Please use this identifier to cite or link to this item:
https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/500622Full metadata record
| DC Field | Value | Language |
|---|---|---|
| dc.contributor.advisor | Nurul Yuziana Mohd Yusof, Dr. | - |
| dc.contributor.author | Nur Shazwani Mohd Pilus (P86186) | - |
| dc.date.accessioned | 2023-10-13T09:46:44Z | - |
| dc.date.available | 2023-10-13T09:46:44Z | - |
| dc.date.issued | 2021 | - |
| dc.identifier.other | ukmvital:130363 | - |
| dc.identifier.uri | https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/500622 | - |
| dc.description | Stichopus horrens merupakan salah satu spesis timun laut yang sering menjadi pilihan kerana mempunyai pelbagai kebaikan dari segi kesihatan mengikut laporan para pengamal perubatan tradisional. Walaupun terdapat pelbagai kajian yang dijalankan ke atas timun laut sebelum ini, namun tidak banyak data genom yang dilaporkan khususnya bagi spesis S. horrens. Kajian ini dijalankan bagi melaporkan data genom S. horrens serta memberi evidens secara saintifik salah satu peptida yang telah dikenalpasti berpotensi untuk memberi kesan proliferasi dalam sel kulit manusia. Sejumlah 44.3 Gb, 15.4 Gb dan 5.7 Gb reads jujukan mentah telah dijana menggunakan mesin Illumina Hiseq 2000 yang masing-masing diperolehi daripada DNA genom, cDNA dinding tubuh dan cDNA organ dalaman. Himpunan data genom menghasilkan panjang sejumlah 0.68 Gb. Himpunan berdasarkan data genom dan pemetaan data jujukan RNA menghasilkan panjang jujukan kontig berjumlah 152,894; di mana hasil anotasi merekodkan 68,955 diramalkan sebagai gen mengekod protein, 6 gen rRNA dan 440 gen tRNA. Struktur peptida seakan-EGF manusia daripada S. horrens (Sh-EGFl) bersaiz 4.9 kDa dan panjang 45 asid amino digunakan untuk analisis pengedokan dan pengesahan secara in vitro. Tindanan struktur peptida ini dengan EGF manusia (hEGF) menunjukkan persamaan dari segi bilangan dan kedudukan ikatan disulfida yang mana ianya merupakan kawasan terpelihara bagi famili EGF. Skor pengedokan HADDOCK antara Sh-EGFl dengan reseptor manusia (hEGFR) adalah bersamaan dengan -98.8 dan tenaga keafinan adalah sebanyak -15.1 Kcal/mol. Penilaian kesamaan atau nilai root-mean-square deviation (RMSD) antara model Sh-EGFl-hEGFR dengan model hEGF-hEGFR berada pada julat yang diterima, iaitu kurang daripada 1.5Å (0.852Å). Asai perlekatan ligan antara Sh-EGFl terkonjugat biotin dengan hEGFR menunjukkan wujud interaksi antara keduanya berdasarkan peningkatan bacaan penyerapan pada 405 nm berbanding kawalan negatif yang mencatatkan 0.088 ± 0.004 berbanding 0.093 ± 0.009 pada kepekatan 10 nM dan 0.096 ± 0.005 pada kepekatan 50 nM. Untuk menyokong kemungkinan interaksi antara Sh-EGFl dengan hEGFR, analisis qPCR bagi gen-gen yang terlibat sepanjang tapak jalan EGF dijalankan. Peningkatan pengekspresan gen CBL dengan purata bilangan salinan sebanyak 32.28 ± 20.87 berbanding dengan kawalan negatif eksperimen (20.53 ± 3.21) menunjukkan berlakunya proses internalization 15 minit selepas 10 nM Sh-EGFl ditambahkan kepada sel kulit manusia. Analisis susuntertib qPCR selepas 4 jam menunjukkan 10 nM Sh-EGFl mengaktifkan tapak jalan pengisyaratan MAPK, PI3K, PLC gamma, STAT dan Rho untuk memberi isyarat kepada sel agar menjalani proliferasi, pembezaan, kemandirian dan penyusunan semula aktin sitoskeleton. Ini menunjukkan jujukan peptida daripada S. horrens boleh berinteraksi dengan reseptor manusia dan mengaktifkan tapak jalan EGF manusia.,Ph.D | - |
| dc.language.iso | may | - |
| dc.publisher | UKM, Bangi | - |
| dc.relation | Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi | - |
| dc.rights | UKM | - |
| dc.subject | Cucumbers | - |
| dc.subject | Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations | - |
| dc.subject | Dissertations, Academic -- Malaysia | - |
| dc.title | Pengecaman homolog faktor pertumbuhan epidermis dan pencirian peptida seakan-EGF daripada timun laut Stichopus horrens | - |
| dc.type | Theses | - |
| dc.format.pages | 183 | - |
| dc.identifier.callno | SB337.N837 2021 tesis | - |
| dc.identifier.barcode | 006799(2022) | - |
| Appears in Collections: | Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi | |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| ukmvital_130363+SOURCE1+SOURCE1.0.PDF Restricted Access | 2.97 MB | Adobe PDF |  View/Open |
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.