DSpace Collection:

Pengenalpastian dan penjelasan gen yang meningkatkan kemosensitiviti adenokarsinoma paru-paru.

2026-09-07T08:10:41Z

Title: Pengenalpastian dan penjelasan gen yang meningkatkan kemosensitiviti adenokarsinoma paru-paru. Authors: Pang Jyh Chyang Abstract: Kemoterapi memainkan peranan yang penting dalam kes lewat kanser paru-paru bukan sel kecil (NSCLC). Walaupun objektif dan manfaat memanjangkan jangka hayat dapat diperhatikan berikutan daripada rawatan kemoterapi, namun terdapat tumor mempamerkan kepelbagaian genetik yang tidak sensitif terhadap kemoterapi. Perubahan dalam tindak balas kemoterapi mungkin disebabkan oleh sifat-sifat biologi yang berbeza pada sel-sel kanser. Tujuan kajian ini adalah untuk mengenal pasti gen yang mensensitifkan sel-sel adenokarsinoma paru-paru terhadap rawatan kemoterapi dan menentukan tapak jalan biologi molekul yang merangsangkan sensitiviti kemoterapi sel-sel kanser. Perlombongan data dan analisis-meta telah dilakukan ke atas 56 data set pengekspresan gen mikroatur kanser paru-paru dari pangkalan data Oncomine untuk mengenal pasti gen yang meningkat pengekspresan gen pada adenokarsinoma paru-paru berbanding dengan tisu normal. Sel adenokarsinoma paru-paru yang hipotriploid, A549 (1 x 104 sel) ditransfeksi-berbalik dengan menggunakan gangguan RNA kecil (siRNA) yang mensasarkan gen khusus selama 24 jam sebelum dirawat dengan dos sublethal cisplatin selama 48 jam. Salah satu gen positif, SON, telah dipilih untuk analisis lanjut fungsinya. Sensitiviti kemoterapi sel A549 terhadap venorelbine dan etoposide juga dinilai dengan siRNA SON. Pengekspresan protein SON dalam NSCLC yang diperolehi dari 208 orang pesakit telah dinilai dengan menggunakan tisu mikroatur-Imunohistokimia (TMA-IHC). Gen-gen bawahan dan tapak jalan biologi molekul SON disiasat dengan menggunakan HumanRef-8 Illumina Expression BeadChips v3.0. Tapak jalan biologi molekul yang dikenal pasti telah disahkan menggunakan kuantitatif PCR (qPCR) dengan mensasarkan gen MDM2, ß-ACTIN dan SON. Model xenograft kanser paru-paru manusia A549 ditubuhkan di dalam tubuh tikus untuk menentukan sama ada penindasan SON berupaya mengurangkan pertumbuhan tumor secara in vivo. Daripada 80 sasaran gen yang dipilih, penindasan lima gen (SON, API5, FGF2, MCL1 dan PSMA6) menghalang pertumbuhan sel A549 dengan ketara dan meningkatkan kepekaan A549 terhadap dos sublethal cisplatin. Kesan sitotoksik sinergi yang paling berkesan diperhatikan apabila A549 telah dirawat dengan siRNA SON dan venorelbine, yang berjaya mengurangkan viabiliti sel kepada 26% (p = 0.025). Tahap pengekspresan protein SON dalam NSCLC didapati mempunyai kaitan yang ketara dengan gred tumor dan peringkat patologi NSCLC. Analisis pengekspresan gen mikroatur mendapati bahawa penindasan SON mengurangkan pengekspresan gen-gen yang terlibat dalam fasa G kitaran sel dan tapak jalan biologi Notch dan keputusannya disahkan dengan analisis qPCR gen gen SON (2-∆∆Ct = 891.4, p = 0.12), MDM2 (2-∆∆Ct = 64, p = 0.23) dan ß-ACTIN (2-∆∆Ct = 1.4, p = 0.43). Rawatan xenografts adenokarsinoma paru-paru dengan siRNA SON menyebabkan pengurangan purata 48.33% pertumbuhan tumor (saiz tumor purata: 3.1 mm (rawatan) melawan 6.0 mm (kawalan), p=0.0016) jika dibandingkan dengan tumor kawalan. Kesimpulan, SON berkemungkinan mempunyai potensi sebagi sasaran terapi baru untuk kanser paru-paru di mana perencatan gen ini menggalakkan perencatan pertumbuhan tumor serta meningkatkan sensitiviti kemoterapi.

