Pemprofilan transkriptom dan analisis fungsian bagi kanser Akut Mieloid Leukemia relaps dalam kalangan kanak-kanak

Abstract

Akut mieloid leukemia (AML) merupakan penyakit kanser darah kedua tertinggi dalam kalangan kanak-kanak dan hampir 50% daripadanya akan mengalami AML relaps seterusnya telah menyebabkan kematian. Secara klinikal, AML relaps merupakan satu masalah kepada penambahbaikan kadar hidup pesakit dan menjadi penyebab utama dalam kegagalan rawatan pesakit AML kanak-kanak. Kebanyakan pesakit menunjukkan respons yang baik pada rawatan awal, namun memberikan respons yang lemah apabila dirawat pada fasa AML relaps. Oleh itu, menjadi satu keperluan untuk mengkaji gen-gen yang terlibat dalam AML relaps ini bagi tujuan mencari rawatan khusus melalui terapi yang disasarkan. Dalam kajian ini, penjujukan RNA telah dilaksanakan pada tiga fasa berbeza (diagnosis, remisi dan relaps) terhadap tiga pesakit AML kanak-kanak dengan menggunakan dua reka bentuk analisis iaitu reka bentuk individu dan reka bentuk berkumpulan. Ekspresi gen pembeza pada ketiga-tiga sampel dianalisis dengan menggunakan kaedah DEGseq dan edgeR. Analisis tapak laluan dan ontologi dilakukan dengan menggunakan pangkalan data Kyoto Encyclopedia Genes and Genomes (KEGG) dan Gene Ontology (GO). Tambahan pula, ekspresi beberapa gen terpilih; ADGRL3, SEL1L2, TOP2A dan NRG1 telah disahkan dengan menggunakan teknik tindak balas berantai polimerase kuantitatif masa nyata (qPCR) terhadap sampel AML tambahan yang mengandungi, 23 sampel diagnosis, 12 sampel remisi dan 8 sampel relaps. Akhir sekali, analisis fungsian terhadap gen terpilih telah dijalankan secara terperinci melalui kaedah in vitro. Profil ekspresi gen pembeza adalah berbeza bagi setiap individu pesakit bagi ketiga-tiga kumpulan perbandingan. Sementara itu, pada reka bentuk analisis berkumpulan, profil ekspresi gen pembeza juga adalah berbeza. Gen-gen yang diperoleh pada reka bentuk analisis individu telah ditemui terlibat dalam tapak jalan infeksi HTLV-1, tapak jalan metabolik dan tapak jalan dalam kanser, manakala bagi reka bentuk analisis berkumpulan, tapak jalan yang ditemui ialah tapak jalan isyarat PI3K-AKT dan kitaran sel. Analisis ekspresi relatif gen ADGRL3 telah menunjukkan eskpresi yang tinggi pada sampel AML relaps apabila dibandingkan dengan sampel diagnosis dan sampel remisi. Pengurangan ekspresi gen ADGRL3, pada sel selanjar Kasumi-1 juga telah berjaya meningkatkan tahap kepekaan sel terhadap ubat kemoterapi, cytarabine (Ara-C) dengan sebanyak hampir 70%. Kesimpulannya, gen ADGRL3 adalah berpotensi untuk menjadi penanda biologi dalam menentukan AML relaps dan juga sebagai terapi sasaran untuk penghidap AML relaps kanak-kanak.