DSpace Collection:

Pengekspresan 19 gen penandaan sebagai peramal kemandirian dalam kanser kolorektum

2025-09-02T06:13:20Z

Title: Pengekspresan 19 gen penandaan sebagai peramal kemandirian dalam kanser kolorektum Authors: Nurul Ainin Abdul Aziz (P63200) Abstract: Penilaian histopatologi adalah tidak mencukupi untuk meramal perkembangan penyakit dan kesudahan klinikal dalam kanser kolorektum. Pesakit dengan tahap kanser yang sama boleh mempunyai kesudahan klinikal yang berbeza. Oleh itu, penanda bio yang spesifik dan sensitif amat diperlukan untuk menentukan kemandirian pesakit. Kajian ini bertujuan untuk menentukan pengekspresan gen penandaan yang boleh meramal kemandirian pesakit kanser kolorektum. Sebanyak 78 sampel tisu Formalin Fixed Paraffin Embedded (FFPE) kolorektum daripada pesakit Dukes’ B dan C dikumpulkan dari Jabatan Histopatologi, Pusat Perubatan Universiti Kebangsaan Malaysia (PPUKM). Sampel dipotong dan diwarnakan menggunakan pewarnaan Hematoksilin dan Eosin untuk mengkaji morfologi tisu. Morfologi tisu tumor ini seterusnya disahkan oleh ahli patologi. Total RNA diekstrak dan kuantiti RNA dianalisis menggunakan spektrofotometer NanoDrop. Kualiti RNA ditentukan menggunakan Bioanalyzer dan tindak balas rantaian polimerase kuantitatif masa nyata (qPCR). Profil pengekspresan gen ditentukan menggunakan asai Whole Genome cDNA-mediated Annealing, Selection, Extension and Ligation (WG DASL) (Illumina, USA). Data pengekspresan gen dianalisis menggunakan perisian GeneSpring GX 12.0.2 dan Program R. Validasi dilakukan ke atas sampel yang sama menggunakan tindak balas qPCR. Letakan luar yang dikesan digantikan dengan 90% selang keyakinan min teguh secara automatik. Nilai pengekspresan gen yang dinormalkan dibahagikan kepada set latihan dan set ujian secara rawak. Seratus set latihan dan ujian dihasilkan secara rawak dan tiga ujian statistik yang berbeza (SAM, LIMMA dan ujian t) digunakan untuk mengenalpasti perbezaan ekspresi gen. Sejumlah 19 gen penandaan yang signifikan dikenalpasti dari pilihatur. Gen tersebut mampu meramal kemandirian pesakit kanser kolorektum secara signifikan dalam set latihan 1 (p=2.2e 10) dan set ujian 1 (p=3.5e-08). Prestasi gen penandaan ini seterusnya disahkan sebagai peramal kemandirian bebas yang signifikan (p < 0.05) menggunakan set data pengesahan bebas dari pesakit kohort Australia (n = 185), Amerika Syarikat (n = 114) dan Denmark (n = 37). Validasi menggunakan tindak balas qPCR mengesahkan corak pengekspresan yang sama untuk tujuh gen yang dipilih secara rawak. Kajian ini menunjukkan manfaat yang berpotensi dengan menggunakan penanda molekul berbanding tahap klinikal konvensional dalam membezakan kumpulan risiko. Pengesahan luar menggunakan set data yang berbeza akan menambah kepada keteguhan gen penandaan untuk memastikan kebolehpercayaan dan kebolehasilan ujian tersebut. Kesimpulannya, kami berjaya menemui gen penandaan yang berpotensi memberikan kaedah yang lebih tepat bagi meramal kemandirian pesakit kanser kolorektum dan membantu dalam mengenalpasti pesakit yang memerlukan rawatan yang lebih intensif.

Kesan simulasi mikrograviti terhadap profil pengekspresan gen dan fenotip biologi Caenorhabditis elegans

