Please use this identifier to cite or link to this item:
https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/463693Full metadata record
| DC Field | Value | Language |
|---|---|---|
| dc.contributor.advisor | Mohd Firdaus Mohd Raih, Prof. Madya Dr. | |
| dc.contributor.author | Nurhafizhoh Zainuddin (P74580) | |
| dc.date.accessioned | 2023-09-25T09:34:30Z | - |
| dc.date.available | 2023-09-25T09:34:30Z | - |
| dc.date.issued | 2018-05-12 | |
| dc.identifier.other | ukmvital:102632 | |
| dc.identifier.uri | https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/463693 | - |
| dc.description | sORF merupakan jujukan DNA yang berkebolehan untuk mengekod protein. Pada masa ini, kepentingan sORF dalam bidang biologi masih menjadi persoalan kepada para penyelidik disebabkan saiznya yang kecil dan sering terlepas dalam kajian anotasi gen. Objektif kajian ini adalah untuk membangunkan satu proses bioinformatik bagi mengenalpasti gen-gen sORF dalam genom bakteria, melaksanakan proses bioinformatik yang telah dibangunkan bagi mengenalpasti sORF dalam wakil genom daripada bakteria Gram negatif iaitu Burkholderia pseudomallei dan wakil genom daripada bakteria Gram positif iaitu Bacillus lehensis serta mencirikan sORF yang dikenalpasti dalam bakteria-bakteria tersebut dan menentusahkan sORF dengan merujuk silang data transkriptom. Tiga perisian peramalan gen yang diyakini keberkesanannya telah dipilih iaitu EMBOSS getorf, GeneMarkS dan Glimmer3.02. Berdasarkan proses bioinformatik yang telah dibina melalui penggabungan beberapa skrip pengaturcaraan komputer, sORF yang berjaya diramal serentak oleh ketiga-tiga perisian dalam kajian dipilih untuk diteruskan dengan menapis sORF yang telah diramal menggunakan kaedah peramalan gen oleh penyelidik lain sebelum ini. Berdasarkan hasil peramalan sORF dalam kajian ini, didapati sebanyak 255 sORF dalam B. pseudomallei D286, 244 sORF dalam B. pseudomallei H10, 250 sORF dalam B. pseudomallei PMC2000, 251 sORF dalam B. pseudomallei R15 dan 1072 sORF dalam B. lehensis telah berjaya diramal. Analisis perbandingan genomik dilakukan bagi mengenalpasti sORF yang turut terpelihara dalam kalangan sORF-sORF dalam semua genom bakteria yang terdapat dalam pangkalan. Kaedah ini dilakukan dengan memuat turun dan meramal sORF dalam semua genom bakteria lain. Hasil analisis menunjukkan sebanyak 211 sORF dalam B. pseudomallei D286, 238 sORF dalam B. pseudomallei H10, 219 sORF dalam B. pseudomallei PMC2000, 209 sORF dalam B. pseudomallei R15 dan 606 sORF dalam B. lehensis turut terpelihara dalam kalangan gen-gen sORF bakteria lain. Analisis BLASTX pula digunakan bagi mengenalpasti sORF berhomolog dengan protein yang terdapat dalam pangkalan data NCBI dan analisis ini memberi petunjuk awal dalam mengenalpasti fungsi sORF yang telah diramal. Analisis ontologi gen menggunakan Blast2GO menunjukkan sORF yang diramal dalam kajian ini banyak terlibat dalam proses metabolik, proses selular, aktiviti katalitik, pelekatan dan banyak terdapat pada bahagian membran dan sel. Data transkriptom B. pseudomallei D286 digunakan bagi mengesahkan peramalan sORF dalam B. pseudomallei D286 menggunakan kaedah semak silang dan hasilnya sebanyak 19 sORF berjaya disahkan menggunakan data transkriptom. Hasil blast menunjukkan enam sORF daripadanya berhomolog dengan protein yang berfungsi sebagai phosphoribosylformylglycinamidine synthase, transposase dan metal-dependent hydrolase. Manakala dalam B. lehensis pula menunjukkan sORF yang diramal dalam bakteria ini berhomolog dengan protein bersaiz 80 asid amino dan ke bawah yang berfungsi sebagai tyrosine recombinase XerD, ribonucleoside-diphosphate reductase, ATP synthase dan epimerase. Peramalan fungsi awal ini dapat membantu dalam memahami kepentingan sORF yang dikenalpasti dalam bakteria yang dikaji.,Tesis ini tidak ada Perakuan Tesis Sarjana/Doktor Falsafah" | |
| dc.language.iso | may | |
| dc.publisher | UKM, Bangi | |
| dc.relation | Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi | |
| dc.rights | UKM | |
| dc.subject | Gen sORF | |
| dc.subject | Genom bakteria | |
| dc.subject | Microbiology | |
| dc.title | Pengenalpastian dan pencirian bioinformatik sORF dalam Burkholderia pseudomallei dan Bacillus lehensis | |
| dc.type | theses | |
| dc.format.pages | 87 | |
| dc.identifier.callno | QR82.R35N847 2018 tesis | |
| dc.identifier.barcode | 003589(2018) | |
| Appears in Collections: | Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi | |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| ukmvital_102632+SOURCE1+SOURCE1.0.PDF Restricted Access | 755.06 kB | Adobe PDF |  View/Open |
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.