1. UKM Learning and Research Repository
2. PHD Thesis / Tesis PHD
3. Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Title:	Pencirian sub-struktur terpelihara dalam protein data bank untuk anotasi kefungsian protein
Authors:	Nur Syatila Ab Ghani (P85761)
Supervisor:	Mohd Firdaus Mohd Raih, Dr.
Keywords:	Protein Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations Dissertations, Academic -- Malaysia
Issue Date:	15-May-2021
Description:	Struktur protein menentukan fungsinya. Pangkalan data Protein Data Bank (PDB) merupakan repositori utama yang menyimpan maklumat koordinat struktur tiga dimensi protein. Antara kandungan PDB adalah protein-protein yang tidak diketahui fungsinya. Kajian ini telah dijalankan untuk mencirikan substruktur terpelihara dalam PDB yang berkemungkinan penting untuk fungsi protein dan berguna untuk pemindahan anotasi fungsi antara protein. Motif sub-struktur yang mengandungi susunan asid amino tiga dimensi (3D) mungkin terlibat dalam pelbagai fungsi molekul seperti tapak pengikatan ligan, tapak aktif enzim atau tapak interaksi protein-protein. Dalam kajian ini, rangka kerja baharu telah dibina untuk menganalisis persamaan sub-struktur mengandungi susunan asid amino 3D dalam struktur protein yang membolehkan perbandingan sub-struktur di antara protein-protein dalam PDB dilakukan secara skala besar. Rangka kerja tersebut kemudian digunakan untuk meneroka dua aplikasi berbeza iaitu: 1) Pencarian sub-struktur mirip kepada tapak pengikatan molekul drug teranotasi dalam struktur protein bagi tujuan strategi pensasaran semula molekul drug, dan 2) Pencarian susunan asid amino hipotetikal dalam oligomer protein yang berkemungkinan penting dalam pembinaan struktur oligomer atau fungsi protein. Pembangunan proses pengkomputeran tersebut mendedahkan bahawa persamaan sub-struktur dalam protein-protein bukan berhomolog boleh digunakan sebagai salah satu kaedah awal dalam anotasi protein yang tidak diketahui fungsinya, terutamanya apabila penjajaran jujukan asid amino atau struktur tidak menemukan persamaan. Menggunakan kaedah yang sama, susunan asid amino daripada tapak pengikatan drug teranotasi telah digunakan untuk menemukan susunan asid amino serupa dalam protein yang tidak diketahui fungsinya boleh mengikat drug sebelum ini. Hasil kajian tersebut boleh dicapai dalam aplikasi web Drug Repositioning Exploration Web Server (Pelantar Penerokaan Pensasaran Semula Drug) (Drug ReposER). Di samping itu, pencarian susunan asid amino hipotetikal dalam oligomer protein telah menemukan sub-struktur terdiri daripada satu atau dua asid amino yang disumbang oleh rantai protein berbeza untuk membentuk sub-struktur intermolekul berkemungkinan terlibat dalam pemasangan oligomer. Maklumat tersebut boleh dilayari dalam pangkalan data Intermolecular-Contacts Biological Assemblies Motifs (Motif Sentuhan Intermolekul dalam Himpunan Biologi) (ICBMs). Proses pengkomputeran yang telah dibina membolehkan penemuan motif sub-struktur yang berguna untuk anotasi protein, manakala kajian terhadap motif sub-struktur dapat membantu memahami hubungan struktur dan fungsi antara protein, terutamanya dalam kalangan protein-protein bukan berhomolog.,Ph.D
Pages:	174
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.