1. UKM Learning and Research Repository
2. PHD Thesis / Tesis PHD
3. Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Title:	Penyaringan dan pencirian fungsi calon RNA bukan pengekod berjujukan pendek dalam Burkholderia pseudomallei
Authors:	Nadzirah Haji Damiri (P74684)
Supervisor:	Mohd Firdaus Mohd Raih, Prof. Madya Dr.
Keywords:	Burkholderia pseudomallei Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations Dissertations, Academic -- Malaysia
Issue Date:	18-Jan-2019
Description:	Burkholderia pseudomallei adalah suatu patogen gram negatif yang ditemui di persekitaran luar. Saprofit tanah ini mampu mengekalkan kemandiriannya meskipun ia dipengaruhi oleh paras nutrien yang terhad. Beberapa kajian telah mengenal pasti kelompok RNA bukan pengekod (ncRNA), iaitu 'small RNA' (sRNA) dalam B.pseudomallei. Kelompok sRNA ini diusulkan untuk mengawal atur rangkaian gen demi mengadaptasikan bakteria dengan persekitaran. Kajian ini bertujuan untuk mengenal pasti pengkelasan mod interaksi secara putatif bagi sRNA Bp1 Cand697 SIPHT (BpCand697). Jujukan bagi BpCand697 dan famili gen GlxA, bpsl2391 dilaporkan terpelihara merentasi Burkholderia spp., terutamanya dalam B.pseudomallei dan B. mallei. Pengekspresan BpCand697 dalam B. pseudomallei dihipotesiskan sebagai cis-sRNA ekoran daripada segmennya yang terpelihara dalam kawasan UTR 3' bpsl2391. Berdasarkan pengasaian secara in vitro di antara BpCand697 dan mRNA bpsl2391, kedua-dua transkrip tidak mempamerkan perubahan mobiliti yang boleh ditafsirkan sebagai fizikal interaksi sRNA-mRNA. Pengenalpastian mod interaksi bagi BpCand697 diteruskan dengan pemencilan RNA yang terikat pada protein caperon RNA Hfq, BPSL1518 secara in vitro. Hasil daripada pengamplifikasian BpCand697 daripada eluat BPSL1518-RNA, BpCand697 diusulkan untuk bersandar pada kefungsian Hfq. Transforman B. pseudomallei K96243::pdCas9::pgRNA bpsl1518-20nt dijana secara elektroporasi untuk menindas pengekspresan gen bpsl1518 dengan menggunakan teknik CRISPRi. Berikutan penindasan transkripsi mRNA bpsl1518 iaitu sebanyak -1.4-FC secara in vivo, BpCand697 turut mempamerkan paras penurunan iaitu sebanyak -17.8- dan -25.4-FC berbanding dengan kawalan transforman tanpa induksi CRISPRi. Hasil penindasan ke atas pengekspresan gen bpsl1518 berikutan paras nutrien yang terhad (medium M9) ke atas B. pseudomallei K96243 mengakibatkan fasa lamban ('lag') bagi koloni transforman itu diunjurkan kepada ~24 jam berbanding dengan 6-8 jam bagi koloni natif (WT). Justeru, kelangsungan pengekspresan gen bpsl1518 dalam B.pseudomallei telah mempengaruhi paras transkrip BpCand697 secara langsung, sekaligus menyokong interaksi in vitro di antara BpCand697 dan BPSL1518. Peningkatan paras pengekspresan bagi BpCand697 berserta mRNA bpsl1518 berikutan paras nutrien yang terhad itu turut mengusulkan BpCand697 sebagai transsRNA yang barangkali terlibat dengan BPSL1518 untuk memodulasi pengisyaratan di antara paras nutrien luaran dan rangkaian stimulon/regulon B. pseudomallei, demi menyelaraskan kadar pertumbuhan bakteria itu dengan optimum.,'Tesis ini tidak ada Perakuan Tesis Sarjana/Doktor Falsafah',Ph.D.
Pages:	170
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.