DSpace Collection:

Pembangunan asai amplifikasi isoterma berpengantara gelung (lamp) untuk pengesanan mikrosporidia (enterocytozoon bieneusi) dalam spesimen tinja manusia

2017-02-07T00:00:00Z

Title: Pembangunan asai amplifikasi isoterma berpengantara gelung (lamp) untuk pengesanan mikrosporidia (enterocytozoon bieneusi) dalam spesimen tinja manusia Authors: Siti Nur Su' Aidah Nasarudin Abstract: Mikrosporidia muncul sebagai patogen oportunistik dan kebanyakan jangkitannya menyebabkan diarea kronik pada pesakit terimunokompromi. Diagnosis rutin mikrosporidia bergantung kepada pemeriksaan mikroskopik menggunakan mikroskop cahaya. Namun, interpretasi slaid amat sukar kerana saiz sporanya yang terlalu kecil. Pengesanan molekular dengan kaedah tindak balas rantai polimerase (PCR) pula memakan masa dan memerlukan mesin kitaran terma yang membataskan penggunaannya terutama di makmal-makmal yang kekurangan peralatan. Amplifikasi isoterma berpengantara gelung (LAMP), adalah satu kaedah pengesanan molekular berprestasi tinggi yang merupakan satu alternatif praktikal yang agak mudah, pantas dan tidak memerlukan peralatan canggih. Oleh itu, tujuan kajian ini adalah untuk membangunkan asai LAMP bagi mengesan DNA Enterocytozoon bieneusi dalam spesimen tinja manusia. Empat primer khusus untuk E. bieneusi telah direkabentuk sepadan dengan jujukan gen SSU rRNA dan diuji ke atas 100 sampel tinja yang diperoleh daripada Orang Asli. Teknik LAMP dilakukan pada ketetapan suhu 60°C selama satu jam. Produk amplifikasi dianalisa menggunakan reagen pengesanan pendarfluor (FDR) dan elektroforesis gel. Sebanyak 39 daripada 100 sampel tinja (39%) adalah disahkan positif terhadap E. bieneusi menggunakan LAMP berbanding PCR (33/100; 33%) dan pemeriksaan mikroskopik (32/100; 32%). Sensitiviti, spesifisiti dan persetujuan diagnostik di antara pemeriksaan mikroskopik, PCR dan LAMP juga telah dinilai dan dibandingkan. LAMP memberikan nilai sensitiviti sebanyak 94% dan spesifisiti 88% berbanding pemeriksaan mikroskopik (sensitiviti = 48%, spesifisiti = 76%). Tiada perbezaan signifikan dalam pengesanan positif E. bieneusi didapati oleh ketiga-tiga kaedah ini (nilai–p = 0.530). Bagaimanapun, LAMP mempamerkan persetujuan diagnostik yang teguh dengan PCR (κ = 0.78) manakala persetujuan diagnostik yang wajar ditunjukkan di antara kaedah pemeriksaan mikroskopik dan PCR (κ = 0.25). Kesimpulannya, asai LAMP E. bieneusi telah berjaya dibangunkan dan aplikasinya di makmal-makmal diagnostik adalah disyorkan untuk pengesanan E. bieneusi yang lebih sensitif dan spesifik dalam spesimen tinja manusia.

Penentuan jujukan nukleotid bahagian pre-kor genom virus hepatitis B dalam pesakit yang positif terhadap HBsAg di Malaysia