2025-07-21T07:14:19Z

Title: Kesan simulasi mikrograviti terhadap profil pengekspresan gen dan fenotip biologi Caenorhabditis elegans Authors: Tee Ling Fei (P78041) Abstract: Beberapa kajian angkasa lepas jangka masa panjang untuk Caenorhabditis elegans pelbagai generasi telah menunjukkan perubahan pengekspresan gen untuk aspek kelanjutan usia, pembaikpulihan DNA serta gerak alih. Namun, kebolehulangan kajian terdahulu ini adalah sukar dan terhad disebabkan kosnya yang tinggi. Selain itu, C. elegans pelbagai generasi yang diguna dalam kajian terdahulu menyebabkan campuran profil pengekspresan gen, di mana profil pengekspresan gen C. elegans telah dilaporkan berbeza untuk setiap peringkat hidup. Penggunaan medium kultur yang berbeza juga menyebabkan perbezaan dalam profil pengekspresan gen dan fenotip biologi C. elegans. Kajian ini bertujuan untuk mengenalpasti kesan simulasi mikrograviti terhadap profil pengekspresan gen dan fenotip biologi C. elegans generasi tunggal yang dikultur menggunakan dua medium kultur yang berbeza. Random Positioning Machine (RPM) telah digunakan untuk mensimulasikan mikrograviti terhadap C. elegans selama 52 hingga 54 jam. Profil pengekspresan gen dianalisis dengan Affymetrix GeneChip® C. elegans 1.0 ST Array. Untuk cacing yang dikultur atas Nematode Growth Medium (NGM), hanya satu gen (R01H2.2) menunjukkan penurunan pengekspresan, manakala untuk cacing yang dikultur dalam C. elegans Maintenance Medium (CeMM), lapan gen menunjukkan perubahan pengekspresan; peningkatan pengekspresan pada enam gen dan penurunan pengekspresan pada dua gen. Lima gen yang menunjukkan peningkatan pengekspresan (C07E3.15, C34H3.21, C32D5.16, F35H8.9 and C34F11.17) merupakan gen yang mengekod RNA bukan pengekodan. Dari segi fenotip biologi C. elegans, cacing yang didedahkan kepada simulasi mikrograviti mengalami perubahan minimum daripada segi jangka hayat, pergerakan dan keupayaan pembiakan apabila dibandingkan dengan cacing kumpulan kawalan tanah. Sebagai rumusan, C. elegans generasi tunggal yang mengalami simulasi mikrograviti hanya mengalami perubahan yang minimum untuk profil pengekspresan gen serta fenotip biologi. Namun demikian, pendedahan C. elegans terhadap mikrograviti telah menyebabkan peningkatan pengekspresan gen RNA bukan pengekodan yang mungkin memainkan peranan epigenetik dalam pengawalaturan perubahan pada aspek kelanjutan usia, pembaikpulihan DNA serta gerak alih untuk cacing di angkasa lepas.

Kajian fungsi gen yang berkaitan dengan kanser kolorektal di dalam titisan sel kemosensitisif berikutan penyenyapan gen daya pemprosesan tinggi

2025-07-08T02:06:12Z

Title: Kajian fungsi gen yang berkaitan dengan kanser kolorektal di dalam titisan sel kemosensitisif berikutan penyenyapan gen daya pemprosesan tinggi Authors: Tammy Ting Lik Tun (P62563) Abstract: Perkembangan teknologi gangguan RNA (RNAi) membolehkan kajian ke atas fungsi sasaran molekul tertentu dilakukan. Penggunaan RNAi bersama 5-fluorourasil (5-FU) mampu mengurangkan dos agen anti-kanser yang diperlukan. Integrasi di antara data mikroatur umum (Oncomine) dengan set data hasil kajian mikroatur terkini telah menghasilkan sebanyak 20 gen beregulasi menaik yang terlibat di dalam fungsi proliferasi dan kitaran sel. Kajian ini dijalankan untuk mengkaji peranan biologi gen gen tersebut berikutan penyenyapan gen dan rawatan 5-FU dalam titisan sel kanser kolorektal, HCT116 dan HT-29. Titisan sel dirawat dengan dos 5-FU yang berbeza bermula dengan 0 µM sehingga 200 µM selama 24, 48 dan 72 jam. Kesan sitotoksik 5-FU ditentukan dengan nilai perencatan kepekatan separa (IC50). Titisan sel kemudiannya dirawat dengan RNA gangguan kecil (siRNA) dan dieram dengan 5-FU, iaitu 1/10 daripada kepekatan IC50, untuk analisis fungsi yang selanjutnya. Keberkesanan penyenyapan gen ditentukan dengan menggunakan kaedah kuantitatif tindak balas rantaian polimerase transkripsi berbalik (qPCR) selepas 48 jam tempoh transfeksi. Pengekspresan protein dikesan dengan menggunakan blot Western selepas 72 jam tempoh transfeksi. Kesan penyenyapan gen terhadap pembahagian sel ditentukan dengan menggunakan asai viabiliti sel pendarcahaya CellTiter-Glo®. Kesan sel yang ditransfeksi dengan siRNA terhadap apoptosis ditentukan dengan menggunakan asai aktiviti Caspase 3. Kesan sel yang ditransfeksi dengan siRNA terhadap migrasi dan invasi masing-masing ditentukan dengan menggunakan asai migrasi sel QCM chemotaxis dan asai invasi sel QCM collagen. Penyenyapan gen transmembrane protein 97 (TMEM97), dyskerin (DKC1), sterile alpha motif (SAM) and leucine zipper (LZ) containing kinase AZK (ZAK), CDC28 protein kinase regulatory subunit 2 (CKS2) dan non-metastatic cells I (NME1) menurunkan pengekspresan mRNA secara signifikan selepas 48 jam transfeksi siRNA dalam kedua-dua titisan sel. Walau bagaimanapun, hanya 4 gen, iaitu TMEM97, DKC1, ZAK dan NME1, yang menunjukkan perencatan viabiliti sel secara signifikan (P < 0.05) berbanding dengan sel kawalan pada kedua-dua titisan sel. RNAi yang mensasarkan DKC1 menahan fasa G1 dalam kitaran sel HCT116. Penindasan DKC1 mengurangkan viabiliti sel dan menahan kitaran sel kerana gen tersebut terlibat dalam biosintesis protein yang diperlukan untuk pembahagian dan viabiliti sel. Apabila digabungkan dengan rawatan 5-FU, penyenyapan DKC1 meningkatkan kemosensitiviti sel HCT116 dengan mengurangkan lagi viabiliti sel dan menyekat sel pada fasa S kitaran sel. Pengurangan signifikan migrasi sel HCT116 juga diperhatikan dalam RNAi yang mensasarkan DKC1 dan NME1. Penyenyapan NME1 meningkatkan invasi sel HT-29 berbanding dengan sel kawalan (P < 0.05). Penindasan ekspresi NME1 dapat meningkatkan invasi sel kerana NME1 merupakan gen penindas metastasis yang menyekat invasi dan metastasis sel tumor. Kesimpulannya, penurunan ekspresi DKC1 menggunakan RNAi meningkatkan aktiviti anti-tumor dan kesan kemosensitiviti kanser manusia. Penyenyapan DKC1 dengan kombinasi rawatan kemoterapi merupakan strategi yang berpotensi untuk menyekat pertumbuhan kanser kolorektal.

