Please use this identifier to cite or link to this item:
https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/463598Full metadata record
| DC Field | Value | Language |
|---|---|---|
| dc.contributor.advisor | Nurul Yuziana Mohd Yusof Dr. | |
| dc.contributor.author | Nur Shazwani Mohd Pilus (P63265) | |
| dc.date.accessioned | 2023-09-25T09:30:49Z | - |
| dc.date.available | 2023-09-25T09:30:49Z | - |
| dc.date.issued | 2015-08-20 | |
| dc.identifier.other | ukmvital:84816 | |
| dc.identifier.uri | https://ptsldigital.ukm.my/jspui/handle/123456789/463598 | - |
| dc.description | Binaan vektor yang mengandungi unsur kawasan perlekatan kerangka/matriks (S/MAR; scaffold/matrix attachment region) berpotensi meningkatkan penghasilan protein rekombinan dalam sel mamalia. Perlekatan S/MAR pada protein matriks menstabilkan transkripsi gen yang diapitnya melalui pembentukan gegelung kromatin. Bagi mendapatkan maklumat jujukan S/MAR bagi titisan sel ginjal embrio manusia (HEK293) dan sel ovari Chinese hamster (CHO DG44) pada skala genom, dua kaedah pemencilan S/MAR yang berasaskan dua larutan berbeza iaitu 2 M NaCl dan litium- 3,5-diiodosalisilat (LIS) telah digunakan. Terdapat lapan sampel terdiri daripada fraksi DNA mengandungi S/MAR yang melekat pada protein matriks dan DNA gegelung yang bebas dari perlekatan bagi setiap kaedah untuk kedua-dua jenis sel. Kesemua sampel dijujuk melalui pendekatan Next Generation Sequencing (NGS) dan dipetakan terhadap genom manusia dan kontig jujukan genom CHO DG44 berdasarkan jenis sel masing-masing menggunakan perisian CLC Genomic Workbench. Kaedah 2 M NaCl menghasilkan 16 199 204 konsensus S/MAR yang merangkumi 8 994 856 dan 7 204 348 masing-masing daripada HEK293 dan CHO DG44. Manakala bagi kaedah LIS pula, sejumlah 13 085 585 konsensus S/MAR dijana yang terdiri daripada 8 412 672 dan 4 672 913 masing-masing daripada HEK293 dan CHO DG44. Bagi mambandingkan set data jujukan konsensus, analisis BLASTN dijalankan berdasarkan padanan signifikan pada nilai E bersamaan dengan sifar. Hasil pemadanan antara data konsensus jujukan S/MAR dan jujukan DNA gegelung bagi kedua-dua kaedah pemencilan untuk dua jenis sel tersebut adalah rendah iaitu di antara 0.07% (10 083/14 960 547) hingga 0.32% (45 828/14 157 742). Ini menunjukkan keberkesanan kaedah NaCl dan LIS untuk memencilkan S/MAR yang sedang melekat pada matriks protein. Walau bagaimanapun, persamaan antara data jujukan konsensus S/MAR yang diperoleh bagi kedua-dua kaedah adalah agak rendah iaitu 0.46% (80 807/17 407 528) bagi HEK293 dan 0.07% (8340/11 877 261) bagi sel CHO DG44. Analisis perbandingan antara data jujukan S/MAR berdasarkan jenis sel pula menunjukkan terdapat 6 jujukan S/MAR yang sama dengan purata liputan sebanyak 82% bagi kaedah 2 M NaCl. Sejumlah 38 jujukan S/MAR dengan purata liputan sebanyak 85% dikongsi oleh kedua-dua sel HEK293 dan CHO DG44 telah diperoleh menggunakan kaedah LIS. Bagi 44 jujukan yang dikongsi oleh kedua-dua sel tersebut, 12 daripadanya berada pada kawasan intergen (di antara gen) dan 32 lagi berada dalam kawasan intragen (dalam gen). Jujukan S/MAR HEK293-CHO DG44 ini berpotensi sebagai unsur vektor pengekspresan universal yang boleh diaplikasikan di dalam kedua-dua jenis sel mamalia untuk menangani masalah penghasilan protein terapeutik yang rendah. Diharapkan maklumat jujukan S/MAR daripada dua kaedah pemencilan yang digunakan dalam kajian ini dapat mencetus inovasi baru dalam proses pembinaan vektor demi memperkukuhkan industri biofarmaseutikal di Malaysia.,Master / Sarjana | |
| dc.language.iso | may | |
| dc.publisher | UKM, Bangi | |
| dc.relation | Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi | |
| dc.rights | UKM | |
| dc.subject | Sel ginjal embrio | |
| dc.subject | Sel ovari chinese hamster | |
| dc.subject | Protein engineering | |
| dc.title | Analisis jujukan kawasan perlekatan kerangka /matriks (S/MAR) berdasarkan dua kaedah pemencilan yang berbeza bagi sel ginjal embrio manusia dan sel ovari chinese hamster | |
| dc.type | theses | |
| dc.format.pages | 119 | |
| dc.identifier.callno | QH585.2.N846 2016 | |
| dc.identifier.barcode | 001989 | |
| Appears in Collections: | Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi | |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| ukmvital_84816+SOURCE1+SOURCE1.0.PDF Restricted Access | 8.18 MB | Adobe PDF |  View/Open |
Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.