Please use this identifier to cite or link to this item:
https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/475545| Title: | Penemuan dan analisis RNA tidak mengekod dalam Burkholderia pseudomallei |
| Authors: | Khoo Jia Shiun (P53410) |
| Supervisor: | Mohd. Firdaus bin Mohd. Raih, Dr. |
| Keywords: | Analisis RNA Mengekod Burkholderia pseudomallei Microbiology |
| Issue Date: | 15-Oct-2012 |
| Description: | RNA tidak mengekod (non-coding RNA, ncRNA) berfungsi sebagai unit pengawalaturan serta pemangkin yang tidak diterjemahkan kepada protein. Molekul RNA ini terlibat dalam pelbagai proses sel bakteria, termasuk penyesuaian kepada persekitaran, kevirulenan dan kepatogenan. Bagi patogen seperti Burkholderia pseudomallei, iaitu penyebab penyakit melioidosis, ncRNA dijangka memainkan peranan yang setara. Dalam kajian ini, satu proses bioinformatik untuk peramalan gen ncRNA dalam genom bakteria telah dibina dengan menyepadukan tiga perisian yang telah diterbitkan, iaitu SIPHT, Rfam_scan dan sRNAscanner. Penilaian kaedah peramalan gen ncRNA dalam projek ini telah menunjukkan bahawa prestasi proses bioinformatik yang dibina tersebut adalah lebih baik berbanding dengan penggunaan perisian-perisian secara individu. Proses bioinformatik tersebut seterusnya digunakan untuk meramalkan gen-gen ncRNA dalam genom Burkholderia pseudomallei K96243 serta 13 spesis bakteria lain. Hasil analisis tersebut telah berjaya mengenalpasti 8,920 ncRNA individu. Kebanyakan calon-calon ncRNA tersebut mempunyai panjang di antara 51-250nt dan kandungan G+C yang melebihi 50%. Melalui analisis perbandingan dan rujuk-silang dengan pangkalan data Rfam, 22 ncRNA yang berhomolog dengan ncRNA yang diketahui telah dikenalpasti bagi B. pseudomallei. Keputusan tersebut merangkumi empat belas unsur pengawalaturan cis, enam unsur pengawalaturan trans, satu ribozim dan satu ncRNA dengan fungsi yang tidak diketahui. Selain itu, ncRNA novel dengan struktur sekunder yang bererti dan sinteni yang terpelihara juga dikesan dalam projek ini. Kepelbagaian saiz, kandungan G+C dan struktur sekunder ncRNA dalam B. pseudomallei mencadangkan bahawa molekul-molekul tersebut terlibat dalam pelbagai jenis interaksi molekul dan mekanisme sel bakteria tersebut. Sebahagian daripada ncRNA yang dikenalpasti dalam kajian ini adalah serupa dengan ncRNA yang telah diketahui dan diramalkan menjalankan fungsi yang setara. Namun, fungsi-fungsi ncRNA yang lain masih tidak dapat ditentusahkan dan kajian yang lebih mendalam diperlukan untuk menentukan fungsi khusus ncRNA tersebut.,Master/Sarjana |
| Pages: | 85 |
| Call Number: | QP623 .K495 2012 |
| Publisher: | UKM, Bangi |
| Appears in Collections: | Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi |
Files in This Item:
There are no files associated with this item.
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.