Targeting tousled-like kinase 1 signalling pathways in glioblastoma multiforme therapy

2026-06-29T03:52:17Z

Title: Targeting tousled-like kinase 1 signalling pathways in glioblastoma multiforme therapy Authors: Kamariah Ibrahim Abstract: Glioblastoma multiforme (GBM) is an aggressive and highly invasive brain tumour that commonly exhibits resistance to conventional chemotherapy and radiotherapy. It is a heterogeneous disease involving complex kinomic alterations causing aberrant dysregulation of signalling pathways. Although many specific kinase inhibitors have been developed, only 30% of patients’ survived due to extreme proliferation, invasion and highly vascularized nature of GBM cells. The aim of this study was to explore novel kinome pathways and to identify potential therapeutic targets for GBM. Meta analysis was performed by filtering significant genes having p-value <0.05 from the Oncomine database using a total of 415 glioblastoma versus normal samples. This analysis identified 113 significantly upregulated kinases. RNAi screening on identified 113 kinases was performed subsequently, using Dharmacon Custom siRNA SMARTpoolTM library on LN18 and U87MG cells. k-Median Absolute Deviation statistical analysis has identified Tousled-like kinase 1 (TLK1) as a potential molecular target. TLK1, a serine-threonine kinase, was selected for an in vitro functional validation as its role in GBM is still unknown. Silencing of TLK1 using 25nM siRNA and shRNA in GBM cells resulted in a significant reduction in cell viability, clonogenicity and proliferation by inducing S-phase cell cycle arrest. In addition, inhibition of TLK1 induced apoptosis signals in GBM cells. Silencing of TLK1 also chemosensitised GBM cells towards sub-lethal dose of temozolomide (250µM). Invasion and migration of GBM cells were also inhibited (p<0.05). Interestingly, in normal human astrocytes, silencing of TLK1 did not cause significant changes in cell viability, apoptosis, invasion as well as migration. The downstream pathways of TLK1 in U87MG cells were interrogated using Illumina HumanHT12-12 v4 BeadChip microarray. WebGestalt pathways analysis on 2,632 significant probes with more than 1.1 fold change difference identified key signalling pathways involved in GBM cancer pathways including DNA replication, cell cycle, focal adhesion, TGF beta, and integrin-mediated cell adhesion signalling pathways. Gene expression analysis using qPCR confirmed the differential expressions of Thrombospondin-2, Paxillin, Ras-related C3 botulinum toxin substrate 2 (RAC2), Collagen type IV α2, FYN proto-oncogene Src family tyrosine kinase and Rho associated coiled-coil containing protein kinase 2 which were involved in the focal adhesion pathway. TLK1 was postulated to regulate invasion and migration of GBM cells through signalling with a small GTP binding protein, RAC2. RAC2 signal was significantly suppressed in both TLK1 knockdown U87MG and LN18 cells using RAC2 activation assay. TLK1 knockdown GBM cells also significantly reduced phosphorylated p70S6 kinase expression which acted downstream of the PI3K/AKT/mTOR signalling pathway. In vivo subcutaneous GBM xenograft of stably transfected U87MG cells with sh-TLK1 in balb/c female nude mice showed significant difference (p<0.05) in tumour growth potential. Subsequent in silico homology modelling of TLK1 and high throughput virtual screening of protein-ligand docking identified two potential compounds that bound to catalytic site of TLK1 modelled protein. These findings suggest that TLK1 and its related pathways are potential molecular targets for GBM therapy.

Pengenalpastian dan Pencirian Fungsi Varian Genetik Yang Dikaitkan Dengan Rintangan Terhadap Terapi Berasaskan Platinum Dalam Kanser Paru-Paru Bukan Sel Kecil

2026-08-14T00:43:50Z

Title: Pengenalpastian dan Pencirian Fungsi Varian Genetik Yang Dikaitkan Dengan Rintangan Terhadap Terapi Berasaskan Platinum Dalam Kanser Paru-Paru Bukan Sel Kecil Authors: Hilary Sito Pei-Ching Abstract: Kemoterapi berasaskan platinum (PBC) merupakan rawatan barisan pertama untuk sebahagian besar pesakit kanser paru-paru bukan sel kecil (NSCLC). Namun, hanya 30- 40% pesakit menunjukkan tindak balas berkesan terhadap rawatan ini. Varian genetik telah dikaitkan dengan modulasi tindak balas terhadap PBC, namun penemuan antara kajian adalah tidak konsisten dan terdapat kekurangan pemahaman secara fungsian dan mekanistik. Kajian ini bertujuan untuk mengenal pasti dan mencirikan secara fungsian varian genetik yang dikaitkan dengan rintangan terhadap PBC. Satu analisis meta yang melibatkan 121 kajian dengan 29,478 pesakit NSCLC telah dijalankan untuk menilai hubungan antara 184 varian genetik dengan tindak balas terhadap PBC. Nisbah ganjil terkumpul telah dikira menggunakan lima model genetik, dan kekuatan bukti epidemiologi telah dinilai menggunakan kriteria Venice. Varian yang menunjukkan hubungan signifikan serta kekuatan epidemiologi sederhana atau kuat telah dianalisis menggunakan 33 alat bioinformatik untuk meramal impak kepada fungsi. Varian yang paling memudaratkan telah dipilih untuk pengesahan hiliran dalam sel selanjar NSCLC (NCI-H1299 dan PC9) yang dirawat dengan cisplatin, carboplatin, dan oxaliplatin. Konstruk jenis liar dan varian bagi gen terpilih telah ditransfeksi ke dalam sel selanjar, dan ujian fungsian telah dijalankan untuk menilai ekspresi gen dan protein, kerintangan terhadap ubat platinum, apoptosis, kitaran sel, migrasi, kestabilan protein, dan aktiviti protein hiliran. Daripada analisis meta, 12 varian merentasi 10 gen telah menunjukkan perkaitan yang signifikan. Antaranya, XRCC1 rs1799782 (Arg194Trp) diramalkan mempunyai kesan yang paling memudaratkan. Varian ini meningkatkan ekspresi mRNA dan protein XRCC1. Dalam sel NCI-H1299, varian ini mengurangkan kerintangan terhadap platinum dan meningkatkan perhentian fasa G1 (38% berbanding 33.7%, p<0.001) selepas rawatan carboplatin. Dalam sel PC9, ia mengurangkan apoptosis awal selepas rawatan carboplatin (30.0% berbanding 35.9%, p=0.024) dan oxaliplatin (30.1% berbanding 41.5%, p=0.048), tetapi meningkatkan apoptosis lewat akibat cisplatin (74.9% berbanding 48.6%, p=0.003) dan carboplatin (13.7% berbanding 10.2%, p<0.001). Ia juga meningkatkan penutupan luka dalam sel PC9 selepas rawatan carboplatin (8.1% berbanding 5.5%, p=0.044). Pemblotan Western menunjukkan penurunan PCNA dan peningkatan pemotongan PARP, menandakan kerosakan pada keupayaan pembaikan DNA. Kesimpulannya, XRCC1 rs1799782 mempengaruhi proses selular utama yang berkaitan dengan tindak balas terhadap PBC dalam NSCLC. Hasil ini memberikan pemahaman penting terhadap mekanisme kerintangan terhadap platinum dalam NSCLC.

