1. UKM Learning and Research Repository
2. Master Thesis / Tesis Master
3. Institute of Systems Biology / Institut Biologi Sistem (INBIOSIS)

Title:	Pemprofilan transkriptom dan proteom Epinephelus fuscoguttatus yang dijangkiti Vibrio vulnificus
Authors:	Fahmeeda Mohamad Jazamuddin (P88611)
Supervisor:	Syarul Nataqain Baharum, Prof. Madya Dr.
Keywords:	Groupes Groupes -- Conservation Grouper fisheries -- Management Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations Dissertations, Academic -- Malaysia
Issue Date:	24-Aug-2020
Description:	Epinephelus fuscoguttatus merupakan antara spesies ikan kerapu yang mendapat permintaan tinggi dan diternak secara meluas untuk pasaran perdagangan Asia Tenggara. Malaysia merupakan antara pengeksport kerapu utama sekali gus menyebabkan E. fuscoguttatus mempunyai nilai ekonomi yang tinggi kepada negara. Walau bagaimanapun, produktiviti E. fuscoguttatus dalam industri akuakultur telah diancam oleh jangkitan vibriosis dan mengakibatkan kerugian ekonomi yang ketara. Vibriosis merupakan penyakit akuatik sistemik yang disebabkan oleh jangkitan bakteria Vibrio spp. Walaupun pelbagai langkah pencegahan dan rawatan terhadap vibriosis perlu dilaksanakan dengan segera, namun pemahaman berkenaan interaksi perumah-bakteria dan sistem pertahanan ikan kerapu masih terbatas. Kajian ini dilaksanakan bertujuan untuk menyediakan pemahaman berkaitan tindak balas imun ikan kerapu terhadap jangkitan vibriosis pada peringkat molekul. Pendekatan transkriptomik dan proteomik telah digunakan untuk memprofil gen dan protein E. fuscoguttatus yang bertindak balas terhadap Vibrio vulnificus. Organ insang yang mandiri terhadap jangkitan V. vulnificus, iaitu pada hari ke-31 selepas rawatan jangkitan bakteria telah digunakan sebagai sampel kajian. Penjujukan RNA menggunakan teknologi Illumina HiSeq 4000 dan pemprofilan gen telah menemui sejumlah 143,737 unigen yang terekspres. Analisis perbandingan profil gen pula telah mengenal pasti sejumlah 1,217 gen yang menunjukkan perbezaan pengekspresan gen (DEG) akibat jangkitan. Manakala pemprofilan protein menggunakan teknologi SWATH-MS telah mengenal pasti sejumlah 709 protein yang terekspres dan 62 protein yang menunjukkan perbezaan pengekspresan (DEP). Perisian WEGO dan GOSEQ yang digunakan untuk analisis ontologi gen (GO) telah menganotasi 3,134 unigen dan 443 protein yang terlibat dalam proses biologi, seperti proses metabolik, proses sel, pengawalaturan biologi, tindak balas terhadap rangsangan dan proses sistem imun. Klasifikasi tapak jalan KEGG dan analisis pengayaan fungsian menemui penglibatan gen dan protein yang tinggi dalam tapak jalan berkaitan imun. Antaranya termasuklah tapak jalan berkaitan reseptor pengecaman patogen (PRR) seperti pengesan DNA sitosol, pengisyaratan reseptor NOD, pengisyaratan reseptor RIG-I dan pengisyaratan reseptor toll. Tapak jalan lain seperti pembentangan dan pemprosesan antigen, dan tapak jalan berkaitan pengisyaratan seperti Ras, PI3K-Akt, PPAR dan MAPK juga telah dikenal pasti. Ini menunjukkan bahawa DEG dan DEP daripada E. fuscoguttatus mempunyai peranan dan fungsi penting dalam pelbagai proses imun dan pertahanan. Kajian ini memberikan gambaran pengekspresan gen dan protein dalam tapak jalan berkaitan imun yang membantu dalam mekanisme pertahanan kerapu terhadap vibriosis. Hasil kajian ini boleh digunakan sebagai rujukan dalam mensasarkan penanda-bio yang berpotensi untuk kemandirian kerapu. Ini menyumbang kepada strategi alternatif bagi menangani wabak vibriosis pada masa depan.,Sarjana Biologi Sistem (Sains Biomolekul)
Pages:	150
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Institute of Systems Biology / Institut Biologi Sistem (INBIOSIS)

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.