1. UKM Learning and Research Repository
2. PHD Thesis / Tesis PHD
3. Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Title:	Pencirian dan analisis mikrorna yang terlibat dalam tapak jalan biosintesis terpenoid Persicaria minor teraruh jangkitan fusarium oxysporum
Authors:	Abdul Fatah A. Samad (P73108)
Supervisor:	Abdul Munir Abdul Murad, Prof. Madya Dr.
Keywords:	Persicaria MicroRNA Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations Dissertations, Academic -- Malaysia
Issue Date:	18-Jul-2018
Description:	Persicaria minor (Kesum) merupakan tumbuhan herba yang penting dalam farmaseutikal dan industri makanan disebabkan kandungan metabolit sekundernya yang tinggi terutamanya terpenoid. Walaupun kajian berkenaan terpenoid dalam P. minor telah banyak dijalankan, penglibatan miRNA dalam pengawalaturan terpenoid masih kurang difahami. MikroRNA (miRNA) merupakan ribonukleotida yang tidak mengekod dan bersaiz kecil (~20 pasangan bes (pb)), bertindak mengawalatur gen di peringkat pasca-transkripsi. Dalam kajian ini, kulat Fusarium oxysporum telah diinokulasi pada P. minor untuk mengaruh penghasilan terpenoid. Analisis SPME GC-MS menunjukkan profil terpenoid yang tertinggi adalah pada hari keenam pasca-inokulasi (hpi) berbanding masa perlakuan yang lain (0 hpi, 3 hpi, dan 9 hpi). Antara sebatian terpenoid yang meningkat termasuklah α-sedrena, valensena dan β-bisabolena. P. minor yang diinokulasi selama enam hari telah dipilih untuk pembinaan perpustakaan RNA kecil menggunakan penjujukan generasi baharu (NGS). Perpustakaan RNA kecil tersebut terdiri daripada kawalan (C) (inokulasi dengan air suling steril) dan inokulasi F. oxysporum (F). Setiap perpustakaan telah dibina dalam dua replikat biologi. Perpustakaan C telah menjana sekitar 12 409 685 bacaan yang mewakili 1 451 635 bacaan unik. Perpustakaan F telah menjana sekitar 42 985 084 bacaan yang mewakili 3 371 142 bacaan unik. Proses anotasi yang dijalankan dengan memetakan hasil penjujukan dengan pangkalan data miRBase menunjukkan sekitar 111 235 jujukan miRNA dihasilkan dalam perpustakaan C yang mewakili 2610 jujukan unik manakala sekitar 711 498 jujukan miRNA dihasilkan dalam perpustakaan F yang mewakili 6131 jujukan unik. Analisis pembezaan pengekspresan gen menunjukkan perubahan signifikan berlaku terhadap 58 miRNA yang terpelihara. Sejumlah 31 miRNA telah dikawal atur naik manakala 27 miRNA telah dikawal atur turun. Bagi mengenalpasti miRNA novel, struktur pelopor miRNA (pre-miRNA) telah diramal menggunakan perisian mFold. Saiz pre-miRNA yang diramal adalah antara 82 pb sehingga 163 pb. Berdasarkan kaedah pengiraan Indeks Tenaga Pelipatan Minima (MFEI), sejumlah 13 pre-miRNA novel putatif telah dikenalpasti, dan sembilan pre-miRNA telah disahkan menggunakan tindak balas berantai polimerase semi kuantitatif (RT-PCR). Peramalan transkrip sasaran menggunakan perisian psRobot menunjukkan empat miRNA iaitu pmi-miR530, pmi-miR6173, pmi-miR6300 dan miRNA novel, pmi-nov_13 mensasarkan transkrip yang terlibat dengan tapak jalan mevalonat (MVA). Dua miRNA, miR396a dan miR398f/g, mensasarkan gen yang terlibat dalam tapak jalan bukan mevalonat (MEP). Tambahan lagi, satu miRNA novel, pmi-nov_12 telah dikenalpasti mensasarkan transkrip yang terlibat dalam biosintesis sebatian daun hijau meruap. Analisis tindak balas polimerase masa sebenar kuantitatif (RT-qPCR) menunjukkan pmi-miR6173, pmi-miR6300 dan pmi-nov_13 dikawal turun manakala pmi-miR398f/g dikawal atur naik. Pmi-miR396a dan pmi-miR530 menunjukkan peningkatan pada 9 hpi. Pengekspresan dinamik turut dilihat pada pmi-nov_12. Corak pengekspresan dinamik merujuk kepada penurunan dan peningkatan dalam pengekspresan miRNA dalam satu masa perlakuan.Tapak pemotongan pmi-miR396a dan pmi-6300 telah dikesan melalui penjujukan degradom. Kajian ini mencadangkan penglibatan miRNA dalam pengawalaturan tapak jalan terpenoid dan berpotensi untuk dimanipulasi bagi menggalakkan atau merencat penghasilan terpenoid dalam P. minor.,Tesis ini tidak ada 'Perakuan Tesis Sarjana/Doktor Falsafah',Ph.D.
Pages:	163
Call Number:	QK495.P78A234 2018 tesis
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.