1. UKM Learning and Research Repository
2. PHD Thesis / Tesis PHD
3. Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Title:	Pengenalpastian gelatinase spesifik gelatin babi secara DNA rekombinan enterobacter aerogenes strain G2 dan penulenan protein natif bacillus sp. Strain B1
Authors:	Safiyyah Shahimi (P75741)
Supervisor:	Sahilah Abd. Mutalib, Prof. Madya Dr.
Keywords:	Swine -- Diseases Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations Dissertations, Academic -- Malaysia
Issue Date:	30-Apr-2018
Description:	Pengenalpastian enzim gelatinase yang berupaya mencernakan gelatin babi sahaja telah dilakukan menggunakan data genom Enterobacter aerogenes strain G2 (Strain G2). Bakteria strain G2 mempunyai kecenderungan mencernakan gelatin babi berbanding gelatin lembu; dan gelatin ikan pada pH 7, suhu 37°C. Hasil pemprosesan awal data mentah bakteria strain G2 bersaiz 5.0 mega pasang bes (Mbp), 78.6% jujukan telah dikelaskan sebagai berkualiti tinggi. Genom bakteria strain G2 telah dihimpunkan ke dalam 120 contig. Sebanyak 4,705 gen protein putatif telah diramalkan dan jujukan setiap gen dibandingkan menggunakan Basic Local Allignment Sequence Tool for Protein (BLASTP) dengan jujukan gelatinase sedia ada di dalam pangkalan data National Center of Biotechnology Information (NCBI) bagi proses anotasi gen. Gen sasaran calon gelatinase NODE_9_12 bersaiz 1029 bp dengan peratus identiti sehingga 48% telah dipilih dan diklon ke dalam vektor pET200/DTOPO ® bagi penghasilan calon gelatinase rekombinan. Gen gelatinase sintetik telah berjaya diklon dan diekspreskan melalui analisis pemblotan dot. Aktiviti gelatinase rekombinan sebanyak 2.30 U/mg telah diperhatikan daripada ujian piring agar gelatin dan pengasaian gelatinase dengan kecenderungan terhadap gelatin babi. Pengenalpastian enzim gelatinase daripada kultur bakteria natif Bacillus sp. strain B1 (Strain B1) dengan aktiviti enzim yang hampir sama pula telah melibatkan proses penulenan protein berperingkat. Penulenan protein menggunakan kromatografi pertukaran ion (IEX) menghasilkan empat fraksi elutan iaitu fraksi elutan IEX1 (%B=20%), fraksi elutan IEX2 (%B=25%), fraksi elutan IEX3 (%B=30%) dan fraksi elutan IEX4 (%B=100%). Pengasaian gelatinase menggunakan Coomassie Brilliant Blue (CBB) mendapati fraksi elutan IEX1 mempunyai aktiviti gelatinase spesifik yang lebih tinggi terhadap gelatin babi iaitu 3.88 U/mL berbanding fraksi elutan IEX4 iaitu 3.80 U/mL. Kromatografi penurasan gel (GF) terhadap fraksi elutan IEX1 pula menghasilkan tiga fraksi elutan GF iaitu A, B dan C manakala lapan fraksi elutan GF telah terhasil daripada fraksi elutan IEX4 iaitu D, E, F, G, H, I, J dan K. Hanya fraksi elutan B, D, E, F, G, H, I, J dan K menunjukkan kecenderungan terhadap gelatin babi. Fraksi elutan H didapati mempunyai perbezaan aktiviti spesifik gelatinase yang signifikan antara gelatin babi dan gelatin lembu serta antara gelatin babi dan gelatin ikan (p=0.043, p<0.05). Proses penulenan gelatinase didapati telah berlaku sebanyak 30 kali ganda. Elektroforesis Gel Poliakrilamida-Natrium Dodesil Sulfat (SDS-PAGE) terhadap kesemua fraksi elutan mendapati molekul-molekul protein daripada bakteria Strain B1 masih tidak terpisah kepada molekul tunggal. Zimografi gel gelatin pula menunjukkan protein bersaiz molekul 157 kDa, 155 kDa, 135 kDa, 121 kDa, 117 kDa, 73 kDa, 49 kDa, 48 kDa, 39 kDa dan 36 kDa pada fraksi elutan GF F, G, H, I dan J telah membezakan antara gelatin babi dengan gelatin lembu dan ikan. Analisis pengenalpastian molekul-molekul protein tersebut menggunakan teknik Kromatografi Cecair Spektrofotometri Jisim (LCMS/MS) mengesahkan beberapa molekul protein tersebut sebagai sejenis enzim metalloprotease. Secara keseluruhannya, enzim gelatinase spesifik babi telah dapat dikenalpasti daripada kajian yang menggunakan kultur bakteria Bacillus sp. strain B1.,Tesis ini tidak ada 'Perakuan Tesis Sarjana/Doktor Falsafah',Ph.D.
Pages:	226
Call Number:	SF971.S234 2018 tesis
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.