1. UKM Learning and Research Repository
2. PHD Thesis / Tesis PHD
3. Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Title:	Pengenalpastian dan anotasi protein pengekodan nukleus bagi kefungsian plastid di dalam Rafflesia cantleyi
Authors:	Ng Siuk Mun (P62061)
Supervisor:	Wan Kiew Lian, Prof. Dr.
Keywords:	Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations Dissertations, Academic -- Malaysia Plastids Rafflesia
Issue Date:	2-Mar-2017
Description:	Sebagai tumbuhan parasit, Rafflesia spp. memiliki struktur plastid tetapi tidak menjalankan proses fotosintesis. Usaha untuk memahami biologi dan memelihara tumbuhan parasit ini dapat ditingkatkan dengan mengkaji gen yang bertanggungjawab ke atas kefungsian plastid. Oleh itu, objektif kajian ini adalah untuk mengenalpasti dan menganotasi protein pengekodan nukleus yang mensasar plastid di dalam Rafflesia cantleyi. Data genom R. cantleyi telah dijana melalui pendekatan penjujukan generasi terkemudian platfom Roche 454 dan Illumina. Daripada 1,091,861 jujukan genom yang diperoleh daripada penjujukan 454, sebanyak 217 gen homolog plastid telah dikenalpasti. Anotasi menggunakan blastx dan Plant Metabolic Network (PMN) ke atas data genom Illumina yang berjumlah 601,546,017 jujukan telah menentukan pelbagai gen plastid termasuk gen fotosintesis, gen protein ribosom, gen RNA polimerase, gen RNA ribosom, gen pengangkut RNA dan sebagainya. Untuk mengkaji fungsi terpelihara plastid di dalam R. cantleyi, beberapa set data transkriptom yang terdiri daripada Orobanche aegyptiaca, Tetrastigma rafflesiae, Arabidopsis thaliana dan Oryza sativa telah digunakan di dalam kajian ini. Protein pengekodan nukleus yang mensasar plastid telah ditentukan bagi setiap set data transkriptom berasaskan satu senarai rujukan GreenCut2. Sebanyak 152 protein putatif yang memiliki jujukan peptida transit telah dikenalpasti bagi bunga Rafflesia; 134 bagi kudup Rafflesia; 200 bagi Orobanche; 122 bagi Tetrastigma; 276 bagi Arabidopsis dan 108 bagi Oryza. Pengkelasan protein putatif tersebut kepada kelas fungsi Mapman menunjukkan biosintesis asid amino, heme dan metabolisme karbohidrat merupakan antara proses yang dikekalkan di dalam plastid bagi kesemua lima spesies yang dikaji. Analisis pengekspresan gen menggunakan Cufflinks dan Cuffdiff telah mengenalpasti 30 protein pengekodan nukleus yang mensasar plastid yang mempunyai aras pengekspresan tertingkat pada tahap perkembangan kudup dan bunga R. cantleyi. Di antara transkrip tersebut, protein putatif yang terlibat dengan metabolisme protein, pengangkutan, nukleik, pengisyaratan dan karbohidrat dicadangkan membentuk fungsi terpelihara plastid yang penting bagi dua tahap perkembangan yang dikaji. Pemetaan dan pembinaan semula laluan biologi bagi transkrip yang hadir menunjukkan bahawa kefungsian plastid holoparasit mempamerkan kedua-dua persamaan dan kelainan dengan tumbuhan berfotosintesis. Disebabkan pengurangan genom plastid, Rafflesia menunjukkan beberapa perbezaan ataupun langkah alternatif di dalam sesetengah proses yang berlaku di dalam plastid. Analisis filogenetik ke atas jujukan asid amino pantotenat kinase dan lisofosfatidik asid asiltransferase mencadangkan bahawa kedua-dua gen plastid ini diwarisi daripada leluhur dan bukannya diperoleh secara mendatar daripada perumah. Secara keseluruhannya, hasil kajian ini telah menyumbang kepada pengetahuan mengenai pemeliharaan kefungsian plastid di dalam satu sistem tumbuhan parasit dan menyediakan satu prospek baru untuk terus mengkaji tumbuhan ini,Tesis ini tiada Perakuan Tesis Sarjana/Doktor Falsafah"
Pages:	248
Call Number:	QK725.N477 2017 tesis
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.