2000-07-27T00:00:00Z

Title: Penentuan jujukan nukleotid bahagian pre-kor genom virus hepatitis B dalam pesakit yang positif terhadap HBsAg di Malaysia Authors: Iskandar Kassim Abstract: Perubahan kecil yang berlaku pada jujukan nukleotid virus Hepatitis B (HBV) memberi kesan yang besar kepada struktur dan fungsi virus tersebut. Contohnya, kehadiran mutasi kodon penamat pada bahagian pre-kor genom HBV dalam pesakit yang negatif terhadap HBeAg telah dikaitkan dengan keadaan viremia berterusan dan kerosakan hepar yang lebih teruk lagi. Kajian dilakukan ke atas 265 pesakit yang positif terhadap HBsAg yang dikategorikan kepada tiga kumpulan iaitu pembawa asimptomatik (ASC), pesakit kronik (CC) dan pesakit hepatoma (HCC). Pengesanan HBV-DNA dijalankan secara PCR dan sampel yang positif kemudiannya dilakukan penentuan jujukan (terutamanya kodon 15 dan kodon 28) menggunakan teknik enzymatic sequencing' atau teknik kombinasi PCR dengan tindakan enzim restriksi. HBV-DNA dikesan di dalam 95 pesakit [ASC-15 (38.5%), CC-69 (34.7%), HCC-11 (40.7%)]. Kehadiran HBV-DNA tidak mempunyai hubungan bermakna dengan kumpulan pembawa (X2=8.184, P=0.0017). Bagi analisis penentuan jujukan pre-kor, varian T-1858 telah ditemui dalam 78 pesakit (ASC-14, CC-54 HCC-10), varian C- 1858 dalam 14 pesakit (ASC-1, CC-12 dan HCC=1), manakala tiga pesakit didapati mengandungi campuran varian C/T-1858. Varian G-1896 ditemui dalam 92 pesakit (ASC-15, CC=67, HCC-10), manakala tiga pesakit lagi mengandungi varian G/A 1896. Dalam kumpulan ASC, didapati 14 pembawa dijangkiti oleh varian T-1858 dan masing-masing lima adalah positif terhadap HBeAg dan 9 yang lain adalah positif terhadap anti-HBe; satu pesakit dijangkiti oleh varian C-1858 dan ianya adalah positif terhadap HBeAg. Bagi kumpulan CC, didapati 54 pesakit dijangkiti oleh varian T- 1858 dan masing-masing 27 adalah positif terhadap HBeAg, 25 positif terhadap anti- HBe, satu negatif terhadap HBeAg/anti-HBe dan satu lagi positif terhadap HBeAg/anti-HBe; 12 pesakit dijangkiti oleh varian C-1858 dan masing-masing 8 adalah positif terhadap HBeAg dan 4 adalah positif terhadap anti-HBe; 3 pesakit dijangkiti oleh kedua-dua varian C/T-1858 dan kesemuanya adalah positif terhadap HBeAg. Varian C atau T-1858 tidak menunjukkan hubungan bermakna dengan kehadiran HBeAg/anti-HBe (X2-0.855, P=0.355). Dalam kumpulan HCC, 10 pesakit dijangkiti oleh varian T-1858, masing-masing 7 pesakit adalah positif terhadap anti- HBe dan 3 lagi negatif terhadap kedua-dua HBeAg dan anti-HBe. Tiada pesakit yang dijangkiti oleh varian A-1896 (mutasi kodon penamat) secara eksklusif dan hanya tiga pesakit (daripada semua kumpulan) yang dijangkiti oleh campuran A/G-1896 dan masing-masing satu pesakit adalah positif terhadap HBeAg dan dua lagi positif terhadap anti-HBe. Kajian ini menunjukkan kebanyakan pembawa HBsAg di Malaysia dijangkiti oleh varian T-1858 dan hanya segelintir pembawa yang jangkiti oleh virus yang mempunyai mutasi kodon penamat pada kodon 28.

Kestabilan kromosom dan pengekspresan gen sel stem embrionik manusia mel-1 dengan pengkulturan jangka panjang menggunakan sistem bebas sel pembekal autogenik daripada sel progenitor mesenkimanya

2015-07-30T00:00:00Z

Title: Kestabilan kromosom dan pengekspresan gen sel stem embrionik manusia mel-1 dengan pengkulturan jangka panjang menggunakan sistem bebas sel pembekal autogenik daripada sel progenitor mesenkimanya Authors: Khoo Tze Sean Abstract: Sel stem embrionik manusia (hESC) merupakan sel pluripoten yang boleh memperbaharui diri justeru ia berpotensi tinggi dalam aplikasi perubatan regeneratif. Kekurangan substrat xeno-free extrasel (ECM) yang selamat digunakan menghadkan penggunaan derivatif sel hESC dalam aplikasi terapi penggantian sel. Keadaan kultur termasuk penggunaan medium dan substrat kultur yang suboptima merupakan faktor utama yang menyumbang kepada ketidakstabilan kromosom sel hESC. Kajian ini bertujuan untuk mengkaji kestabilan kromosom sel hESC dan menentukan ekspresi gen sel hESC dan sel induk mesenkima (MPC) semasa pengkulturan di atas ECM dalam jangka masa panjang. Kajian ini telah menggunakan titisan sel hESC (MEL-1). Sel MEL-1 dikultur atas ECM yang dipencilkan daripada sel MPC (autogenik) yang terhasil daripada sel hESC melalui protokol pembezaan yang novel yang dihasilkan dalam kajian ini. Pencirian sel MPC dan hESC telah dilakukan menggunakan teknik pewarnaan imunositokimia dan analisis aliran sitometri terhadap panel penanda sel stem mesenkima dan penanda pluripoten sel masing-masing. Asal usul sel MPC telah ditentukan dengan menjalankan analisis RT-PCR terhadap gen yang spesifik pada lapisan germa yang berlainan. Pencirian bagi fungsi sel hESC telah dilakukan dengan menggunakan asai pembentukan badan embriod. Analisis pengekspresan gen yang mengawalatur pluripotensi dan lanjut usia (longevity) sel telah dilakukan dengan RT-PCR manakala status penuaan (senescence) sel hESC dan MPC juga telah ditentukan melalui asai penuaan galaktosidase. Analisis kromosom sel hESC telah dilakukan dengan teknik kariotip piawai. Analisis pewarnaan imunositokimia dan aliran sitometri terhadap sel MPC menunjukkan ekspresi penanda-penanda awal sel mesenkima. Analisis spektrometer jisim bertandem terhadap campuran ECM yang terhasil daripada MPC menunjukkan kehadiran komponen protein extrasel seperti tenascin C, fibronektin, dan vitronektin. Kami menunjukkan sel hESC yang dikultur atas ECM kekal pluripotensinya selama 61 laluan dengan mengekpres protein penanda pluripotensi (SSEA-3, SSEA-4, TRA-1-81, TRA-1-60, Oct-4) dan juga gen yang terlibat dalam pengawalaturan pluripotensi sel seperti FoxD3, Oct-4, Tdgfl, Sox- 2, Nanog dan Rex1. Sel hESC tersebut didapati mempunyai kebolehan untuk membeza kepada sel mewakili lapisan ektoderma, endoderma, dan mesoderma. Sel hESC tersebut juga didapati mengekalkan ekspresi gen lanjut usia hTERT dan menunjukkan hasil pewarnaan yang negatif terhadap asai penuaan B-galaktosidase di samping menunjukkan kariotip yang normal (46-XY). Kesimpulannya, sel MEL-1 yang dikultur pada ECM tersebut telah menunjukkan kariotip yang normal dan ekspresi gen lanjut usia yang stabil. Sistem pengkulturan xenofree yang autogenik dan bebas daripada sel pembekal ini telah menyokong pengembangan sel hESC MEL-1 dengan stabil dan berpotensi dimajukan untuk aplikasi klinikal.

