Please use this identifier to cite or link to this item:
https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/499970| Title: | Pendekatan pengkomputeran bagi anotasi dan analisis interaksi kelompok bes berikatan hidrogen dalam struktur 3 dimensi RNA |
| Authors: | Hazrina Yusof Hamdani (P57774) |
| Supervisor: | Mohd. Firdaus Mohd. Raih, Prof. Madya Dr. |
| Keywords: | Molekul RNA Interaksi tertier Kelompok bes Ikatan hidrogen Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations |
| Issue Date: | 24-Jul-2017 |
| Description: | Pengenalpastian fungsi sesuatu molekul RNA bukan sahaja tertumpu kepada kajian keseluruhan struktur 3D RNA, tetapi juga dapat dikaji berdasarkan interaksi tertier di dalam struktur 3D RNA. Interaksi tertier yang terpelihara susunatur 3Dnya dikenali sebagai motif tertier. Kajian ini menggunakan dua perisian, Nucleic Acids Search for Substructures And Motifs (NASSAM) dan COnnection Tables Graphs for Nucleic ACids (COGNAC), untuk mencari motif tertier yang telah diketahui susunatur besnya dan juga motif baharu yang belum pernah dicirikan. Kajian ini khususnya bertujuan untuk (i) membangunkan kaedah penapisan hasil larian (output) NASSAM dan membangunkan aplikasi web NASSAM, (ii) membangunkan kaedah penapisan hasil larian COGNAC dan membangunkan aplikasi web COGNAC, (iii) membangunkan kaedah pencarian interaksi bes yang lebih kompleks bagi kelompok bes berikatan hidrogen dan (iv) membangunkan kaedah pengkelasan susunatur 3D interaksi kelompok bes berikatan hidrogen. Pembangunan kaedah penapisan hasil larian NASSAM dibangunkan berdasarkan kriteria pasangan bes perlu mempunyai sekurang-kurangnya dua ikatan hidrogen dan susunatur antara pasangan bes perlu sejajar. Pembangunan kaedah penapisan hasil larian COGNAC penting disebabkan oleh hasil larian lewah. Penapis yang dibangunkan mengenalpasti lewahan dan hanya membentangkan senarai tanpa lewahan kepada operator. Hasil larian selepas penapisan mencapai tahap kebolehpercayaan 100%. Pencarian bagi interaksi kompleks kelompok bes di mana bilangan bes yang terhubung dengan ikatan hidrogen adalah lebih daripada enam bes dapat dicapai dengan menindihkan anotasi bagi mencari persamaan interaksi di dalam anotasi yang lain.Kajian ini berjaya menemui interaksi 13 bes (A27.C19.G4.A26. 20.A3.A25.C21.G2.U24.A23.U22.A1) di dalam ribosuis Pre Q1 Kelas 1 (ID PDB: 3FU2) Bacillus subtilis (B. subtilis).Struktur ini mempunyai 34 nukleotida. Ini menunjukkan bahawa saiz struktur bukan penentu kepada penemuan interaksi kompleks. Pembangunan pengkelasan susunatur 3D telah dibangunkan menggunakan teknik pengkelasan corak susunatur 3D berdasarkan identiti ikatan hidrogen. Setiap anotasi yang mempunyai identiti ikatan hidrogen yang sama akan dikelaskan dan sekiranya susunatur interaksi ini belum dilaporkan, maka interaksi itu boleh dianggap sebagai motif tertier yang baharu.,Tesis ini tidak ada Perakuan Tesis Sarjana/Doktor Falsafah" |
| Pages: | 184 |
| Publisher: | UKM, Bangi |
| Appears in Collections: | Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| ukmvital_96858+SOURCE1+SOURCE1.0.PDF Restricted Access | 149.25 kB | Adobe PDF |  View/Open |
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.