1. UKM Learning and Research Repository
2. Master Thesis / Tesis Master
3. Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Title:	Analisis perbandingan proteomik in silico bagi genus burkholderia
Authors:	Annisa Akmal Zainal (P41133)
Supervisor:	Mohd. Firdaus Mohd. Raih, Dr.
Keywords:	genus burkholderia Pathogenic bacteria
Issue Date:	8-Aug-2011
Description:	Genus Burkholderia diklasifikasikan sebagai proteobakteria kelas β Gram negatif dan bakteria yang tergolong dalam genus ini dikatakan serba boleh apabila melihat kepada kepelbagaian nic ekologi yang diadaptasi oleh genus ini. Sesetengah spesies Burkholderia merupakan spesies patogenik yang menyebabkan penyakit, contohnya B. pseudomallei dan B. mallei, masing-masing merupakan agen penyebab penyakit melioidosis dan glanders. Beberapa spesies adalah bukan patogenik, contohnya B. thailandensis, dan ada juga yang boleh dieksploitasi untuk biopemulihan seperti B. xenovorans LB400. Analisis perbandingan proteomik secara in silico dijalankan untuk mengenalpasti protein-protein unik dalam lapan spesies Burkholderia yang digunakan dalam kajian ini iaitu Burkholderia sp. 383, B. cenocepacia AU 1054, B. cepacia AMMD, B. vietnamiensis G4, B. mallei ATCC 23344, B. thailandensis E264, B. xenovorans LB400 dan empat strain bagi spesies B. pseudomallei iaitu strain K96243, 1106a, 668 dan 1710b. Melalui perbandingan proteomik tersebut, sejumlah 6353 protein diramalkan sebagai protein unik. Protein-protein ini kemudiannya dikelaskan mengikut tiga kategori ontologi Gene Ontology. Sebahagian besar protein unik yang ditemui adalah protein hipotetikal. Lebih kurang 8% protein unik dari jumlah tersebut mempunyai kaitan dengan faktor virulen. Fungsi sebahagian besar protein tersebut tidak dapat diramal kerana tidak mempunyai domain yang dapat dikecam. Perbandingan proteom juga dijalankan antara proteom B. pseudomallei K96243 dengan semua proteom bakteria dalam rekod pangkalan data RefSeq yang bukan dari genus Burkholderia. Hasil dari perbandingan proteomik ini mendapati sebanyak 464 protein diramalkan unik kepada genus Burkholderia. Sebelas daripadanya berkaitan dengan faktor virulen putatif B. pseudomallei, tetapi secara keseluruhannya sebilangan besar adalah protein hipotetikal. Melalui pengelompokan proteom, didapati sebanyak 126 protein B. pseudomallei K96243 dikongsi dengan dua lagi patogen yang menyebabkan simptom yang hampir sama dengan melioidosis iaitu Pseudomonas aeruginosa dan Mycobacterium tuberculosis. Sebelas daripadanya merupakan antara produk bagi gen yang disenaraikan dalam kajian lepas sebagai gen yang mungkin mempunyai potensi untuk dijadikan sebagai sasaran dadah. Hasil kajian ini diharapkan dapat menyumbang maklumat dalam meningkatkan pemahaman tentang strain Burkholderia serta membantu mengecilkan skop pencarian protein yang berkemungkinan menyumbang terhadap kepatogenan bakteria untuk dikaji dengan lebih lanjut melalui eksperimen makmal.,Bacteria of the Burkholderia genus is classified as a Gram-negative β-proteobacteria and occupy a wide range of ecological niches, which indicates the versatility of this genus. Several of the Burkholderia species are known to be disease-causing, such as B. pseudomallei and B. mallei, which are the causative agents of melioidosis and glanders disease, respectively. Some species are non-pathogenic, such as B. thailandensis, and some are exploited for promoting bioremediation, such as B. xenovorans LB400. In silico comparative proteomics analysis was performed in order to identify unique proteins in the 11 strains of Burkholderia involved in this study, i.e. Burkholderia sp. 383, B. cenocepacia AU 1054, B. cepacia AMMD, B. vietnamiensis G4, B. pseudomallei K96243, B. pseudomallei 1106a, B. pseudomallei 668, B. pseudomallei 1710b, B. mallei ATCC 23344, B. thailandensis E264 dan B. xenovorans LB400. A total of 6353 proteins were predicted to be unique to a particular strain. The unique proteins were then classified according to the three classes of Gene Ontology. Most of the unique proteins are hypothetical proteins. Approximately 8% of the unique proteins related with virulence factors. However, most of the unique proteins' function were unable to be predicted due to the absence of a protein domain. In silico comparative proteomics analysis was also carried out between B. pseudomallei K96243 proteome and all non-Burkholderia bacteria proteome in the RefSeq database. As a result, a total of 464 proteins were predicted to be unique in Burkholderia genus. Eleven of the unique proteins are related to B. pseudomallei putative virulence factors, but most of the proteins are hypothetical proteins. In addition, 126 of B. pseudomallei K96243 proteins are shared with two other pathogens that cause similar symptoms as melioidosis, Mycobacterium tuberculosis and Psedomonas aeruginosa. Eleven of the proteins are products of genes that were listed as potential drug targets in a previous study. The output of this study is hoped to contribute information in improving our general understanding of the Burkholderia bacteria, and also allow a more focused search for potential proteins that contribute to the pathogenecity of the bacteria for further experimental analysis.,Master/Sarjana
Pages:	126
Call Number:	QR201.A555 2011 tesis
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.