1. UKM Learning and Research Repository
2. Master Thesis / Tesis Master
3. Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Title:	Penentuan pigmen fotosintetik dan analisis transkriptomik gen-gen tapakjalan biosintetik karotenoid dalam beberapa dinoflagelat marin
Authors:	Gan Hui Shan (P58825)
Supervisor:	Gires Usup, Prof.Dr
Keywords:	Photosynthetic pigments
Issue Date:	28-Jan-2001
Description:	Dinoflagelat merupakan alga unisel yang unik dan memainkan peranan penting dalam ekosistem marin. Dinoflagelat spesies berfotosintesis mempunyai kompleks penuaian cahaya yang unik untuk perlindungan diri daripada kerosakan foto. Kepelbagaian pigmen fotosintesis dalam dinoflagelat telah banyak dikaji dan diketahui. Namun maklumat genetik dan aspek molekul untuk biosintesis pigmen masih kurang. Dalam kajian ini, kehadiran pigmen fotosintesis yang terdapat dalam dinoflagelat marin Alexandrium minutum, Alexandrium leei, Alexandrium tamarense, Alexandrium affine, Gambierdiscus belizeanus dan Coolia malayensis telah ditentukan melalui kromatografi cecair prestasi tinggi (HPLC) dilengkapi pengesan tatasusunan photodiod (PDA). Penjujukan RNA (RNA-seq) berasas penjujukan generasi mendatang (NGS) telah dijalankan terhadap A. minutum, A. leei dan A. tamarense untuk mendapatkan data transkriptom. Data RNA-seq telah dijajar secara de novo masing-masing dengan menggunakan program penjajaran SOAPdenovo dan Trinity. Kemudian analisis in silico telah dijalankan ke atas gen-gen putatif yang terlibat dalam tapakjalan biosintesis dengan merujukkan tapakjalan Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG). Pigmen fotosintesis seperti klorofil a, klorofil c2, peridinin, diadinoxanthin, serta terbitan-terbitan telah dikesan dalam analisis HPLC. Klorofil c2 dan peridinin masing-masing merupakan klorofil dan karotenoid dominan dalam dinoflagelat. Perbezaan komposisis pigmen yang ditunjukkan antara dinoflagelat plankton dan bentos adalah tidak jelas. Analisis transkriptom telah menghasilkan sebanyak 40 666 670 jumlah bacaan bersih dari A. minutum dan seterusnya dipasang menjadi 143 051 Unigene. Untuk A. leei, jumlah bacaan bersih adalah 40 445 290 dan dipasang menjadi 171 572 Unigene manakala untuk A. tamarense adalah 40 112 158 dan dipasng menjadi 170 824 Unigene. Kedua-dua bacaan tersebut kemudian digabung dan dipasangkan sekali lagi menjadi 149 177 Unigene. Analisis in silico menunjukkan sebanyak 38 Unigene dari spesies Alexandrium terlibat dalam tapakjalan biosintesis karotenoid iaitu fitoena synthase, fitoena desaturase, zeta-karotena desaturase, karotenoid isomerase, likopena beta-siklase, beta-karotena hidroksilase, zeaxantin epoxidase dan violaxantin de-epoxidase. Walau bagaimanapun, tidak dapat dinafikan bahawa tapakjalan biosintesis karotenoid yang alternatif berkemungkinan wujud dalam dinoflagelat. Analisis filogeni menunjukkan kebanyakan gen adalah berkaitan rapat dengan keturunan sianobakteria, Chromaveolata dan tumbuhan hijau. Kajian ini bukan sahaja berjaya memberikan gambaran kepada pigmen fotosintesis major dalam spesies dinoflagelat yang penting tetapi juga menggambarkan pemahaman awal kepada asas molekul tentang tapakjalan biosintesis karotenoid dinoflagelat. Selain itu, data trankriptom yang terdapat dalam kajian ini juga membekalkan sumber yang komprehensif dalam penyelidikan genom kefungsian dinoflagelat.,Sarjana Sains Laut
Pages:	295
Call Number:	QK569.D56G346 2015 tesis
Publisher:	UKM, Bangi
Appears in Collections:	Faculty of Science and Technology / Fakulti Sains dan Teknologi

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.