Pewujudan dan pengesahan kaedah penyaringan bagi penyakit galaktosemia klasik di kalangan bayi yang mengalami jaundis

2012-08-30T00:00:00Z

Title: Pewujudan dan pengesahan kaedah penyaringan bagi penyakit galaktosemia klasik di kalangan bayi yang mengalami jaundis Authors: Affandi Omar Abstract: Galaktosemia klasik adalah penyakit yang disebabkan kekurangan enzim galaktosa-1-fosfat uridil transferase (GALT) dan mempunyai simptom jaundis dan septisemia. Tujuan kajian ini adalah untuk mewujud dan mengesahkan kaedah penyaringan galaktosemia klasik melalui asai galaktosa jumlah (TG) dan GALT dalam tompok darah kering. Pengesahan dan perakuan kaedah dibuat ke atas kedua-dua asai sebelum julat rujukan dibentuk daripada bayi normal. Penyaringan dilakukan terhadap bayi yang jaundis menggunakan kedua-dua asai tersebut sebelum ujian diagnostik dan nilai prevalen dikira. Keputusan pengesahan asai TG mendapati piawainya tidak linear; purata kepersisan ialah 8.27% (kebolehulangan) dan 6.61% (kebolehhasilan semula); had pengosong, had pengesanan biologi dan had pengiraan masing-masing 91, 157 dan 188 μmol/L; ketepatan ialah +8.9% (bias) dan 107.3% (kembalian semula). Kajian gangguan mendapati glukosa dan asid askorbik mengganggu TG (p<0.05). Perbandingan kaedah asai TG dengan kit komersil mendapati pekali korelasi Spearmen, pekali penentuan dan regresi Deming ialah masing-masing 0.639, 0.685 dan y=0.8741x+165.4728 iaitu terdapat perhubungan yang sederhana tetapi signifikan (p=0.000). Keputusan 100% memuaskan dicapai dalam perbandingan antara makmal. Perakuan kaedah GALT pula mendapati kelinearan dicapai, purata kepersisan ialah 4.89% (kebolehulangan) dan 10.25% (kebolehhasilan semula), had pengesanan dan had pengiraan ialah 0.323 dan 0.91 U/g Hb. Julat rujukan dan had pemutus teratas asai TG ialah 4-482 μmol/L dan 528 μmol/L manakala bagi asai GALT ialah 2.4-6.1 U/g Hb dan 1.4 U/g Hb (had pemutus terendah). Sistem kawalan kualiti dalaman kedua-dua asai memuaskan. Seramai 5313 bayi yang mengalami jaundis telah disaring. Gabungan dua asai ini sebagai kaedah penyaringan mencatatkan kesensitifan (100%) dan kespesifikan (99.9%) yang tinggi. Nilai anggaran positif dan negatif mencatatkan 50% dan 100%. Nisbah kebolehjadian positif dan negatif ialah 5312 dan 0. Kawasan di bawah lengkuk ciri operasi penerima adalah 0.997 bagi asai TG dan 0.993 bagi asai GALT. Kadar prevalens ialah 0.02%. Kesimpulannya, kaedah saringan galaktosemia klasik berjaya diwujudkan dan disahkan serta mampu menyaring penyakit ini secara tepat dan berkesan.