1. UKM Learning and Research Repository
2. PHD Thesis / Tesis PHD
3. Institute of Systems Biology / Institut Biologi Sistem (INBIOSIS)

Title:	Pencirian RNA kecil terpelihara bakteria dalam Burkholderia Pseudomallei
Authors:	Norfarrah Mohamed Alipiah (P82058)
Supervisor:	Mohd. Firdaus Mohd. Raih, Prof. Madya Dr.
Keywords:	RNA kecil (sRNA) Burkholderia Pseudomallei Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations Dissertations, Academic -- Malaysia
Issue Date:	28-May-2020
Description:	Terdapat banyak RNA kecil (sRNA) yang sangat terpelihara di kalangan spesis bakteria. sRNA ini terlibat dalam pelbagai peranan dalam sel tetapi masih banyak lagi sRNA yang tidak dicirikan dan tidak dikaitkan fungsi. Andaian dibuat bahawa gen sRNA yang sangat terpelihara akan mengekodkan fungsi penting yang merentasi pelbagai takson dan berkemungkinan adalah keperluan bagi organisma yang memilikinya. Dalam kajian ini, jujukan gen sRNA putatif yang terpelihara merentasi pelbagai takson dikenal pasti. Gen-gen ini diperincikan secara perkomputeran dan dirujuk-balas terhadap dataset sRNA Burkholderia pseudomallei yang merupakan bakteria tanah tetapi juga agen penyakit parah, melioidosis. Lapan gen sRNA dijumpai terpelihara pada pelbagai tahap taksonomi dengan tiga daripadanya belum dikaitkan dengan sebarang fungsi. Ketiga-tiga sRNA ini mempunyai homolog diluar order Burkholderiales. Dua daripada sRNA tidak diketahui fungsi ini, 1_sRNA_0575 dan 1_sRNA_0826, terdapat pada kedudukan gen-gen terlibat dalam pengangkutan sel dan gen pengapitnya mengekodkan protein membran luar A (ompA) iaitu homolog gen bagi 1_1740 dan 1_2453 masing-masing. Satu lagi sRNA yang tidak diketahui fungsi adalah 1_sRNA_0952 yang gen pengapitnya mengekodkan protein induksi osmotik (osmC), 1_2830 yang terlibat dalam proses penyahtoksikan bakteria. Ketiga-tiga sRNA terpelihara ekspres secara signifikan pada rawatan kepekatan spesifik melebihi nilai ambang tetrasiklin atau natrium klorida, dan mempunyai corak pengekspresan yang sama bagi gen pengapit masing-masing. Seterusnya, penyuntingan gen menggunakan kaedah CRISPRi yang menyasarkan sRNA secara berasingan menunjukkan penindasan sRNA dalam rawatan termasuk gen pengapitnya, telah menunjukkan mekanisme pengawalaturan positif secara cis. Malahan, susunan gen dan jujukan hadapan mRNA mencadangkan mekanisme anti antisense antara sRNA dan gen pengapitnya. Dalam rawatan tetrasiklin (0.49 dan 0.98 μg/mL), peningkatan pengekspresan 1_sRNA_0575 di bawah rawatan mencadangkan pembukaan tapak pengikatan ribosom (RBS) dan pengaktifkan gen 1_1740. Manakala jujukan hadapan 1_2453 dan 1_2830 mengandungi kawasan kaya AU yang merupakan tapak lekat pembelahan RNase E. Pengekspresan sRNA mencadangkan pelekatannya pada jujukan hadapan, mengaruh pembelahan kepada pembentukan mRNA baharu yang stabil dan RBS yang boleh capai. Asai ke atas strain ketukanbawah mendapati 1_sRNA_0575 dan 1_sRNA_0826 mensasarkan gen pengapitnya bertindak secara khusus, tidak menunjukkan perubahan fenotip tetapi mempengaruhi perubahan genotip dalam analisis pengekspresan gen. Bagi 1_sRNA_0952 yang mengawalatur 1_2830 respon dilihat terhadap tekanan osmotik dan oksidatif secara genotip, impak fenotip hanya dilihat dalam rawatan natrium klorida sahaja. Kajian ini memberi maklumat baharu berkenaan gen-gen yang terbabit dalam laluan sRNA terpelihara dan pengenalpastian sasaran yang dikawalatur. Kajian ini juga mencadangkan maklumat tambahan bagi mekanisme interaksi antara sRNA-mRNA. Berdasarkan penemuan eksperimen, kami ingin mengandaikan 1_sRNA_0575 dan 1_sRNA_0826 mempengaruhi ompA dalam kerintangan bakteria tetapi kekurangan bukti fenotip. Sementara, bagi 1_sRNA_0952 yang mensasarkan osmC, bukti menunjukkan kemungkinan tinggi penglibatannya dalam pengawalaturan keseimbangan sistem osmotik dalam bakteria.,Ph.D.
Pages:	215
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Institute of Systems Biology / Institut Biologi Sistem (INBIOSIS)

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.