Please use this identifier to cite or link to this item:
https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/476199| Title: | Kaedah carian persamaan dalam menentukan bilangan optimum untuk struktur kueri dalam pangkalan data kimia |
| Authors: | Mukhsin (P61020) |
| Supervisor: | Shereena Mohd Arif, Dr. |
| Keywords: | Struktur kueri Cheminformatics Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations Dissertations, Academic -- Malaysia |
| Issue Date: | 2-Jun-2014 |
| Description: | Kimia informatik adalah bidang baru yang merupakan gabungan daripada bidang terdahulu seperti matematik, pengkomputeran kimia dan capaian maklumat. Kimia informatik menggunakan teknologi komputer dalam pemprosesan data kimia. Carian persamaan dalam kimia informatik adalah teknik menggunakan fingerprint dan pekali persamaan untuk mengira persamaan antara setiap pasangan molekul. Salah satu teknik yang biasa menggunakan carian persamaan ialah penyaringan maya(virtual screening), iaitu satu kaedah mencari atau memilih kompaun dengan cepat. Penyelidikan lampau mendapati bahawa bilangan kueri yang digunakan sekarang tidak semestinya mencukupi untuk mencapai keputusan yang baik. Ia juga mencadangkan agar bilangan kelas aktif dan jenis fingerprint yang berbeza ditambah untuk mendapatkan keputusan yang jitu. Parameter yang akan dikaji dalam eksperimen ini adalah jumlah bilangan optimum kueri dalam pangkalan data kimia dan pekali persamaan yang terbaik dalam penyaringan maya serta jenis fingerprint yang paling sesuai untuk digunakan dalam pangkalan data MDDR (MDL Drug Data Report). Beberapa percubaan telah dijalankan untuk menilai persamaan molekul menggunakan pekali persamaan yang berbeza, yang memberi tumpuan kepada penggunaan fingerprint 2D dengan 11 kelas aktiviti. Tesis ini juga memaparkan nilai persamaan dan perbezaan hasil yang terbaik mengikut ukuran persamaan yang boleh bergantung kepada jenis fingerprint yang digunakan. Berdasarkan eksperimen ini, penyelidik mendapati bahawa jumlah optimum molekul kueri bagi kelas Renin dan COX yang masing-masing mewakili dataset sejenis(homogeneous) dan pelbagai jenis(heterogeneous) adalah 25 kueri. Bagaimanapun secara umumnya, jumlah kueri optimum untuk digunakan dengan pekali persamaan Tanimoto adalah 50 kueri, Russel-rao memerlukan 10 kueri dan pekali jarak Euclidean memerlukan 25 kueri. Setiap persamaan mempunyai kelebihan sendiri dan pekali persamaan Tanimoto adalah yang terbaik dalam perbandingan ini. Walau bagaimanapun, untuk mencari persamaan yang terbaik, kelas molekul juga memainkan peranan yang penting dan bilangan kueri yang besar tidak semestinya memberikan nilai yang lebih baik daripada jumlah kueri yang sedikit.,Sarjana Teknologi Maklumat |
| Pages: | 109 |
| Call Number: | QD39.3.E46M839 2014 3 tesis |
| Publisher: | UKM, Bangi |
| URI: | https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/476199 |
| Appears in Collections: | Faculty of Information Science and Technology / Fakulti Teknologi dan Sains Maklumat |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| ukmvital_75251+SOURCE1+SOURCE1.0.PDF Restricted Access | 2.47 MB | Adobe PDF |  View/Open |
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.