoxia-inducible factor-1 (HIF-1). In addition, yeast proteins were topping the microbial CRC-exclusive proteins list, with the predicted protein interactions mapped to DNA repair, transcription regulation and ATP binding. In conclusion, gut flora and human colon released abundance of microbial proteins to the external environment possibly mediating various host-microbe reactions and responses in CRC.

Penghasilan briket alternatif menggunakan sisa pertanian dan plastik pelitup muka

Thu, 12 Sep 2024 00:00:00 GMT

Title: Penghasilan briket alternatif menggunakan sisa pertanian dan plastik pelitup muka Authors: Nur Asyikin Mokhtaruddin (P112559) Abstract: Briket merupakan bahan bakar alternatif yang diperbuat dari sisa berketumpatan rendah yang dipadatkan melalui proses pemampatan. Briket tersebut diaplikasikan sebagai alternatif arang batu dan kayu bakar untuk pelbagai kegunaan termasuk memasak dan sebagai alat pemanasan. Dalam kajian ini sisa pertanian dan plastik pelitup muka digunakan. Sisa pertanian yang dipilih untuk kajian ini ialah Imperata cylindrica dan kulit mangga. Sisa plastik yang digunakan ialah pelitup muka yang diperbuat sebanyak 70 % dari bahan polipropilena (PP) bagi meningkatkan sifat briket. Sisa pertanian dan sisa plastik dapat menyumbang kepada peningkatan pengeluaran gas rumah hijau dan ini mengakibatkan kesan negatif terhadap alam sekitar, hidupan akuatik dan kesihatan manusia. Analisis proksimat dijalankan untuk mengukur kandungan kelembapan, kandungan abu, kandungan bahan meruap dan kandungan karbon tetap, manakala analisis ultimat dijalankan untuk mengukur nilai karbon, hidrogen, nitrogen dan sulfur (CHNS). Gas pelepasan yang dikeluarkan semasa pembakaran briket iaitu karbon monoksida, (CO), nitrogen dioksida (NO2) dan sulfur dioksida (SO2) diukur dengan menggunakan AiRBOX Sense. Berdasarkan keputusan, didapati bahawa briket yang dihasilkan daripada gabungan Imperata cylindrica dan plastik pelitup muka menghasilkan briket yang optimum berbanding gabungan bahan yang lain, di mana kandungan lembapan adalah 2.2 %, bahan meruap 67 %, kandungan abu 4.5 %, dan karbon tetap 26.3 %. Kandungan karbon mencatat nilai sebanyak 63.0 % manakala kandungan nitrogen, sulfur, dan hidrogen masing-masing adalah 0.54 %, 0.57 %, dan 8.03 %. Nilai tenaga yang diperolehi adalah 24.9 MJkg-1 manakala kandungan kelembapan mencatat nilai yang kurang daripada 10 %. Analisis pelepasan gas menunjukkan kandungan NO2 bagi Imperata cylindrica dan plastik pelitup muka ialah 0.052 ppm, kandungan SO2 ialah 6.053 ppm, purata kandungan CO adalah 6.890 ppm. Secara kesimpulannya, penghasilan briket dari Imperata cylindrica, sisa kulit mangga dan plastik pelitup muka (polipropilena) berpotensi untuk digunakan sebagai bahan bakar alternatif kerana tidak memberikan kesan terhadap alam sekitar serta dapat mengekalkan kelestarian alam sekitar.