Analisis genom dan gen sxtA bagi dinoflagelat, Alexandrium minutum

Safida Anira Norshaha (P70753)

Please use this identifier to cite or link to this item: https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/463732

Full metadata record

DC Field	Value	Language
dc.contributor.advisor	Nurul Yuziana Mohd Yusof, Dr.	-
dc.contributor.author	Safida Anira Norshaha (P70753)	-
dc.date.accessioned	2023-09-25T09:36:04Z	-
dc.date.available	2023-09-25T09:36:04Z	-
dc.date.issued	2018-09-23	-
dc.identifier.other	ukmvital:106046	-
dc.identifier.uri	https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/463732	-
dc.description	Alexandrium minutum merupakan salah satu spesies dinoflagelat marin yang menghasilkan saksitoksin dan merupakan penyebab kepada keracunan kerang-kerangan atau PSP (Paralytic Shellfish Poisoning). Pelbagai kajian telah dilakukan namun maklumat mengenai toksin yang dihasilkan masih lagi terhad. Objektif kajian ini adalah untuk menganalisis data jujukan genom dinoflagelat A. minutum dan juga mengkaji tahap pengekspresan gen sxtA apabila kultur sel tersebut dieram pada tiga suhu berbeza iaitu 16°C, 26°C dan 31.5°C. Gen sxtA merupakan gen pemula dalam penghasilan saksitoksin. Penjujukan DNA genom A. minutum telah dilakukan oleh Institut Genom Malaysia (MGI) melalui platform penjujukan generasi kedua (NGS). Analisis bioinformatik telah dijalankan untuk mendapatkan jujukan berkualiti tinggi, penghimpunan genom, peramalan gen dan anotasi genom. Sebanyak 421,483,780 bacaan jujukan DNA genom A. minutum telah dijana melalui penjujuk Illumina dan 65% daripada jumlah tersebut (274,666,668) merupakan jujukan berkualiti tinggi. Penghimpunan DNA genom A. minutum melalui kaedah de novo telah menghasilkan sebanyak 472,286 bilangan kontig dan sejumlah 335 Mb data jujukan keseluruhan DNA genom A. minutum telah dihimpunkan. Analisis peramalan gen telah mengenal pasti sebanyak 170,028 bilangan gen dan daripada jumlah tersebut, sebanyak 106,200 (62.5%)gen mempunyai padanan dengan pangkalan data NCBI non-redundant (nr) dengan nilai E sekurang-kurangnya 1E-5. Hasil anotasi genom telah berjaya mengenal pasti dua gen yang mempunyai padanan dengan gen sxtA daripada spesies Alexandrium fundyense. Daripada maklumat jujukan gen sxtA tersebut, jujukan pencetus untuk tindak balas polimerase berantai (PCR) telah direka bentuk bagi membuktikan kehadiran gen tersebut di dalam kultur sampel. Seterusnya, hasil analisis PCR kuantitatif (qPCR) menunjukkan perbezaan yang signifikan dalam tahap pengekspresan gen apabila kultur dieramkan pada suhu yang berbeza. Analisis qPCR ini mendapati tahap pengekspresan gen sxtA adalah tinggi pada suhu 31.5°C, diikuti oleh suhu 26°C dan paling rendah pada suhu 16°C. Hasil kajian ini diharapkan dapat memberi maklumat yang berguna untuk memahami subjek saksitoksin terutamanya mengenai faktor-faktor yang menyumbang kepada penghasilan saksitoksin dan juga tapak jalan penghasilan saksitoksin yang dihasilkan oleh dinoflagelat dengan lebih mendalam. Pengetahuan yang mendalam mengenai saksitoksin ini seterusnya berpotensi dalam mengawal masalah keracunan kerang-kerangan dan ledakan alga.,Tesis ini tidak ada Perakuan Tesis Sarjana/Doktor Falsafah,Sarjana Biologi Molekul	-
dc.language.iso	may	-
dc.publisher	UKM, Bangi	-
dc.relation	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi	-
dc.rights	UKM	-
dc.subject	Alexandrium	-
dc.subject	Genom	-
dc.subject	Gen	-
dc.subject	Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations	-
dc.subject	Dissertations, Academic -- Malaysia	-
dc.title	Analisis genom dan gen sxtA bagi dinoflagelat, Alexandrium minutum	-
dc.type	theses	-
dc.format.pages	90	-
dc.identifier.callno	QK569.G7S234 2018 tesis	-
dc.identifier.barcode	003762(2019)	-
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Files in This Item:

File	Description	Size	Format
ukmvital_106046+SOURCE1+SOURCE1.0.PDF Restricted Access		977.42 kB	Adobe PDF	View/Open

Show simple item record Recommend this item