1. UKM Learning and Research Repository
2. Master Thesis / Tesis Master
3. Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Title:	Pembinaan tapak jalan hipotetikal biosintesis karagenan dengan menggunakan hasil analisis set data EST eucheuma denticulatum
Authors:	Nurul Huda Abdul Manap (P48541)
Supervisor:	Zeti Azura Mohamed Hussein, Dr.
Keywords:	Eucheuma Marine algae culture Universiti Kebangsaan Malaysia -- Dissertations Dissertations, Academic -- Malaysia
Issue Date:	8-Oct-2012
Description:	Dalam kajian ini, analisis telah dijalankan terhadap 2244 jujukan protein yang telah ditranslasi menggunakan ESTscan daripada data penanda jujukan terekspres (EST) Eucheuma denticulatum. Objektif kajian ini adalah untuk meramal fungsi jujukan protein E. denticulatum melalui analisis jujukan dan peramalan struktur tiga dimensi. Bagi meramal fungsi jujukan protein tersebut, Sistem Analisis Kefungsian Protein Hipotetikal berautomasi (HPAS - Hypothetical Protein Analysis System) telah digunakan yang merangkumi analisis fizikokimia protein, analisis topologi, analisis pencarian persamaan jujukan, pengenalpastian domain dan motif, anotasi protein dan pengelasan kumpulan famili berfungsi. Hasil analisis pencarian persamaan jujukan mendapati kesemua 2244 jujukan protein kajian telah dikelaskan kepada 3 kumpulan protein iaitu kumpulan protein putatif, protein hipotetikal terpelihara dan protein hipotetikal. Tiga jujukan protein putatif (cn1088, cn444 dan cn1259) telah dipilih untuk meramal struktur 3D secara in silico menggunakan kaedah permodelan perbandingan dan pencaman lipatan. Hasil analisis struktur yang diperoleh menunjukkan ketiga-tiga jujukan ini terlibat dalam biosintesis karagenan. Struktur protein cn1088 dan cn1259 diramal berfungsi dalam metabolisma sulfur manakala struktur protein cn444 diramal terlibat dalam biosintesis vitamin C. Bagi pengelasan famili berfungsi pula, 88% jujukan (1553/1764) daripada kumpulan protein hipotetikal dan hipotetikal terpelihara telah diramal fungsinya berdasarkan famili berfungsi yang berbeza. Hasil analisis menunjukkan, secara statistiknya, bilangan jujukan tertinggi terdiri daripada kumpulan yang terlibat dalam famili pengikatan seperti pengikatan logam (1211 jujukan), pengikatan zink (1148 jujukan), pengikatan protein lipid (797 jujukan), pengikatan besi (630 jujukan) dan pengikatan magnesium (736 jujukan). Hasil kajian mencadangkan E. denticulatum berpotensi digunakan sebagai bioremediasi dalam pencemaran kerana alga mempunyai kumpulan berfungsi seperti kumpulan karboksil, amina sulfurdril imadazol, sulfat dan sulfonat yang terdapat pada dinding sel yang boleh melakukan pengikatan dengan ion logam. Selain itu, bagi mencapai dua lagi objektif iaitu membina tapak jalan hipotetikal biosintesis karagenan dan mengenalpasti protein-protein yang terlibat dalam tapak jalan biosintesis karagenan, satu tapak jalan hipotetikal biosintesis karagenan telah berjaya dibina berdasarkan maklumat yang diperoleh daripada pangkalan data tapak jalan dan enzim (KEGG, MetaCyc, ENZYME dan BRENDA). Kemudian, berdasarkan maklumat terperinci yang diperoleh daripada analisis jujukan dan peramalan struktur, sembilan jujukan (cn444, cn1175, Ed09008A05.ab1, cn1108, cn522, cn1259, EDB28C12.ab1 dan Edc002D10.ab1) telah berjaya dipetakan ke atas tapak jalan ini merangkumi metabolisma sulfur, metabolisma penghasilan vitamin C dan metabolisma galaktosa. Secara keseluruhannya, kajian ini telah berjaya meramal fungsi protein E. denticulatum dan mengenalpasti sembilan jujukan protein yang terlibat dalam biosintesis karagenan iaitu produk penting yang dihasilkan oleh dinding sel rumpai laut merah. Maklumat yang diperoleh dalam kajian ini dapat memberi gambaran ringkas dalam memahami tindak balas biologi berkaitan organisma E. denticulatum khususnya dalam biosintesis karagenan.,Sarjana Sains
Pages:	150
Call Number:	QK569.S2N846 2012 tesis
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.