1. UKM Learning and Research Repository
2. Master Thesis / Tesis Master
3. Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Title:	Pendekatan transkriptomik gen-gen yang terlibat dalam pengikatan karbon dalam dinoflagelat marin alexandrium minutum (dinophyceae)
Authors:	Shereen Yim See Pui (P63436)
Supervisor:	Gires Usup, Prof. Dr.
Keywords:	Dinoflagelat Dinophyceae Transkriptomik gen Alexandrium minutum Dissertations, Academic -- Malaysia
Issue Date:	19-Sep-2016
Description:	Dinoflagelat adalah alga unisel yang terdiri daripada spesies berfotosintesis dan tidak berfotosintesis. Genus Alexandrium adalah spesies dinoflagelat fotosintetik yang mengandungi beberapa spesies yang toksik. Dalam kajian ini, pengekstrakan RNA telah dijalankan dan sampel RNA telah dihantar untuk penjujukan di Beijing Genomics Institute (BGI). Hasil penjujukan menunjukkan bahawa sejumlah 40 juta bacaan mentah telah dihasilkan dan jujukan pendek RNA ini telah digabung untuk menjadi 654 385 kontig dengan saiz purata sebanyak 181 nt. Kontig ini kemudiannya telah digabung untuk menjadi 143 051 transkrip unik (TU) dengan saiz purata sebanyak 540 nt. Sebanyak 45 jujukan transkrip Alexandrium minutum daripada sampel RNA tersebut telah dianalisis untuk kehadiran gen-gen yang terlibat dalam proses pengikatan karbon. Semua gen-gen yang terlibat dalam kitaran Calvin-Benson didapati hadir, iaitu ribulosa-1,5-bifosfat karboksilase/oksigenase (RuBisCo), fosfogliserat kinase (PGK), gliseraldehid-3-fosfat dehidrogenase (GAPDH), triosefosfat isomerase (TPI), fruktosabisfosfat aldolase (FBA), fruktosa-1,6-bisfosfat (FBP), sedoheptulosa-bisfosfatase (SBP), transketolase (TKT), ribosa-5-fosfat isomerase (RPI), fosforibulokinase (PRK) and ribulosa-fosfat 3-epimerase (RPE). Secara keseluruhan, keputusan dari blastp menunjukkan bahawa domain terabadi adalah wujud dalam semua jujukan. Amplifikasi secara langsung melalui tindakbalas rantaian polimeras (PCR) dan penjujukan telah dilakukan untuk gen ribulose-1,5-bisfosfat karboksilas/oksigenas (RuBisCo) daripada A. minutum. Jujukan DNA yang diperolehi telah dibandingkan dengan jujukan transkriptomik dan keputusannya menunjukkan bahawa jujukan RuBisCo daripada PCR adalah serupa dengan jujukan transkriptomik. Analisis filogenetik kesemua 11 gen kitaran Calvin-Benson yang diperolehi melalui penjujukan transkriptomik dan juga daripada PCR RuBisCo juga telah dilakukan menggunakan perisian ExPASy dan MEGA6. Pokok-pokok filogeni menunjukkan gen-gen A. minutum adalah homolog gen daripada fitoplankton marin yang lain terutamanya apikompleksan. Selanjutnya analisis filogenetik menunjukkan bahawa A. minutum mungkin telah memperolehi gen-gen pengikatan karbon dari leluhur yang berasal daripada keturunan yang berlainan seperti alga merah dan alga hijau. Ini mungkin terhasil daripada evolusi plastid dinoflagelat yang berasal daripada endosimbion sianobakteria, perumah eukariot atau mitokondria melalui proses endosimbiosis, pemindahan gen secara mendatar atau penduaan gen.,Tesis ini tidak ada Perakuan Tesis Sarjana/Doktor Falsafah"
Pages:	215
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.