1. UKM Learning and Research Repository
2. Master Thesis / Tesis Master
3. Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Title:	Kajian filogenetik, genetik populasi dan filogeografi pelanduk (Tragulus spp.) di Malaysia berdasarkan jujukan mitokondria sitokrom oksidase subunit I (COI) dan kawasan D-loop
Authors:	Mohamad Azam Akmal Abu Bakar (P81770)
Supervisor:	Badrul Munir Md. Zain, Prof. Dr.
Keywords:	Pelanduk Phylogeny
Issue Date:	13-Jan-2018
Description:	Pelanduk merupakan haiwan ruminan primitif yang bertaburan meluas di Tanah Besar Asia. Di Malaysia, dinyatakan bahawa terdapat dua spesies pelanduk iaitu Tragulus kanchil dan T. napu. Terdapat hasil kajian yang menyatakan perbezaan pertalian kedua-dua spesies ini secara morfologi tetapi kekurangan bukti secara genetik. Objektif utama kajian ini adalah untuk mengkaji pertalian filogeni, genetik populasi dan filogeografi pelanduk Malaysia berdasarkan jujukan DNA mitokondria (mtDNA) sitokrom oksidase subunit I (COI) dan kawasan D-loop. Dalam kajian ini, sebanyak 41 sampel pelanduk sebagai kumpulan dalaman telah digunakan dari pelbagai populasi di Malaysia. Sebanyak 28 jujukan D-loop dari Genbank juga digunakan untuk analisis perbandingan. Satu sampel pelanduk spesies Hyemoschus aquaticus, telah digunakan sebagai kumpulan luaran. Kaedah kajian melibatkan persampelan sumber genetik, amplifikasi DNA dalam tindakbalas rantaian polimerase (PCR), penjujukan, penjajaran dan analisis filogeni, genetik populasi dan filogeografi. Penjajaran jujukan DNA pelanduk menghasilkan jujukan akhir sepanjang 688 bp (COI) dan 876 bp (D-loop). Jujukan DNA dianalisis menggunakan perisian MEGA 6, PAUP 4.0.1b, Modeltest 3.7 dan MrBayes untuk menghasilkan pohon filogeni Neighbour-Joining (NJ), Parsimoni maksimum (MP) dan Bayesian Inferensi (BI). Analisis filogenetik bagi kedua-dua gen menghasilkan topologi pohon yang menyokong pengelompokan monofiletik T. kanchil dan T. napu dengan nilai butstrap yang tinggi (100%). Purata jarak genetik bagi kedua-dua spesies ini juga tinggi dengan nilai sebanyak 0.145 (COI) dan 0.130 (D-loop). Di kalangan populasi T. kanchil, pohon filogeni yang terhasil tidak menunjukkan corak pemisahan yang jelas antara populasi berdasarkan jujukan data COI dengan sokongan nilai butstrap yang rendah (<50%). Berbanding bagi jujukan kawasan D-loop, pohon filogeni yang terhasil memisahkan antara populasi dari timur dan barat Semenanjung Malaysia. walaubagaimanapun, nilai butstrap yang dicerap agak lemah (<50%). Pengelompokan populasi Sarawak bersama klad dari Timur juga disokong dalam pohon filogeni NJ dan MP. Sebanyak 22 haplotip (COI) dan 33 haplotip (D-loop) telah dikesan bagi kesemua sampel. Tiada jurang perbezaan yang besar pada nilai genetik populasi bagi semua populasi berdasarkan gen COI. Namun, analisis populasi genetik bagi kawasan D-loop menunjukkan pertalian yang jauh terhadap populasi T. kanchil dari timur dan barat. Nilai kepelbagaian nukleotida (π) yang dicerap berjulat antara 0.0050-0.0176 dan nilai pencapahan nukleotida (Da) berjulat yang tercatat adalah antara 0.0063-0.0269. Populasi dari Kelantan menunjukkan nilai Fˢᵗ dan Nˢᵗyang tinggi kepada semua populasi berjulat antara 0.7620-0.9483 dan 0.7629-0.9489. Walaubagaimanapun, nilai Nm yang dicerap menunjukkan nilai paling rendah terhadap populasi Pahang iaitu 0.08 dan tertinggi pada populasi Terengganu sebanyak 1.37. Berdasarkan analisis jam molekul yang dijalankan, T. kanchil dan T. napu telah terpisah pada 1.86 MYA. Manakala, populasi T. kanchil timur dan barat terpisah pada 0.32 MYA serta pemisahan populasi timur dan Borneo (Sarawak) berlaku pada 0.13 MYA. Pemisahan populasi ini berkemungkinan disebabkan faktor banjaran yang memisahkan timur dan barat Semenanjung, serta fluktuasi paras air laut pada masa lampau. Hasil daripada kajian ini boleh digunakan untuk meningkatkan usaha pemuliharaan spesies terancam dan merangka plan pengurusan yang lebih effisien bagi spesies pelanduk.,Tesis ini tidak ada Perakuan Tesis Sarjana/Doktor Falsafah,Sarjana Sains
Pages:	141
Call Number:	QH367.5.M8329 2018 tesis
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.