Analisis imunogenomik di dalam kanser kolorektal melalui pengenalpastian dan pengesahan kefungsian neoantigen menggunakan kejuruteraan reseptor sel T

2026-06-16T04:24:38Z

Title: Analisis imunogenomik di dalam kanser kolorektal melalui pengenalpastian dan pengesahan kefungsian neoantigen menggunakan kejuruteraan reseptor sel T Authors: Nurul Ainaa' Adilah Rus Bakarurraini Abstract: Kanser kolorektal (CRC) melibatkan kanser usus dan rektum, menyebabkan lebih 500,000 kematian setiap tahun di dunia. Terapi CRC sedia ada kurang berkesan, terutamanya bagi pesakit di tahap lanjut. Oleh itu, penerokaan terapi alternatif bagi pesakit CRC amatlah diperlukan termasuklah terapi imun. Neoantigen, yang berasal daripada mutasi genom pesakit, merupakan antigen yang hanya terdapat di permukaan sel kanser. Dengan menyasarkan neoantigen tertentu, tindak balas sel T boleh diaruhkan untuk membunuh sel kanser. Justeru itu, kajian ini dilakukan untuk mengenalpasti neoantigen dalam pesakit CRC Malaysia dan menilai keberkesanan imunoterapi sel T terhadap neoantigen tersebut. Daripada 50 pesakit CRC, sepuluh pesakit dengan beban mutasi tertinggi dipilih untuk saringan neoantigen. Analisis calon neoantigen, pengekspresan gen, keimunogenan dan kadar keafinan calon terhadap HLA-A*24:02 dilakukan dengan menggunakan pelantar bioinformatik seperti MuPeXi dan sebagainya. Kemudiannya, sel dendritik yang didedahkan dengan calon neoantigen dikultur bersama sel T untuk mengaruh pembentukan reseptor sel T (TCR) spesifik. Jujukan TCR yang dikenalpasti diklonkan ke dalam sel T dari penderma sihat. Asai kefungsian sel T yang direkayasa dilakukan dengan mengukur perembesan sitokin IL2, IFN-γ, grenzim B, dan perforin. Analisis pengenalpastian neoantigen telah mendedahkan 36 calon neoantigen yang berpotensi dengan TMEM97p.R173fs*3 sebagai calon yang paling berpotensi. Pengkulturan sel dendritik dengan sel T menghasilkan 40.4% sel T yang spesifik terhadap TMEM97p.R173fs*3. Keputusan penjujukan TCR mengenalpasti jujukan TCR dominan. Seterusnya, pengklonan TCR menggunakan partikel lentiviral ke dalam sel T penderma sihat menghasilkan 20% populasi sel T dengan gen TCR spesifik terhadap TMEM97p.R173fs*3. Asai kefungsian sel T yang direkayasa menunjukkan peningkatan sitokin IL-2, IFN-γ, grenzim B, dan perforin dalam sampel TMEM97p.R173fs*3 berbanding sampel kawalan (perubahan lipatan > 1.5). Kajian ini membuktikan bahawa sel T yang direkayasa dapat mengenali TMEM97p.R173fs*3 dan menjana tindak balas sitotoksik melalui perembesan sitokin pro-radang. Hal ini membuktikan terapi imun dengan menggunakan kejuruteraan reseptor sel T dari penderma sihat berpotensi menjadi terapi alternatif bagi pesakit CRC.