Pengenalpastian dan profil pengekspresan mikroproteom dalam sel selanjar yang berasal daripada pelbagai tahap kanser kolorektal

2025-06-16T08:59:10Z

Title: Pengenalpastian dan profil pengekspresan mikroproteom dalam sel selanjar yang berasal daripada pelbagai tahap kanser kolorektal Authors: Alyssa Leong Zi Xi (P112413) Abstract: Mikroprotein, peptida kecil yang kurang daripada 100 asid amino, telah muncul sebagai molekul yang penting dalam mengawalselia pelbagai proses biologi penting termasuk kanser. Dalam kanser kolorektal (CRC), mikroprotein telah mempengaruhi perkembangan tumor dan tindak balas terhadap terapi melalui modulasi pengisyaratan, ekspresi gen, dan metabolisma selular. Namun begitu, penyelidikan mengenai mikroprotein dalam CRC masih berada di peringkat awal. Justeru, kajian ini bertujuan untuk memprofilkan ekspresi dan fosforilasi mikroprotein dalam CRC dengan menggunakan analisis in-vitro dan in-silico. Mikroprotein dan fosfopeptida dari enam sel selanjar CRC (Dukes D-COLO 205, Dukes C-COLO320DM, Dukes C-SW48, Dukes B-SW480, Dukes A-SW1116, dan kolorektal normal CCD841) yang mewakili semua peringkat CRC telah diperkaya menggunakan pemendakan asid asetik dan kromatografi titanium dioksida, diikuti dengan identifikasi dan pengukuran kuantiti menggunakan spektrometri jisim (MS). Selain itu, set data proteomik CRC dari repositori Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium (CPTAC) telah diperkemas untuk pengenalpastian mikroprotein. Secara keseluruhan, 207 dan 665 mikroprotein telah dikenalpasti dari sel selanjar dan set data CPTAC masing-masing, dimana integrasi kedua-dua set data tersebut telah mengenalpasti 167 protein yang sama. Secara jelas, S100P dan UQCR11 didapati dalam pengekspresan tinggi sementara ADIRF, PCP4 dan NMES1 didapati dalam pengekspresan rendah. Selain itu, dua mikroprotein yang baru dianotasi, PIGBOS dan NoBody, yang dihipotesiskan terlibat dalam proses onkologi, telah dikenalpasti. Ini mengesahkan pendekatan yang diambil dalam kajian ini. Tiga mikroprotein novel, iaitu IP_662645, IP_624439 dan IP_671454, telah diutamakan dalam patogenesis CRC. Fungsi mikroprotein novel diramalkan melalui strategi sasaran berbalik. Selain itu, mikroprotein tersebut telah menunjukkan interaksi yang signifikan dalam pengikatan faktor pertumbuhan, penguraian SCF-proteasomal, dan kawalan sitoskeleton aktin. Analisis MS daripada pengayaan fosfopeptida telah mengenalpasti 1440 dan 43709 fosfopeptida dalam sel selanjar dan data CPTAC masing-masing, dengan lapan dan 167 fosfopeptida berasal daripada mikroprotein. Secara jelas, kinase PRKACA berinteraksi dengan mikroprotein FXYD1 pada residu S83, dan ini mencadangkan peranan mikroprotein dalam patogenesis CRC melalui modifikasi laluan pertumbuhan dan migrasi. Secara keseluruhan, penemuan daripada kajian ini menyumbang ke arah pencirian dan penemuan mikroprotein yang dianotasi dan novel, menunjukkan kepentingan mikroprotein dalam kanser kolorektal dan menyediakan asas untuk penyelidikan masa depan terhadap peranannya dalam patogenesis dan terapi CRC.