1. UKM Learning and Research Repository
2. Master Thesis / Tesis Master
3. Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Title:	Analisis transkriptomik perbandingan antara dinoflagelat toksik dan tidak toksik
Authors:	Intan Ernieza Farhana Nizan (P54294)
Supervisor:	Gires Usup, Prof . Dr.
Keywords:	Dinoflagellates
Issue Date:	17-Aug-2015
Description:	Dinoflagelat dikenalpasti sebagai penyebab utama kepada ledakan alga merbahaya dan beberapa spesies mampu menghasilkan toksin yang menyebabkan keracunan kerangan yang melumpuhkan (PSP). Sehingga kini perbezaan genetik antara spesies dinoflagelat yang menghasilkan toksin PSP dan yang tidak menghasilkan toksin masih tidak jelas. Dalam kajian ini pendekatan penjujukan transkriptom skala besar telah digunakan untuk membandingkan antara spesies toksik Alexandrium minutum dan spesies tidak toksik Alexandrium tamarense yang berasal dari perairan Malaysia. Kedua-dua spesies telah dikultur dalam medium ES-DK pada suhu 26o C dan kitaran 14 jam terang dan 10 jam gelap. Langkah pertama adalah membandingkan kaedah optimum untuk mendapatkan kualiti RNA yang baik untuk penjujukan. Kaedah manual menggunakan TriReagent dan penggunaan kit komersial telah dibandingkan. Tranksriptom telah dijujuk menggunakan sistem HiSeq 2000 dan jujukan kemudian dianalisis in silico untuk menentukan kehadiran gen-gen putatif unik yang terlibat dalam penghasilan toksin PSP. Didapati pemecahan sel dalam nitrogen cecair dan ekstraksi manual menggunakan TriReagent menghasilkan RNA yang terbaik. Bagi penjujukan transkriptom, sejumlah 40,666,670 bacaan bersih bagi Alexandrium minutum dan 40,112,158 bacaan bersih bagi Alexandrium tamarense dihasilkan. Daripada data tersebut, sebanyak 654,385 kontig dan 143,051 unigen bagi A.minutum dan 261,880 kontig serta 170,824 unigen bagi A.tamarense telah dihimpunkan. Analisis jujukan menunjukkan gen utama biosintesis toksin PSP seperti sxtA, sxtB, sxtG, sxtS, sxtU, sxtV, sxtW, sxtH, dan sxtT hadir dalam transkrip kedua-dua Alexandrium. Namun, kedua-duanya tidak mengandungi gen sxtC, sxtD, sxtE, sxtJ, sxtK, sxtL, sxtN, sxtP, sxtQ dan juga sxtY. Analisis mendalam terhadap domain sxtA mendapati domain sxtA3 tidak hadir dalam spesies tidak bertoksik A.tamarense. Gen-gen sxtE, sxtJ, sxtK, sxtP dan sxtQ tidak diketahui fungsinya manakala SxtL, sxtC dan sxtN terlibat dalam penghasilan terbitan lain daripada molekul toksin saksitoksin. Berkemungkinan protein dinoflagelat yang berbeza dengan sianobakteria menjalankan fungsi gen-gen ini. Domain sxtA3 merupakan molekul pemula bagi keseluruhan proses biosintesis toksin STX. Tanpa kehadiran domain ini tidak mungkin 4-amino-3-oxo-guanidinoheptane, sebatian penting dalam penghasilan toksin ini dapat disintesis. Hasil analisis menunjukkan kedua-dua spesies mengekodkan gen-gen STX yang sama kecuali domain pengangkutan ACP yang berkemungkinan unik bagi spesies bertoksik. Jadi peranan domain tersebut dalam penghasilan toksin memerlukan kajian yang lebih mendalam pada masa akan datang.,Sarjana Sains
Pages:	135
Call Number:	QK569.D56.I556 2015
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.